Thèse : Modélisation D’adn Environnemental Pour

**Description de l'offre**:
L’UMR « Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan » (DECOD) rassemble chercheurs, ingénieurs et techniciens de laboratoires Ifremer, INRAe et de l’Institut Agro Rennes-Angers situés à Brest, Lorient, Nantes et Rennes. Elle a pour ambition de contribuer à produire des connaissances pour anticiper les changements liés aux différentes pressions exercées par les activités humaines sur la biodiversité aquatique continentale et marine. Dans ce contexte, le laboratoire Écologie et Modèles pour l’Halieutique (EMH) à Nantes acquiert des observations en mer et met en œuvre des modèles et des approches quantitatives sur la base de données empiriques, dans un contexte d’approche écosystémique de gestion des pêches.

**Résumé de la thès**

Les méthodes pour l’évaluation des stocks de poissons exploités nécessitent d’important moyens pour fournir des estimations d’abondance fiables, mais ne permettent pas d’évaluer les espèces plutôt rares. Pour combler ces lacunes, une nouvelle méthodologie semble prometteuse, l’analyse d’abondance par ADN environnemental (ADNe). Cependant des modèles statistiques pour utiliser les observations d’ADN pour estimer des indices d’abondance en tenant compte de la dérive et de la dégradation de l’ADN et incluant d’autres informations disponibles (habitats, captures) sont à développer et valider pour le milieu marin. Les objectifs de la thèse sont i) réaliser un modèle de diffusion-advection des molécules d’ADN dans milieu marin qui intègre la dégradation de l'ADN en fonction de la température ainsi que l’hydrologie de la zone d’étude en utilisant des modèles hydrodynamiques (e.g. CROCO) ; ii) développer un modèle spatial de type espace d’état avec une couche latente pour l’abondance et plusieurs modèles d’observations qui intègrent les résultats du modèle de diffusion-advection et le processus d’analyses moléculaires pour les données ADNe ; iii) appliquer les modèles aux données ADNe et chalutage disponibles pour des poissons du golfe de Gascogne.

**Mots-clés**

ADN environnemental, modélisation de transport lagrangien, espèces exploitées, modèle statistique espace d’état, poissons.

**Profil recherché**
- Titulaire d’un master en écologie marine avec de solides compétences en modélisation mécaniste et statistique.

**Conditions de travail**

**L’Ifremer**

Reconnu dans le monde entier comme l’un des tout premiers instituts en sciences et technologies marines, l’Ifremer s’inscrit dans une double perspective de développement durable et de science ouverte. Il mène des recherches, innove, produit des expertises pour protéger et restaurer l’océan, exploiter ses ressources de manière responsable, et partager les connaissances et les données marines afin de créer de nouvelles opportunités pour une croissance économique respectueuse du milieu marin.

Présents sur toutes les façades maritimes de l’hexagone et des outremers, ses laboratoires sont implantés sur une vingtaine de sites dans les trois grands océans : l’océan Indien, l’Atlantique et le Pacifique. Pour le compte de l’Etat, il opère la Flotte océanographique française au bénéfice de la communauté scientifique nationale. Il conçoit ses propres engins et équipements de pointe pour explorer et observer l’océan, du littoral au grand large et des abysses à l’interface avec l’atmosphère.

Ouverts sur la communauté scientifique internationale, ses 1500 chercheurs, ingénieurs et techniciens font progresser les connaissances sur l’une des dernières frontières inexplorées de notre planète ; ils contribuent à éclairer les politiques publiques et à l’innovation pour une économie bleue durable. Leur mission consiste aussi à sensibiliser le grand public aux enjeux maritimes.

Fondé en 1984, l'Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), dont le budget avoisine 240 millions d’Euros. Il est placé sous la tutelle conjointe des ministères de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI), de la Mer (MinMer), de la Transition écologique et solidaire (MTES), de l’Agriculture et de l’Alimentation (MAA).

**Pour postuler