Bio-informaticien (F/H)

il y a 2 semaines

Ploufragan, France AGENCE NATIONALE DE SECURITE SANITAIRE DE L ALIMENTATION DE L ENVIRONNEMENT ET DU TRAVAIL Temps plein

Descriptif du poste

Rattaché à l équipe bio-informatique de l Unité de Génétique Virale et Biosécurité, la personne recrutée devra développer un logiciel de détection d OGM inconnus de plante (non répertoriés). Pour cela, il-elle pourra s appuyer sur le logiciel DUGMO [Hurel et al., BMC Bioinformatics 2020] dédié aux bactéries et l adapter pour son utilisation sur des données de séquençage de plante, de virus, ou métagénomiques par ordre de priorité en fonction de son avancement.

Votre équipe

La direction pilote : ANSES de Ploufragan-Plouzané-Niort.

Au sein de cette direction, l Unité de Génétique Virale et Biosécurité (UGVB) est une unité à positionnement transversal avec une forte orientation de son activité axée sur l innovation en méthodologie.

Elle contribue grâce à une dynamique de plateforme (NGS, transcriptomique, séquençage long reads) à fournir un environnement scientifique et technique propice aux activités de recherche et de référence du site de Ploufragan-Plouzané-Niort ainsi qu aux autres sites de l ANSES.

Dans le cadre de son activité de plateforme, l UGVB collabore avec le Laboratoire de Santé des Végétaux d Angers, dont l une des problématiques est la détection d Organismes Génétiquement Modifiés (OGM).

Vous rejoindrez une équipe de quatre personnes, dédiée à l analyse de données de séquençage haut débit. Vous pourrez vous appuyer sur l expérience de M. Touzain, votre encadrant principal, pour la partie bio-informatique, et sur celle de Mme Bougeard pour les méthodes de Machine Learning employées.

Votre quotidien

Activité 1:

- Faire la bibliographie sur les outils de clustering, les pangénomes, les annotateurs bactériens et eucaryotes.

Activité 2:

- Familiarisation avec DUGMO, remplacement de l annotateur prokka par bakta, mise à jour du modèle dans une optique d universalité.

Activité 3:

- Implémentation en snakemake/python/R d une variante du logiciel DUGMO apte à détecter des OGM inconnus de plantes.

Activité 4:

- Implémentation en snakemake/python/R d une variante du logiciel DUGMO apte à traiter un échantillon métagénomique.

Activité 5:

- Implémentation en snakemake/python/R d une variante du logiciel DUGMO apte à détecter des OGM inconnus de virus.

Activité 6:

- Valoriser chaque variante par un article dans une revue de référence à comité de lecture du domaine bio-informatique.

Profil recherché

De formation bioinformatique Bac +5, vous avez un goût prononcé pour la recherche, avez des connaissances biologiques générales, et un attrait pour les statistiques et la programmation python/R/Snakemake. BAC + 3 minimum

Compétences:

- Programmation en Python, R, Snakemake
- Connaissances de conda/mamba, git et gitlab
- Connaissances biologiques générales
- Des connaissances en statistiques et particulièrement en Machine Learning seraient un plus
- Bonne maîtrise de l Anglais technique lu, écrit, parlé
- Maîtrise des environnements Linux/Unix Windows 10
- LANGUESAnglais

SAVOIR-ÊTRE
- Capacité d'adaptationSAVOIR-FAIRE
Linux
Microsoft Windows

**Voir plus**

Entreprise

Respirer, manger, travailler notre vie quotidienne peut nous exposer à des risques pour notre santé. Les évolutions du climat, des technologies et nos choix de société font également émerger des menaces nouvelles pour l Homme et l environnement, en France et au-delà des frontières. Au service de l intérêt général, l Anses œuvre chaque jour à mobiliser la science pour un monde plus sûr, plus sain, pour tous.

L Anses est l agence nationale de sécurité sanitaire de l alimentation, de l environnement et du travail.

Établissement public à caractère administratif, elle est sous la tutelle des ministères de la santé, de l environnement, de l agriculture, du travail et de la consommation.

Répartis sur 16 sites en France, plus de 1400 femmes et hommes s engagent chaque jour pour un monde plus sûr, plus sain.

Agence au service de tous, l'Anses est pleinement engagée pour faire progresser les connaissances et anticiper les défis de demain en matière de santé et de préservation des écosystèmes.

Depuis 2010, elle apporte les repères scientifiques nécessaires pour protéger notre santé contre les risques liés à l alimentation, l environnement et le travail, ou qui affectent la santé des animaux et des plantes.
- Agence d expertise scientifique, elle surveille et évalue ces risques sanitaires, auxquels elle consacre aussi des activités de recherche. Elle contribue à faire progresser les connaissances scientifiques en appui aux décideurs publics, y compris en cas de crise sanitaire.
- Autres offres de l'entreprise**Personne en charge du recrutement**
Thi my trang Arlaud
- _Gestionnaire RH_

Salaire

A partir de 35 k€ brut annuel

Prise de poste

Dès que possible

Expérience

Minimum 2 ans

Métier

Ingénieur R&D

Statut du poste

Cadre du secteur public / Armées

Zone

  • Chargé de Projet de Recherche en Virologie

    il y a 1 mois

    Ploufragan, France AGENCE NATIONALE DE SECURITE SANITAIRE DE L ALIMENTATION DE L ENVIRONNEMENT ET DU TRAVAIL Temps plein

    Descriptif du poste Contrat à durée déterminée de droit public jusqu’au 30/03/2024 Rattaché à l'unité Virologie Immunologie Porcines du laboratoire de Ploufragan/Plouzané/Niort, vous intégrez l'équipe « recherche et référence Peste Porcine Africaine (PPA) ». Sous l'autorité de la cheffe d'unité, vous serez principalement chargé de...

