Bio Informaticien

Rattaché à l’équipe bio-informatique de l’Unité de Génétique Virale et Biosécurité, la personne recrutée devra développer un logiciel de détection d’OGM inconnus de plante (non répertoriés). Pour cela, il-elle pourra s’appuyer sur le logiciel DUGMO [Hurel _et al._, BMC Bioinformatics 2020] dédié aux bactéries et l’adapter pour son utilisation sur des données de séquençage de plante, de virus, ou métagénomiques par ordre de priorité en fonction de son avancement.

Votre équipe

La direction pilote : ANSES de Ploufragan-Plouzané-Niort.

Au sein de cette direction, l’Unité de Génétique Virale et Biosécurité (UGVB) est une unité à positionnement transversal avec une forte orientation de son activité axée sur l’innovation en méthodologie.

Elle contribue grâce à une dynamique de plateforme (NGS, transcriptomique, séquençage long reads) à fournir un environnement scientifique et technique propice aux activités de recherche et de référence du site de Ploufragan-Plouzané-Niort ainsi qu’aux autres sites de l’ANSES.

Dans le cadre de son activité de plateforme, l’UGVB collabore avec le Laboratoire de Santé des Végétaux d’Angers, dont l’une des problématiques est la détection d’Organismes Génétiquement Modifiés (OGM).

**Vous rejoindrez une équipe de quatre personnes, dédiée à l’analyse de données de séquençage haut débit. **Vous pourrez vous appuyer sur l’expérience de M. Touzain, votre encadrant principal, pour la partie bio-informatique, et sur celle de Mme Bougeard pour les méthodes de Machine Learning employées.

Votre quotidien

**Activité 1**:

- Faire la bibliographie sur les outils de clustering, les pangénomes, les annotateurs bactériens et eucaryotes**.**

**Activité 2**:

- Familiarisation avec DUGMO, remplacement de l’annotateur prokka par bakta, mise à jour du modèle dans une optique d’universalité.

**Activité 3**:

- Implémentation en snakemake/python/R d’une variante du logiciel DUGMO apte à détecter des OGM inconnus de plantes.

**Activité 4**:

- Implémentation en snakemake/python/R d’une variante du logiciel DUGMO apte à traiter un échantillon métagénomique.

**Activité 5**:

- Implémentation en snakemake/python/R d’une variante du logiciel DUGMO apte à détecter des OGM inconnus de virus.

**Activité 6**:

- Valoriser chaque variante par un article dans une revue de référence à comité de lecture du domaine bio-informatique.

Votre profil

**Formation et expérience requises**:
De formation bioinformatique Bac +5, vous avez un goût prononcé pour la recherche, avez des connaissances biologiques générales, et un attrait pour les statistiques et la programmation python/R/Snakemake. - BAC + 3 minimum

**Compétences**:

- Programmation en Python, R, Snakemake
- Connaissances de conda/mamba, git et gitlab
- Connaissances biologiques générales
- Des connaissances en statistiques et particulièrement en Machine Learning seraient un plus
- Bonne maîtrise de l’Anglais technique lu, écrit, parlé
- Maîtrise des environnements Linux/Unix Windows 10
- Qualités requises : grande autonomie, organisation, rigueur
- Une connaissance préalable des outils bioinformatiques et des méthodes de traitement des données issues de séquençages haut débit serait un plus (bwa, bowtie2, fastp, shovill, etc )

Type d'emploi : Temps plein, CDD
Statut : Cadre
Durée du contrat : 18 mois

Salaire : 34 000,00€ à 40 000,00€ par an

Avantages:

- Horaires flexibles
- Participation au transport
- Restaurant d'entreprise
- RTT
- Travail à domicile

Programmation:

- Horaires flexibles

Lieu du poste : Un seul lieu de travail

Flextime