Développement d'une application web pour l'hébergement d'outils d'analyse d'images et de workflows en biologie

il y a 4 semaines

Bretagne, France Inria Temps plein
A propos du centre ou de la direction fonctionnelle

Le centre Inria de l'Université de Rennes est l'un des huit centres d'Inria et compte plus d'une trentaine d'équipes de recherche. Le centre Inria est un acteur majeur et reconnu dans le domaine des sciences numériques. Il est au cœur d'un riche écosystème de R&D et d'innovation : PME fortement innovantes, grands groupes industriels, pôles de compétitivité, acteurs de la recherche et de l'enseignement supérieur, laboratoires d'excellence, institut de recherche technologique.

Contexte et atouts du poste

L'objectif du stage est de développer un application web dédiée à l'hébergement et au partage des outils d'analyse d'images pour la biologie.

Equipe projet Sairpico

Le projet se déroulera au sein de l'équipe Sairpico, spécialisée dans le développement de méthodes innovantes pour la restauration et la reconstruction d'images de microscopie, l'analyse de mouvement et le calcul de trajectoires de molécules dans l'imagerie de cellules vivantes, et l'estimation de paramètres biophysiques.

L'analyse d'images en biologie

La communauté de biologistes et d'analystes d'images de microscopie utilise de nombreux composants logiciels pour extraire et quantifier l'information nécessaire à ses expérimentations (débruitage, détection de particules, segmentation, tracking, etc.). Ces outils très divers sont développés dans différents langages de programmation, nécessitent souvent des environnements logiciels spécifiques, et ne sont pas facilement accessibles sur une plateforme centralisée. Sans organisation rigoureuse, la gestion et l'analyse d'image en biologie ne respectent pas les principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reproductible) qui établissent que les données doivent être facilement trouvables, accessibles, interopérables et reproductibles.

BioImageIT est une application intégrant la gestion de données avec l'analyse d'images dans une solution unique. Ce gestionnaire de workflow permet de grandement simplifier les processus d'installation de composants logiciels, la gestion des dépendances et des environnements logiciels, la structuration des métadonnées et l'exécution des outils de traitement sur clusters de calcul. Les analystes peuvent ainsi créer leurs chaînes de traitement et les exécuter pour mener à bien leurs expérimentations.

Afin de favoriser l'échange et la reproductibilité des composants logiciels, la communauté d'analystes en biologie à besoin d'une plateforme web qui héberge les outils nécessaires à leur travaux. Cela comprend aussi bien les logiciels spécifiques à chaque étape de traitement que les workflows entiers, qu'ils soient au format BioImageIT ou sous forme de notebook Jupyter.

Mission confiée

Missions Avec l'aide de l'ingénieur de recherche Arthur Masson et plus largement de l'équipe Sairpico, la personne recrutée sera amenée à développer une application web pour faciliter l'accessibilité et le partage d'outils de traitement d'image dans la communauté d'analyste en microscopie pour la biologie.

Cette solution comportera les éléments classiques d'une plateforme web (un backend, un frontend, une base de donnée, un système d'authentification, etc.) et l'ensemble sera modulaire, sous forme de services conteneurisés (Docker).

Collaboration La personne recrutée sera en lien avec FBI Data, l'équipe de gestion de données de France-BioImaging .

Responsabilités La personne recrutée sera chargée du développement logiciel et du déploiement de la plateforme et prendra des initiatives pour concevoir un outil adapté aux besoins de la communauté d'analystes en microscopie.

Principales activités

Principales activités :
  • Analyser les besoins de la communauté d'analystes d'images en microscopie, notamment avec les groupes France BioImaging FBI Data et FBIAS
  • Analyser les plateformes de partage existantes (Knime Hub, nf-core, bioconda, etc.), puis définir les spécifications de la plateforme
  • Etudier les solutions de développement web (Next.js, etc) pour faire des choix technologiques pertinents
  • Implémenter les tests unitaires et fonctionnels répondant aux spécifications
  • Développer et déployer une plateforme web répondant aux objectifs fixés

Activités complémentaires :
  • Rédiger la documentation de la plateforme
  • (optionnel) Animer la communauté d'utilisateurs
  • (optionnel) Présenter l'avancée des travaux aux partenaires

Compétences

Compétences techniques et niveau requis :

Développement web fullstack avec un ou plusieurs framework web ; maîtrise de git ; capacité à écrire du code clair, documenté et testé.

Compétences additionnelles appréciées :

Être à l'écoute, être force de proposition, savoir être autonome, savoir planifier et mener à bien un projet.

