(H/F) Doctorant

il y a 3 semaines

Montpellier, France CNRS Temps plein

Cette offre est disponible dans les langues suivantes:

- Français
- Anglais

Date Limite Candidature : lundi 3 juin 2024

**Informations générales**:
**Intitulé de l'offre **:H/F Doctorant : Evaluation de l'impact sur la régulation de variants génomiques dans les régions non codantes**
Référence : UMR5506-LAUBRE-001
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : lundi 13 mai 2024
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 septembre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : La rémunération est d'un minimum de 2135,00 € mensuel
Section(s) CN : Sciences de l'information : fondements de l'informatique, calculs, algorithmes, représentations, exploitations

**Description du sujet de thèse**:
La médecine génomique change actuellement d'échelle grâce à diverses initiatives nationales de séquençage. Les initiatives de partage des données et l'adoption des principes FAIR (Findability, Accessibility, Interoperability, and Reuse of digital assets) offrent à la communauté scientifique une opportunité sans précédent d'explorer et d'améliorer l'interprétation du génome humain. En France, le Plan France Médecine Génomique 2025 mené par AVIESAN vise, avec le Collecteur Analyseur de Données (CAD), à fournir un accès à des ensembles de données bien génotypées et phénotypées, afin de décrypter les mécanismes de pathogénicité. D'autres initiatives nationales, telles que UK biobank ou FinnGen, permettent d'accéder à des ensembles de données de séquençage pan-génomique associées à un phénotypage approfondi.

Pourtant, la plupart des patients restent en attente d'un diagnostic. Il existe un besoin criant d'outils pour aider les biologistes cliniques à traduire ces données de séquençage en clinique, notamment pour prédire in silico les effets de variants génomiques. Les tests génétiques cliniques actuels se concentrent presque exclusivement sur les régions du génome qui codent directement pour les protéines, or l'importance des variants dans les régions non codantes est cependant de plus en plus démontré.

L'objectif de cette thèse est de développer des modèles basés sur l'apprentissage automatique capables de fournir des informations accessibles pour l'interprétation clinique des variations génétiques dans les régions non codantes du génome.

L'équipe d'accueil (équipe PRIME CNRS LIRMM/IGMM/IMAG) a développé différents modèles statistiques capables de prédire de nombreux types de régulations génomiques (liaison de TF, ouverture de la chromatine, méthylation) associées à un locus (séquence d'ADN) donné. L'objectif du projet de thèse est de capitaliser sur ces approches pour construire un modèle capable de prédire la variation d'expression d'un gène cible en combinant les prédictions faites sur différents loci connus pour être associés au gène par des analyses eQTL. Différentes méthodologies pourront être développées pour répondre à ce problème, allant de modèles linéaires spécifiques, jusqu'à des approches de modélisation Bayésiennes ou des réseaux de neurone de type graph neural networks.

**Contexte de travail**:
LIRMM (joint team with IGMM, IMAG and CHU Montpellier)

Le doctorant pourra être amené à faire des séjours de quelque semaines au laboratoire LIS (CNRS-AMU) dans l'équipe de Cécile Capponi, partenaire du projet.

PEPR Santé Numérique. Projet M4DI.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

**Informations complémentaires**:
PEPR Santé Numérique. Projet M4DI.

  • Doctorant (H/F)

    il y a 1 mois

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : samedi 2 décembre 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Doctorant (H/F) en écologie fonctionnelle et génétique des interactions entre plantes et pollinisateurs** Référence : UMR5175-MARVAN-001 Nombre de Postes : 1 Lieu de...

  • Doctorant (H/F)

    il y a 1 mois

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : mardi 20 juin 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Doctorant (H/F) en écologie fonctionnelle et génétique des interactions entre plantes et pollinisateurs** Référence : UMR5237-DOMHEL-005 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail...

  • Cdd Doctorant

    il y a 1 mois

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : mardi 20 juin 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:CDD Doctorant (H/F) Ligation de bioconjugués d'ADN et de peptides assistée par transfert de charge** Référence : UMR5247-FRAMOR-001 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail :...

  • Doctorant en écologie évolutive Expérimentale

    il y a 6 jours

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : mardi 18 juin 2024 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Doctorant en écologie évolutive expérimentale (H/F)** Référence : UMR5554-EMAFRO-005 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication : mardi 28 mai...

  • Post-doctorant en Humanités Environnementales Sur

    il y a 4 semaines

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : vendredi 29 mars 2024 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Post-doctorant en humanités environnementales sur les flux de gènes assistés (H/F)** Référence : UMR5175-VIRMAR-004 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date...

