Analyse des interactions ligand-récepteur entre cellules neuronales et tumorales via du scRNA-seq

il y a 4 semaines


Marseille, Provence-Alpes-Côte d'Azur, France SFBI Temps plein
Projet de recherche : Analyse des interactions ligand-récepteur entre cellules neuronales et tumorales via du scRNA-seq

Le Centre Turing pour les systèmes vivants (CENTURI) recherche un stagiaire en data science pour travailler sur un projet de recherche académique. L'étudiant travaillera à l'analyse des interactions ligand-récepteur entre les cellules neuronales et les tumeurs pancréatiques en utilisant des données de single-cell RNA-seq.

Les objectifs spécifiques du projet sont les suivants :

  1. Sélectionner, récupérer et prétraiter des données de single-cell RNA-seq les plus pertinentes pour le projet.
  2. Identifier des ligands et récepteurs exprimés à partir de listes issues de bases de données telles que CellPhoneDB, CellChat ou de la littérature scientifique.
  3. Analyser les interactions ligand-récepteur en faisant correspondre les ligands exprimés dans les cellules tumorales avec les récepteurs exprimés dans les neurones (et vice versa).
  4. Identifier les ligands et récepteurs impliqués fonctionnellement dans l'innervation tumorale via les informations issues de la Gene Ontology.

L'étudiant sera chargé de prendre en charge les analyses en bioinformatique, de se documenter sur les meilleures méthodes actuellement publiées pour parvenir aux résultats demandés, de concevoir des rapports d'analyse pour communiquer ses résultats aux collaborateurs, et de mettre en place un pipeline d'analyse et l'intégrer sur le serveur de la plateforme.

Profil recherché

Nous recherchons un étudiant de niveau BAC+5, en Master ou en École d'Ingénieur, avec une spécialisation en Data Science ou en Bioinformatique, ayant un fort intérêt pour l'analyse des données -omiques, en particulier pour le single-cell RNA-seq.

Nous recherchons une personne rigoureuse et autonome, capable d'interagir aisément avec des équipes pluridisciplinaires (biologie, bio-informatique, physique, mathématiques, informatique) et de communiquer sur ses choix d'analyse et ses résultats.

Modalités d'accueil

Le stage se déroulera au sein de la MEP CENTURI avec le Dr. Thomas Vannier, ingénieur de recherche en bioinformatique et responsable Data Lab de la MEP CENTURI. Une interaction régulière sera maintenue avec le Dr. Fanny Mann, directrice de recherche au CNRS à l'IBDM et porteuse de ce projet de recherche.

L'étudiant sera formé aux analyses de données single-cell RNA-seq ainsi qu'au développement de workflow reproductible.

Sous réserve d'intérêt mutuel, à la fin du stage, CENTURI pourra proposer un contrat à durée déterminée de 1 an (renouvelable) en tant qu'ingénieur d'étude Data Scientist, au sein de la plateforme multi-ingénierie CENTURI.



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  • Data Scientist Stagiaire

    il y a 4 semaines


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    Projet de Recherche AcadémiqueL'objectif de ce projet est de construire le réseau d'interactions ligand-récepteur entre les tumeurs pancréatiques et les sous-types de neurones sensoriels en utilisant des données de single-cell RNA-sequencing, afin d'identifier les voies de signalisation impliquées dans la régulation de l'innervation...


  • Marseille, Provence-Alpes-Côte d'Azur, France SFBI Temps plein

    Spécialiste en Bioinformatique pour l'Analyse de DonnéesL'objectif de ce poste est de développer et d'appliquer une approche de biologie des systèmes à partir de données OMICs (RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq) générées en bulk ou à l'échelle de la cellule unique, à partir de cellules souches hématopoïétiques (CSH) murines et...


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  • Marseille, Provence-Alpes-Côte d'Azur, France SFBI Temps plein

    Ingénieur en Analyse de Données de FiabilitéL'équipe MABioS et l'équipe d'Estelle Duprez recrutent un(e) Ingénieur(e) en Analyse de Données de Fiabilité pour l'analyse de données transcriptomiques et épigénétiques générées par le laboratoire de biologie moléculaire et issus des données publiques.Vous serez chargé(e) de...


  • Marseille, Provence-Alpes-Côte d'Azur, France SFBI Temps plein

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  • Marseille, Provence-Alpes-Côte d'Azur, France SFBI Temps plein

    Mise en place des techniques de traitement et d'analyses bioinformatiquesLe/la candidat(e) recruté(e) aura pour objectif de mettre en place les techniques de traitement et d'analyses bioinformatiques de données de « ribo-seq » au travers d'une étude ciblée d'un virus géant et de son hôte. Il/Elle identifiera les programmes les plus performants et les...


  • Marseille, Provence-Alpes-Côte d'Azur, France SFBI Temps plein

    Contexte et objectifs du stageLe laboratoire IGS tente de comprendre comment les Pandoraviridae créent de nouveaux gènes et l'impact sur leur évolution et leur physiologie. Pour cela, le laboratoire s'appuie sur l'analyse bioinformatique à grande échelle du « traductome » du virus et de son hôte grâce à deux méthodes : le profilage ribosomique...