Avantages

  • Restauration subventionnée
  • Transports publics remboursés partiellement
  • Congés: 7 semaines de congés annuels + 10 jours de RTT (base temps plein)
  • Possibilité de télétravail (90 jours / an) et aménagement du temps de travail
  • Équipements professionnels à disposition (visioconférence, prêts de matériels informatiques, etc.)
  • Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des œuvres sociales d'Inria)

  • Développement de modules Python pour le traitement d'images 3Dtemps en microscopie à fluorescence

    il y a 4 semaines

    Bretagne, France Inria Temps plein

    A propos du centre ou de la direction fonctionnelleLe centre Inria de l'Université de Rennes est l'un des huit centres d'Inria et compte plus d'une trentaine d'équipes de recherche. Le centre Inria est un acteur majeur et reconnu dans le domaine des sciences numériques. Il est au cœur d'un riche écosystème de R&D et...

  • Ingénieur DevOps F/H

    il y a 6 jours

    Bretagne, France Vinci Temps plein

    Nous recherchons un(e) ingénieur(e) DevOps sur Brest pour rejoindre l'équipe Axians Outsourcing Ouest.Dans le cadre de vos premières missions, vous serez amené à accompagner l'un de nos clients sur le maintien du run et l'upgrade du legacy.Nous recherchons quelqu'un qui a envie d'intervenir aussi bien en régie qu'en support pour...

  • Intégrateur d'applications

    il y a 4 semaines

    Bretagne, France ECONOCOM France Temps plein

    Nous vous invitons à relever de nouveaux challenges et à évoluer sur des projets d'expertise et d'innovation en prenant part à l'aventure Econocom.A travers sa marque Workplace Infra Innovation, le groupe Econocom s'affirme comme la première entreprise du digital en Europe, la 7ème ESN de France et le leader de l'infogérance...

  • Développeur Front End H/F

    il y a 6 jours

    Bretagne, France MICHAEL PAGE Temps plein

    Créé en 2004, notre client est un éditeur de logiciels spécialisé dans l'information et le conseil auprès des entreprises du secteur agroalimentaire. Il travaille avec des coopératives, des courtiers, des négociants, des grandes surfaces, des entreprises de l'énergie, ainsi qu'avec des clients allant d'auto-entrepreneurs aux grands...

  • Juriste, rédacteur

    il y a 4 semaines

    Bretagne, France Meilleurtaux Temps plein

    Description de l'entreprisePrésent sur internet depuis 2003, MoneyVox.fr est un site d'information indépendant sur les finances personnelles et l'argent. Fort d'une audience de plusieurs millions de visiteurs chaque mois et en pleine croissance, notre media est aujourd'hui une référence sur ce domaine. Outre la rédaction...

  • Ingénieur Logiciel

    il y a 4 semaines

    Bretagne, France THALES Temps plein

    QUI SOMMES-NOUS ?Construisons ensemble un avenir de confianceThales est un leader mondial des hautes technologies spécialisé dans trois secteurs d'activité : Défense & Sécurité, Aéronautique & Spatial, et Cybersécurité & Identité numérique. Il développe des produits et solutions qui contribuent à un monde plus sûr, plus respectueux de...

  • R&D Software Engineer C++

    il y a 6 jours

    Bretagne, France Stryker Temps plein

    Work Flexibility: Hybrid or OnsiteAu sein de notre site en recherche et développement, vous aiderez au développement du logiciel Blueprint qui traduit les images scanner et IRM en 3D. Ce logiciel à la pointe de la technologie permet d'aider les chirurgiens au mieux avant l'opération des patients et ainsi garantir une prise en charge optimale....

  • Ingénieur(e) en développement Full Stack

    il y a 6 jours

    Bretagne, France Ateme Temps plein

    Si vous avez déjà regardé un programme à la télé ou un film sur votre téléphone ou tablette, il y a de forte chance que cette expérience vous ait été offerte grâce à une solution Ateme créée par nos ingénieurs primés.Ateme (PARIS : ATEME) est le leader mondial de la diffusion vidéo, partenaire des plus grands fournisseurs de contenus et de...

  • Développeur Back-End Java Sénior H/F

    il y a 6 jours

    Bretagne, France JEMS Temps plein

    A propos de JEMSLe métier de JEMS consiste à créer, manager et exploiter le patrimoine de données des entreprises qui devient ainsi un véritable actif. Notre procédé unique de fabrication nous permet d'industrialiser la création de cas d'usage et de services innovants.Le pôle digital est en charge de développer ces services innovants à...

  • Ingénieur Atlassian et outils de collaboration

    il y a 4 semaines

    Bretagne, France Fortil Temps plein

    VOS RESPONSABILITÉS MÉTIERPour accompagner l'équipe, vous êtes capable de prendre le lead sur tout ou partie des responsabilités métiers suivantes : Migration et administration Atlassian : Planifier, coordonner et exécuter la migration des environnements Confluence et Jira existants vers une nouvelle infrastructure Assurer l'intégrité des...

