Bio Informaticien

**Mission**

En lien avec l’ensemble des équipes du CAD, et en fonction des évolutions au sein du CAD, vous aurez pour missions de:

- Développer les traitements bioinformatiques permettant la réutilisation des données génomiques fournies par les plateformes de séquençage (effectuer les contrôle qualité, vérifier la conformité des données, rédiger la documentation interne et externe, automatiser les processus...)
- Participer au développement du système d’annotation des données NGS du CAD
- Développer dans un contexte de production, comparer et mettre en œuvre, sur les infrastructures informatiques du CAD, des processus d’analyse de données NGS (WGS, WES, RNASeq) comme la détection de variations de structures, variations du nombre de copies, éléments mobiles...
- Mettre en place les traitements pré-analytiques et analytiques pour l’homogénéisation des données issues des différentes sources
- Déployer, en les adaptant et optimisant, les workflows d’analyse au travers de gestionnaires adaptés afin d’en permettre leur reproductibilité et leur réutilisation.
- Participer à l’évaluation technique et scientifique des infrastructures informatiques (benchmarks, tests d’infrastructures HPC, GPU,...) en collaboration avec les acteurs internes et externes du CAD
- Participer à l’identification des outils d’analyse de données NGS pouvant être conteneurisés et validés par le CAD dans une infrastructure sécurisée.

Pour toutes ces missions, un cadre réglementaire sera à suivre, conformément à ce qui est requis dans le cadre de l’utilisation de données de santé.

**Missions transversales au sein du CAD.**

Des missions additionnelles seront ajoutées à moyen / long terme en fonction des besoins.
- **Diplôme, compétences et connaissances**

**Diplôme**

Titulaire d’un diplôme en bioinformatique, de niveau ingénieur ou Master 2. Première expérience professionnelle serait un plus.

**Compétences**
- Traitement de données NGS en WGS, WES et/ou RNAseq
- Gestionnaire de workflow (Nextflow serait un plus)
- Langage de programmation (Python) / de scripting (Bash, R)
- Linux

**Connaissances**
- Gestionnaire de jobs (Slurm, PBS, Torque) serait un plus
- Génétique et génomique humaine
- Anglais
- **Soft skills**

**Compétences en communication**
- Sens de l’écoute et qualité de communication
- Capacités de synthèse
- Être capable de dialoguer avec les équipes informatiques, bio-informatiques

**Pensée analytique, critique et organisationnelles**
- Conceptualiser et traduire les besoins en solutions techniques
- Qualités organisationnelles : sens des priorités
- Esprit d’initiative

**Travail d’équipe**
- Savoir travailler en équipe
- Aisance relationnelle

**Éthique de travail**
- Motivation pour la recherche en médecine génomique

**Avantages**:

- Prise en charge des abonnements de transport en commun à hauteur de 75%
- Cadre de travail convivial et facile d’accès
- Restaurant d'entreprise et carte tickets restaurant
- Télétravail possible 2 jours par semaine

Type d'emploi : Temps plein, CDI
Statut : Cadre

Rémunération : 35 000,00€ à 40 000,00€ par an

Avantages:

- Intéressement et participation
- Prise en charge du transport quotidien
- RTT

Lieu du poste : Télétravail hybride (92130 Issy-les-Moulineaux)

Date de début prévue : 02/12/2024