  • Marseille, Provence-Alpes-Côte d'Azur, France SFBI Temps plein

    Projet de rechercheL'objectif de ce stage est de développer des compétences en bioinformatique pour analyser les données de single-cell RNA-sequencing et identifier les voies de signalisation impliquées dans la régulation de l'innervation tumorale.Compétences requisesConnaissances en bioinformatique et en analyse de donnéesExpérience en...


  • Marseille, Provence-Alpes-Côte d'Azur, France SFBI Temps plein

    Projet de rechercheL'objectif de ce stage est de concevoir des pipelines d'analyse pour les données de séquençage à haut débit et identifier les voies de signalisation impliquées dans la régulation de l'innervation tumorale.Compétences requisesConnaissances en bioinformatique et en analyse de donnéesExpérience en programmation...


  • Marseille, Provence-Alpes-Côte d'Azur, France CNRS Temps plein

    Ingénieur en Génomique Fonctionnelle Nous recherchons un ingénieur en génomique fonctionnelle pour rejoindre notre équipe de recherche au CNRS. Vous serez chargé de développer des approches innovantes de criblage CRISPR pour identifier des liens de létalité synthétique avec de nouveaux inhibiteurs pharmacologiques et proposer des combinaisons...


  • Marseille, Provence-Alpes-Côte d'Azur, France CNRS Temps plein

    Présentation de l'offreL'équipe du Dr. Sandrine Roulland au Centre d'Immunologie de Marseille Luminy recherche un Ingénieur en Génomique Fonctionnelle pour rejoindre son équipe. Le candidat idéal sera un biologiste expérimenté avec une solide formation en biologie moléculaire et une expérience dans l'utilisation des technologies...

  • Chargé(e) de mission

    il y a 4 semaines


    Marseille, Provence-Alpes-Côte d'Azur, France CPAM DES BOUCHES-DU-RHONE Temps plein

    Présentation du poste Nous recherchons un(e) Chargé(e) de mission - Analyse et Statistique pour rejoindre notre équipe de la CPAM des Bouches-du-Rhône. Ce poste consiste à analyser et à interpréter les données pour améliorer la gestion des ressources et la prise de décision.ResponsabilitésElaborer des requêtes dans les bases informationnelles de...

  • Chercheur en biophysique CNRS

    il y a 2 semaines


    Marseille, Provence-Alpes-Côte d'Azur, France CNRS Temps plein

    ContexteL'équipe de recherche du CNRS est à la recherche d'un spécialiste en biophysique pour rejoindre son équipe et contribuer à la recherche sur les nanobodies.Missions- Réaliser des expériences sur la destruction des cellules cancéreuses par les cellules immunitairesCompétences requises- Biologie cellulaire- Microscopie avancée-...


  • Marseille, Provence-Alpes-Côte d'Azur, France Aix-Marseille Université Temps plein

    Mission et objectifsL'unité C2VN, sous la tutelle d'Aix-Marseille Université, de l'INSERM et d'INRAE, se concentre sur l'étude des mécanismes moléculaires et cellulaires impliqués dans le développement de la pathologie cardiovasculaire.Le bio-informaticien (H/F) sera chargé du démultiplexage et de l'analyse de données de...


  • Marseille, Provence-Alpes-Côte d'Azur, France Aix-Marseille Université Temps plein

    MissionL'ingénieur sera intégré au sein de l'Institut de NeuroPhysiopathologie (INP) et du service de Biophysique, Mathématiques, et Informatique de la Faculté de Pharmacie de Marseille.L'INP est un centre d'excellence de formation et de recherche au sein de Aix-Marseille Université (site Timone) qui combine la recherche fondamentale et...


  • Marseille, Provence-Alpes-Côte d'Azur, France Enedis Temps plein

    Intégrer la cellule Qualité de FournitureL'Agence de Supervision et de Gestion des Accès au Réseau et du Dépannage d'Aix en Provence cherche un(e) alternant(e) pour intégrer la cellule Qualité de Fourniture.En tant que membre de cette équipe, vous serez chargé(e) de faire des analyses d'incidents et de travaux impactant la performance de qualité de...


  • Marseille, Provence-Alpes-Côte d'Azur, France Amaris Consulting Temps plein

    Description du poste Nous recherchons un professionnel passionné par la qualité et l'amélioration des processus pour rejoindre notre équipe en tant que Responsable de Cellule Qualité et Process. Ce poste offre l'opportunité de travailler sur des projets variés, d'interagir avec des clients et des équipes pluridisciplinaires, et de jouer un rôle clé...

  • Développeur Responsable

    il y a 2 jours


    Marseille, Provence-Alpes-Côte d'Azur, France AFI KLM E&M Temps plein

    AFI KLM E&M vous offre une opportunité d'intégrer son équipe de développement logiciel en tant que développeur responsable chargé de l'analyse environnementale. Description de la missionL'objectif principal de cette mission est de détecter et d'analyser les impacts environnementaux des applications développées en interne, tout en favorisant...