  • Développeur PHP H/F

    il y a 6 jours

    Bretagne, France Michael Page Temps plein

    Notre client est une plateforme de gestion et de pilotage des processus qualité, HSE et RSE, avec un impact opérationnel et stratégique durable. Depuis plus de 20 ans, cette entreprise accompagne ses clients, les forme et assure le support à l'utilisation de ses solutions. Ses clients proviennent de divers secteurs.Avec plus de 2 000 clients abonnés...

  • Développeur·euse Front

    il y a 6 jours

    Bretagne, France Inria Temps plein

    A propos du centre ou de la direction fonctionnelleLe centre Inria de l'Université de Rennes est l'un des neuf centres d'Inria et compte plus d'une trentaine d'équipes de recherche. Le centre Inria est un acteur majeur et reconnu dans le domaine des sciences numériques. Il est au cœur d'un riche écosystème de R&D et...

  • Ingénieur développement logiciel de simulation

    il y a 6 jours

    Bretagne, France THALES Temps plein

    QUI SOMMES-NOUS ?Construisons ensemble un avenir de confianceThales est un leader mondial des hautes technologies spécialisé dans trois secteurs d'activité : Défense & Sécurité, Aéronautique & Spatial, et Cybersécurité & Identité numérique. Il développe des produits et solutions qui contribuent à un monde plus sûr, plus respectueux de...

  • Administrateur Systèmes Devops F/H

    il y a 4 semaines

    Bretagne, France Vinci Temps plein

    Axians est la marque de VINCI Energies dédiée aux solutions ICT, c'est-à-dire la maitrise de l'ensemble des technologies de l'information et de la communication : Cloud & Data Center, Réseaux d'entreprises, Digital Workspace, Data Analytics & Business Applications, Audiovisuel et Cybersécurité.Nous accompagnons nos clients - entreprises...

  • Développeur Web F/H

    il y a 6 jours

    Bretagne, France Apside Temps plein

    Et si vous rejoigniez une entreprise qui vous ressemble ?L'agence de Brest a été créée en 2007 et compte aujourd'hui plus de 100 collaborateurs.Nos collaborateurs Brestois accompagnent nos clients sur tout le cycle de vie d'un projet informatique, de la conception à la mise en production, en intervenant aussi sur les aspects gestion de...

  • Ingénieur(e) Validation Logiciels

    il y a 6 jours

    Bretagne, France THALES Temps plein

    QUI SOMMES-NOUS ?Construisons ensemble un avenir de confianceThales est un leader mondial des hautes technologies spécialisé dans trois secteurs d'activité : Défense & Sécurité, Aéronautique & Spatial, et Cybersécurité & Identité numérique. Il développe des produits et solutions qui contribuent à un monde plus sûr, plus respectueux de...

  • Ingénieur SI Exploitation Production H/F

    il y a 6 jours

    Bretagne, France ECONOCOM France Temps plein

    Nous vous invitons à relever de nouveaux challenges et à évoluer sur des projets d'expertise et d'innovation en prenant part à l'aventure Econocom.A travers sa marque Workplace Infra Innovation, le groupe Econocom s'affirme comme la première entreprise du digital en Europe, la 7ème ESN de France et le leader de l'infogérance...

  • Développeur Informatique H/F

    il y a 5 jours

    Bretagne, France Michael Page Temps plein

    Notre client, située en Bretagne, est une entreprise spécialisée dans la fabrication de portails, clôtures et garde-corps en aluminium. Il est reconnue pour son savoir-faire artisanal et son engagement en faveur de la qualité, de l'innovation et de l'esthétique.Notre client valorise la production locale et durable, avec des produits sur mesure...

  • PFE Etude et développement d'une Installation de Stockage de Déchets Inertes F/H

    il y a 4 semaines

    Bretagne, France Vinci Temps plein

    Dans le cadre de ton PFE, nous te proposons de rejoindre les équipes de l'agence de Lorient (56) afin de réaliser une étude prospective sur les ICPE (Installations Classées pour la Protection de l'Environnement) en lien avec le recyclage et les économies circulaires du département du Morbihan.L'objectif est de les identifier, et les...

  • Freelance - Responsable applicatif RH (HR Access/Cobol) F/H - Brest

    il y a 6 jours

    Bretagne, France Scalian SAS Temps plein

    Freelance - Responsable applicatif RH (HR Access/Cobol) F/H - BrestIndépendant ou portage à Brest/ Pas de télétravailMin. 5 ans en gestion d'applications RH dont 3 ans sur HR AccessTJM : 480 à 500€ tous frais inclusMission de 6 mois renouvelableQuel sera votre rôle ?Nous accompagnons notre client, spécialisé dans l'industrie navale, dans...