  • Cdd Doctorant

    il y a 1 mois

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: Date Limite Candidature : mercredi 2 août 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:CDD Doctorant H/F Ecologie sensorielle des grands mammifères africains** Référence : UMR5175-SIMCHA-001 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication : mercredi 12 juillet...

  • Doctorant (H/F):: Artificial Water Channels for

    il y a 1 mois

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : samedi 22 avril 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Doctorant H/F: Artificial water channels for biomimetic membranes** Référence : UMR5635-MIHBAR-002 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication :...

  • Contrat Doctorant

    il y a 4 semaines

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : vendredi 18 août 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:contrat doctorant H/F** Référence : UMR9002-BERROB-013 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication : vendredi 28 juillet 2023 Type de contrat :...

  • Doctorant (H/F) en Biologie Cellulaire de La

    il y a 1 mois

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: Date Limite Candidature : vendredi 28 juillet 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Doctorant (H/F) en biologie cellulaire de la ségrégation des chromosomes** Référence : UMR5237-SIMPIA-002 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication : mercredi 5...

  • Doctorant en écologie évolutive Théorique

    il y a 6 jours

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : mardi 18 juin 2024 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Doctorant en écologie évolutive théorique (H/F)** Référence : UMR5554-EMAFRO-006 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication : mardi 28 mai...

  • Post-doctorant (H/F)

    il y a 4 semaines

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : mardi 4 avril 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:post-doctorant (H/F) en chimie des matériaux** Référence : UMR5253-PHIPAP-001 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication : mardi 14 mars 2023 Type...

  • Doctorant en écologie évolutive expérimentale

    il y a 6 jours

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Informations générales Intitulé de l'offre : Doctorant en écologie évolutive expérimentale (H/F) Référence : UMR5554-EMAFRO-005 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication : mardi 28 mai 2024 Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral Durée du contrat : 36 mois Date de début de la thèse : 1 octobre 2024...

  • Doctorant en écologie évolutive théorique

    il y a 6 jours

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Informations générales Intitulé de l'offre : Doctorant en écologie évolutive théorique (H/F) Référence : UMR5554-EMAFRO-006 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication : mardi 28 mai 2024 Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral Durée du contrat : 36 mois Date de début de la thèse : 1 octobre 2024...

  • Doctorant (H/F)

    il y a 1 mois

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : lundi 17 avril 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Doctorant (H/F) en chimie des polymères/matériaux** Référence : UMR5635-DAMQUE-003 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication : lundi 27 mars...

  • Doctorant (H/F)

    il y a 1 mois

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : jeudi 20 avril 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Doctorant (H/F) - Etude et réalisation de sondes micro-métriques pour la mesure conjointe Température-Vitesse dans un écoulement turbulent** Référence :...

  • Doctorant (F/H) en Paléoécologie Tropicale (H/F)

    il y a 1 mois

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Date Limite Candidature : vendredi 27 janvier 2023 **Informations générales**: Référence : UMR5554-VINMON-001 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication : vendredi 6 janvier 2023 Nom du responsable scientifique : Vincent Montade, Charly Favier et Laurent Bremond Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral Durée du...

  • Doctorant/Doctorante Nouveaux systèmes de surveillance des changements des systèmes socio-écologiques du Pacifique Sud

    il y a 3 semaines

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Informations générales Intitulé de l'offre : Doctorant/Doctorante Nouveaux systèmes de surveillance des changements des systèmes socio-écologiques du Pacifique Sud (H/F) Référence : UMR5175-SOPCAI-001 Nombre de Postes : 2 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication : lundi 13 mai 2024 Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral...

  • Chercheur Post-doctorant

    il y a 1 mois

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Date Limite Candidature : mardi 24 janvier 2023 **Informations générales**: Référence : UMR5299-VIVPOU-002 Nombre de Postes : 2 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication : mardi 3 janvier 2023 Type de contrat : CDD Scientifique Durée du contrat : 36 mois Date d'embauche prévue : 1 septembre 2023 Quotité de travail : Temps...

  • Post-doctorant en humanités environnementales sur les flux de gènes assistés

    Il y a 2 mois

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Informations générales Intitulé de l'offre : Post-doctorant en humanités environnementales sur les flux de gènes assistés (H/F) Référence : UMR5175-VIRMAR-004 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication : vendredi 8 mars 2024 Type de contrat : CDD Scientifique Durée du contrat : 24 mois Date d'embauche prévue : 1...

  • Post-doctorant en Bioinformatique Structurale

    il y a 1 mois

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : mercredi 21 février 2024 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Post-doctorant en Bioinformatique Structurale (H/F)** Référence : UMR5237-ANDKAI-002 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication : mercredi 31...