  • Maçon Vrd N2p2

    il y a 1 mois

    Ploufragan, France ACTUAL SAINT BRIEUC Temps plein

    **Votre Mission**: À la recherche d'un poste de maçon VRD N2P2 (h/f) Vous êtes au bon endroit, notre offre devrait vous plaire ! **Vous serez en charge de**: - Travaux de terrassement - Travaux de maçonnerie, pose de bordures et de pavés Pour cela, vous devrez respecter les règles de sécurité établies par l'entreprise pour laquelle vous...

  • Agent D'entretien

    il y a 1 mois

    Ploufragan, France Net Plus Temps plein

    Vous recherchez un complément d'heures ? Nous recherchons pour notre agence des Côtes d'Armor un(e) agent d'entretien (F/H) sur le secteur de Ploufragan(22) un **CDD** 15h/s Horaires : 17h00 - 20h00 Poste à pourvoir rapidement Type d'emploi : Temps partiel, CDD Durée du contrat : 2 semaines Nombre d'heures : 15 par semaine Salaire : 11,48€ par...

  • Alternance - Technicien(ne) informatique (H/F)

    il y a 4 semaines

    Ploufragan, France Caf des Côtes d'Armor Temps plein

    Acteur essentiel de la politique familiale et partenaire de la vie économique et sociale du département, la Caisse d'Allocations Familiales des Côtes d'Armor est un organisme privé assurant une mission de service public à l'attention des familles et des personnes les plus vulnérables, dans un esprit de solidarité.Près de 300 agents œuvrent au...

  • Alternance - Technicien(ne) informatique (H/F)

    il y a 4 semaines

    Ploufragan, Bretagne, France Caf des Côtes d'Armor Temps plein

    Acteur essentiel de la politique familiale et partenaire de la vie économique et sociale du département, la Caisse d'Allocations Familiales des Côtes d'Armor est un organisme privé assurant une mission de service public à l'attention des familles et des personnes les plus vulnérables, dans un esprit de solidarité.Près de 300 agents œuvrent au...

  • Préparateur de Commandes

    il y a 1 mois

    Ploufragan, France Samsic Emploi - Saint-Brieuc Temps plein

    Notre agence, **Samsic emploi Saint-Brieuc**, vous accompagne dans votre recherche d'emploi, en intérim, CDD, CDI sur tout secteur d'activité. Notre client, spécialisé dans la distribution recrute dans le cadre de son développement des Préparateurs de commandes H/F. **Vos missions seront les suivantes**: - Préparation de commandes de produits...

  • Préparateur de Commandes

    il y a 4 semaines

    Ploufragan, France Samsic Emploi - Saint-Brieuc Temps plein

    Notre agence, **Samsic emploi Saint-Brieuc**, vous accompagne dans votre recherche d'emploi, en intérim, CDD, CDI sur tout secteur d'activité. Notre client, spécialisé dans la distribution recrute dans le cadre de son développement des Préparateurs de commandes H/F. **Vos missions seront les suivantes**: - Préparation de commandes de produits...

  • Chauffeur PL H/F

    il y a 2 semaines

    Ploufragan, France Golden Bees Temps plein

    Le poste de Chauffeur PL H/FVous recherchez un emploi ? Nous avons une astuce : ARTUS ! ARTUS Intérim et Solutions RH ! Avec + de 50 agences d'intérim dans le grand ouest, ARTUS vous accompagne avec professionnalisme dans vos recherches de mission d'intérim ou d'emploi en CDD ou CDI. ARTUS INTERIM DINAN Recherche pour son client acteur majeur fournisseurs...

  • Chauffeur SPL H/F

    il y a 2 semaines

    Ploufragan, France Golden Bees Temps plein

    Le poste de Chauffeur SPL H/FVous recherchez un emploi ? Nous avons une astuce : ARTUS ! ARTUS Intérim et Solutions RH ! Avec + de 50 agences d'intérim dans le grand ouest, ARTUS vous accompagne avec professionnalisme dans vos recherches de mission d'intérim ou d'emploi en CDD ou CDI. ARTUS INTERIM DINAN Recherche pour son client acteur majeur...

  • AGENTS DE CUISSON

    il y a 2 semaines

    Ploufragan, France Randstad Lamballe Careers Temps plein

    Randstad vous ouvre toutes les portes de l'emploi : intérim, CDD, CDI. Chaque année, 330 000 collaborateurs (f/h) travaillent dans nos 60 000 entreprises clientes. Rejoignez-nous !Nous recherchons pour le compte de notre client, des agents de cuisson (f/h) en week end.Effectuer le chargement et le déchargement des autoclaves avec l'aide de...

