Phd Position F/m Novel Computational Methods for
il y a 2 semaines
Type de contrat :
CDD
Niveau de diplôme exigé :
Bac + 5 ou équivalent
Fonction :
Doctorant
A propos du centre ou de la direction fonctionnelle:
The Inria Centre at Rennes University is one of Inria's eight centres and has more than thirty research teams. The Inria Centre is a major and recognized player in the field of digital sciences.
It is at the heart of a rich R&D and innovation ecosystem:
highly innovative PMEs, large industrial groups, competitiveness clusters, research and higher education players, laboratories of excellence, technological research institute, etc.
Contexte et atouts du poste:
The emergence of modern DNA sequencing technologies has revolutionized the life sciences.
However, the exponential growth of sequencing data outpaces the expansion of computational capacities, making traditional search methods such as Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) [1] and its successors increasingly less effective.
To keep up with the volumes of sequencing data being generated, we need novel sublinear approaches that could store and analyze data directly in the compressed domain.
However, while it has been shown that genomic data have particular geometrical properties that guarantee the existence of such efficient algorithms [2], [3], the compression of exponentially growing genome collections in a scalable manner remains an unsolved challenge.
A novel approach, called phylogenetic compression, has recently been proposed to address this challenge [4].The technique builds upon the insight that the redundancies in genomic data have, in fact, a highly predictable structure, mirroring the underlying evolutionary processes.
As the evolutionary history of genomes can be rapidly estimated, this history can be embedded directly into the compression and search algorithms to increase their efficiency and scalability.
The preliminary results demonstrated remarkable improvements over the state-of-the-art compression methods and suggested its applicability to many diverse data structures across bioinformatics [4].
[1] S. F. Altschul, W. Gish, W. Miller, E. W. Myers, and D. J. Lipman, "Basic local alignment search tool," J. Mol. Biol., vol. 215, no. 3, pp , Oct. 1990.[2] P.R. Loh, M. Baym, and B. Berger, "Compressive genomics," Nat. Biotechnol., vol. 30, no. 7, pp , Jul. 2012.
[3] Y. W. Yu, N. M. Daniels, D. C. Danko, and B. Berger, "Entropy-scaling search of massive biological data," Cell Syst, vol. 1, no. 2, pp , Aug. 2015.
[4] K. Břinda et al., "Efficient and Robust Search of Microbial Genomes via Phylogenetic Compression," bioRxiv, Apr.
2023, doi:
/
Mission confiée:
Avantages:
- Subsidized meals
- Partial reimbursement of public transport costs
- Possibility of teleworking (90 days per year) and flexible organization of working hours
- Partial payment of insurance costs
Rémunération:
Monthly gross salary amounting to 2100 euros for the first and second years and 2200 euros for the third year
Informations générales:
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Thème/Domaine: Biologie numérique
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Ville: Rennes
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Centre Inria: Centre Inria de l'Université de Rennes
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Date de prise de fonction souhaitée:
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Durée de contrat: 3 ans
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Date limite pour postuler:
Consignes pour postuler:
Please submit online :
your resume, cover letter and letters of recommendation eventually
Sécurité défense:
Ce poste est susceptible d'être affecté dans une zone à régime restrictif (ZRR), telle que définie dans le décret n° relatif à la protection du potentiel scientifique et technique de la nation (PPST).
L'autorisation d'accès à une zone est délivrée par le chef d'établissement, après avis ministériel favorable, tel que défini dans l'arrêté du 03 juillet 2012, relatif à la PPST.
Un avis ministériel défavorable pour un poste affecté dans une ZRR aurait pour conséquence l'annulation du recrutement.Politique de recrutement:
Dans le cadre de sa politique diversité, tous les postes Inria sont accessibles aux personnes en situation de handicap.
Contacts:
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Équipe Inria: GENSCALE
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Directeur de thèse:
A propos d'Inria:
Inria est l'institut national de recherche dédié aux sciences et technologies du numérique. Il emploie 2600 personnes.
Ses 215 équipes-projets agiles, en général communes avec des partenaires académiques, impliquent plus de 3900 scientifiques pour relever les défis du numérique, souvent à l'interface d'autres disciplines.
L'institut fait appel à de nombreux talents dans plus d'une quarantaine de métiers différents.900 personnels d'appui à la recherche et à l'innovation contribuent à faire émerger et grandir des projets scientifiques ou entrepreneuriaux qui impactent le monde.
Inria travaille avec de nombreuses entreprises et a-
PhD Position at IETR
il y a 2 semaines
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Phd Position F/m Doctoral Position On Lattice
il y a 2 semaines
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PhD Position F/M Incremental Deep Learning for Embedded Systems
il y a 2 semaines
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Engineer Position Avatars For Virtual Reality H/F
il y a 2 semaines
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Phd Position F/m Robust and Agile Transportation of
il y a 2 semaines
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Synthesis of Functionalized Lipids for Drug Delivery
il y a 2 semaines
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Phd Position F/m Reliability and Security of Large
il y a 2 semaines
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Ultra-low Power Evolutionary Reinforcement Learning
il y a 2 semaines
Rennes, Bretagne, France INSTITUT NATIONAL DES SCIENCES APPLIQUEES Temps pleinUltra-low Power Evolutionary Reinforcement Learning PhDs:Réf- ABG-113376 Sujet de Thèse 14/04/2023 Financement public/privé INSTITUT NATIONAL DES SCIENCES APPLIQUEES Lieu de travail Rennes Bretagne France Intitulé du sujet Ultralow Power Evolutionary Reinforcement Learning PhDs Champs scientifiques Energie Matériaux Mots clés Artificial Intelligence,...
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Phd Position F/m Reliability and Security of Large
il y a 2 semaines
Rennes, Bretagne, France Inria Temps pleinLe descriptif de l'offre ci-dessous est en Anglais_**Type de contrat **:CDD**Niveau de diplôme exigé **:Bac + 5 ou équivalent**Fonction **:Doctorant**A propos du centre ou de la direction fonctionnelle**:The Inria Rennes - Bretagne Atlantique Centre is one of Inria's eight centres and has more than thirty research teams. The Inria Center is a major and...
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R&D Engineer in Physic and Chemistry, PhD
il y a 2 semaines
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Responsable Méthodes
il y a 2 semaines
Rennes, Bretagne, France CAILabs Temps plein**Qui sommes-nous ?**Fondée en 2013, Cailabs est le spécialiste mondial de la mise en forme des lasers, grâce en particulier à une technologie unique et brevetée (MPLC), issue de laboratoires scientifiques. Elle conçoit, fabrique et développe des solutions photoniques innovantes pour le spatial, l'industrie (usinage laser) les télécommunications et...
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PhD,End-to-end energy-constrained video content delivery
il y a 4 jours
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Responsable Méthodes
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