Doctorat en thermodynamique stochastique

Doctorat en thermodynamique stochastique : Modélisation de la dynamique des moteurs flagellaires bactér Partager la page
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Fonction publique : Fonction publique de l'État
Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
Localisation : 34095 MONTPELLIER (France)
Nature de l'emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
Nature du contrat CDD de 3 ans Expérience souhaitée Non renseigné
Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) La rémunération est d'un minimum de 2135,00 € mensuel€ brut/an Afficher la rémunération pour les fonctionnaires Sujet de thèse :
Présentation :
Nous recherchons une personne très motivée pour rejoindre notre équipe de recherche interdisciplinaire et poursuivre des investigations théoriques sur la dynamique des moteurs moléculaires rotatifs d'origine biologique [1] financées par le projet ANR BacElMec Nous utiliserons des approches inspirées de la mécanique statistique hors équilibre [2], plus précisément de la thermodynamique des petits systèmes [3]. Objectifs de la recherche :
Notre tâche principale sera de modéliser différents aspects du moteur flagellaire bactérien (BFM) [4, 5, 6] : 1) son assemblage coopératif, 2) la production de couple, et 3) la dynamique de relaxation asymétrique. De plus, forts de nos résultats sur le BFM, nous souhaitons développer un cadre théorique plus général adapté à l'étude physique des moteurs moléculaires rotatifs d'origine biologique basé sur les méthodes de la thermodynamique stochastique [7, 8].
Nous construirons nos modèles et testerons leurs prédictions en analysant les données expérimentales obtenues sur des moteurs uniques par nos collaborateurs du CBS, Ashley Nord et Francesco Pedaci [9], avec qui nous avons une collaboration de longue date sur l'étude du BFM [10]. Méthodologies :
Le candidat retenu s'engagera, sous la supervision de John Palmeri (DR CNRS, chercheur principal) et de Nils-Ole Walliser (MCF UM), dans un projet de recherche en biophysique théorique qui s'appuie sur la mécanique statistique hors équilibre et la thermodynamique stochastique, y compris :
- Les équations différentielles stochastiques (approches de Langevin et des équations de Fokker-Planck) pour modéliser la dynamique bruyante de la BFM.
- Les principaux résultats de la thermodynamique stochastique tels que les relations de fluctuation, les relations d'incertitude, etc.
- Simulations cinétiques Monte Carlo de modèles de gaz en treillis pour la modélisation détaillée de la dynamique de recrutement et d'assemblage des unités statoriques. Bibliographie :
1. Howard, Jonathon. Mechanics of Motor Proteins and the Cytoskeleton. Sinauer Associates Inc, 2001.
2. Jülicher, F., Ajdari, A., Prost, J Modeling molecular motors. Reviews of Modern Physics, 69(4), 1269.
3. Hayashi, K., Ueno, H., Iino, R., Noji, H Fluctuation theorem applied to F1-ATPase. Physical review letters, ,
4. Sowa, Y., Berry, R. M Bacterial flagellar motor. Quarterly reviews of biophysics, 41(2),
5. Nirody, J. A., Sun, Y. R., Lo, C. J The biophysicist's guide to the bacterial flagellar motor. Advances in Physics: X, 2(2),
6. Nord, A. L., Pedaci, F Mechanisms and dynamics of the bacterial flagellar motor. Physical Microbiology,
7. Seifert, U Stochastic thermodynamics: principles and perspectives. The European Physical Journal B, 64(3),
8. Peliti, Luca, and Simone Pigolotti. Stochastic Thermodynamics: An Introducti
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Profil recherché Contraintes et risques : Niveau d'études minimum requis Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
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