  • Conducteur Spl

    il y a 1 mois

    Ploufragan, France Camo Emploi PLOERMEL Temps plein

    Notre agence Camo Emploi de Ploermel recrute pour son client, spécialisé dans le transport, un CONDUCTEUR SPL H/F afin de renforcer ses équipes. Dans le cadre de cette mission, sous la responsabilité de l’exploitant, vous êtes en charge de : Veiller au bon suivi des documents de transportEffectuer les opérations de déchargement (manutention...

  • Serveur/barman (H/F)

    il y a 1 jour

    Ploufragan, France la villa bella Temps plein

    Nous recherchons un Serveur de Bar (H/F) compétent et dynamique pour rejoindre notre équipe. En tant que Serveur de Bar, vous serez responsable de fournir un service exceptionnel aux clients et de créer une expérience agréable dans notre établissement. Responsabilités: - Accueillir les clients et les accompagner à leur table - Prendre les commandes...

  • Tourneur (H/F)

    il y a 1 mois

    Ploufragan, France CRIT Temps plein

    **à propos de l’entreprise**: Vous recherchez un emploi en CDI, CDD, CDII ou en intérim **Description du poste**: Nous recherchons pour l'un de nos clients un Tourneur H/F Votre activité principale est le réglage de l'usinage de pièces unitaires ou de petites/moyennes séries sur tour ou fraiseur numérique. Horaire en 2x8 Minutieux et...

  • Serveur (H/F)

    il y a 1 mois

    Ploufragan, France le Brez’el Temps plein

    Vous aimez le contact client, Vous assurerez l’entretien des locaux, la prise de commande, le suivi des tables Personnes motivées et expérimentées exigées ! Type d'emploi : Temps partiel Nombre d'heures : 24 par semaine Salaire : à partir de 11,30€ par heure Expérience: - Restauration: 1 an (Optionnel) - serveur H/F: 1 an (Exigé) Langue: -...

  • Cariste-Manutentionnaire H/F

    il y a 2 semaines

    Ploufragan, France Golden Bees Temps plein

    Le poste de Cariste-Manutentionnaire H/FVous recherchez un emploi ? Nous avons une astuce : ARTUS ! ARTUS Intérim et Solutions RH ! Avec + de 50 agences d'intérim dans le grand ouest, ARTUS vous accompagne avec professionnalisme dans vos recherches de mission d'intérim ou d'emploi en CDD ou CDI.ARTUS INTERIM DINAN Recherche pour son client acteur majeur...

  • Plombier (H/F)

    il y a 4 semaines

    Ploufragan, France Manpower ST BRIEUC INDUSTRIE TERTIAIRE Temps plein

    Le poste de Plombier (H/F)Manpower St Brieuc recherche pour son client, un plombier expérimenté H/F.Notre client basé à Ploufragan, en pleine croissance, est spécialisé dans la conception et la construction d'équipements pour la dépollution des effluents industriels. Vous avez une 1ère expérience réussie en plomberie ?Cette offre est faite...

  • Plombier (H/F)

    il y a 4 semaines

    Ploufragan, France Manpower LAMBALLE Temps plein

    Le poste de Plombier (H/F)Manpower Lamballe recherche pour son client, un plombier expérimenté H/F.Notre client basé à Ploufragan, en pleine croissance, est spécialisé dans la conception et la construction d'équipements pour la dépollution des effluents industriels. Vous avez une 1ère expérience réussie en plomberie ?Cette offre est faite pour...

  • Serveur (H/F)

    il y a 4 semaines

    Ploufragan, France le Brez’el Temps plein

    Vous aimez le contact client, Vous assurerez l’entretien des locaux, la prise de commande, le suivi des tables Personnes motivées et expérimentées exigées ! Type d'emploi : Temps partiel Nombre d'heures : 15 par semaine Salaire : à partir de 11,30€ par heure Programmation: - Horaires aménageables Expérience: - Restauration: 1 an...

  • Auxiliaire de Vie

    il y a 4 semaines

    Ploufragan, France Petits-fils Temps plein

    Vous êtes Auxiliaire de vie à la recherche de reconnaissance ? Bienveillance, empathie et communication sont des qualités qui vous correspondent ? L’agence mandataire Petits-fils de Saint-Brieuc recherche une auxiliaire de vie H/F professionnel **sur le secteur de Plédran / Plaintel** disponible **IMMEDIATEMENT** pour un poste à pourvoir auprès...

  • Agent D'entretien

    il y a 1 mois

    Ploufragan, France Onet propreté et services Temps plein

    Nous recrutons pour notre site client à Lannion un: **Agent de propreté F/H** Accompagné de votre responsable, votre mission consiste à: - Préparer votre matériel et vos produits puis les ranger une fois votre travail terminé, - Nettoyer et désinfecter les sols, les surfaces et les sanitaires avec les techniques et le matériel appropriés, - Vider...