Doctorant-e (H/F)
il y a 1 semaine
Informations générales
Intitulé de l'offre : Doctorant-e (H/F)
Référence : UMR8227-CECHER-003
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail :
Date de publication : samedi 25 mai 2024
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 novembre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : La rémunération est de 2135,00 € mensuel
Section(s) CN : Biologie intégrative des organismes photosynthétiques et des microorganismes associés
Description du sujet de thèse
Les algues brunes appartiennent à la lignée des Stramenopiles et sont phylogénétiquement distantes des plantes et autres organismes multicellulaires. Elles sont des éléments clés des écosystèmes côtiers et représentent une biomasse riche mais sous-utilisée, qui pourrait pourtant fournir des solutions pour relever les défis mondiaux actuels, tels que le changement climatique, les pénuries alimentaires et la demande croissante en composés bioactifs naturels. Elles vivent dans des écosystèmes très dynamiques et, pour prospérer dans de tels habitats, elles ont développé une plasticité en termes de réponses métaboliques, y compris au niveau de leurs matrices extracellulaires (MEC). Cette matrice extracellulaire représente jusqu'à 50 % du poids sec des algues brunes et est impliquée dans de nombreuses fonctions biologiques telles que la morphogenèse, les réactions de défense, etc. La MEC est une structure complexe, constituée d'un assemblage de macromolécules, principalement des polysaccharides. Les principaux polysaccharides de la MEC sont les alginates et les polysaccharides sulfatés contenant du fucose (FCSP). La Laminaire Saccharina latissima est actuellement cultivée en pleine mer à une échelle commerciale en Europe et en Amérique du Nord. Sa biomasse est exploitée essentiellement pour sa teneur en polysaccharides. Il est reconnu que les structures chimiques de ces alginates et FCSP, ainsi que leurs assemblages, peuvent varier en fonction des tissus ou des contraintes environnementales. Cependant, cette variabilité est peu rapportée. Cela est dû à la diversité et à la complexité structurale des FCSP, au manque de progrès technologiques sur l'imagerie de la MEC chez les algues, et aux défis substantiels associés à la recherche sur les glycanes en général.
Ce projet de doctorat vise à obtenir une composition détaillée des polysaccharides de la MEC chez S. latissima au niveau des tissus et en fonction des variations environnementales.
Plusieurs types d'échantillons de S. latissima seront examinés : cultures de laboratoire, biomasse de fermes et algues récoltées sur le littoral. Les objectifs seront atteints grâce à une approche multidisciplinaire, intégrant la spécificité du matériel marin :
1)L'analyse de la teneur en monosaccharides et la quantification des sulfates dans les MEC seront systématiquement effectuées à l'échelle des tissus,
2)La spectroscopie ATR-FTIR sera mise en œuvre pour étudier la variation de nos polysaccharides algaux. Une condition préalable sera d'enrichir nos connaissances actuelles sur les bandes d'absorption.
3)Des anticorps monoclonaux dirigés contre les polysaccharides de la MEC de S. latissima ont été obtenus au laboratoire et attendent d'être caractérisés. Ils seront utilisés pour localiser les différents polysaccharides ciblés dans les tissus grâce à des techniques d'imagerie.
4)L'utilisation d'anticorps sera couplée à l'utilisation d'enzymes et/ou à des méthodes chromatographiques afin d'étudier les variations et interactions entre polysaccharides
5)La déconstruction enzymatique 3D par microtomographie à rayons X sera initiée.
Le/la candidat-e sera titulaire d'un M2 en biologie végétale ou glycobiologie. De solides compétences en chimie analytique des polysaccharides sont recommandées. Une connaissance des algues marines serait appréciée.
Contexte de travail
Cette offre de thèse s'inscrit dans le cadre du projet de recherche PEPR B-BEST « Biomasses, biotechnologies et technologies durables pour la chimie et les carburants » financé par l'ANR et coordonné par l'INRAE et IFPEN. Le travail sera effectué au sein de l'équipe partenaire « Glycobiologie Marine » de la SBR, à Roscoff, Bretagne (encadrants : Cécile Hervé, HDR ; Diane Jouanneau).
Contraintes et risques
néant
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