Étude de L’assemblage Précoce Du Microbiote

il y a 3 semaines

MontSaintAignan, France GlycoMEV Temps plein

**Étude de l’Assemblage précoce du Microbiote Rhizosphérique**:

- Réf **ABG-124036**
- Sujet de Thèse- 22/05/2024- Contrat doctoral- GlycoMEV- Lieu de travail- Mont Saint Aignan - Normandie - France- Intitulé du sujet- Étude de l’Assemblage précoce du Microbiote Rhizosphérique- Champs scientifiques- Biologie
- Biotechnologie
- Ecologie, environnement
- Mots clés- MMicroorganismes; racine; chimiotactisme; biofilm; microfluidique**Description du sujet**:
Le développement d’alternatives aux produits phytosanitaires est à présent une priorité en agriculture durable. Or, un bon équilibre du microbiote rhizosphérique, c’est-à-dire de la communauté microbienne associée aux racines, permet de lutter plus naturellement contre les phytopathogènes. Toutefois, les facteurs contrôlant la colonisation initiale des racines sont encore peu connus, car délicats à étudier au sein d’une niche écologique aussi complexe que le sol. Dans ce contexte, l’objectif de ce projet est d’explorer finement la colonisation précoce de la rhizosphère par des microorganismes modèles afin d’identifier les paramètres guidant l’assemblage initial du microbiote rhizosphérique et de mieux comprendre le rôle de ce microbiote dans la protection vis-à-vis de microorganismes phytopathogènes. Ce projet de thèse s’intéressera particulièrement aux deux étapes clés de la genèse de cet assemblage : le chimiotactisme, c’est-à-dire l’attraction par la plante, et la formation de biofilm protecteur à la surface des racines. Afin d’atteindre cet objectif, une approche innovante de microfluidique couplée à de la microscopie et du RNAseq sera entreprise. Les puces microfluidiques sont des dispositifs de la taille d’une lame de microscope qui comportent différents canaux et compartiments microscopiques pour la circulation de fluides. Les puces que nous utiliserons permettent la croissance de plantules avec des compartiments pour recevoir les racines. A l’autre extrémité de la puce nous pouvons ajouter différents microorganismes afin d’observer et de quantifier le chimiotactisme et l’installation d’un biofilm en contact des racines. Ces puces microfluidiques présentent l’avantage d’une miniaturisation ce qui permet de limiter la quantité de matériel biologique utilisé. Ce sont également des dispositifs qui permettent de cribler rapidement, avec une bonne répétabilité différents produits de biocontrôle, microorganismes ou substances naturelles. Le couplage de la puce avec un microscope et de la transcriptomique permet d’étudier finement et en temps réel la colonisation d’une racine par son microbiote.

Ce projet se déclinera en trois étapes. (1) Une étude de la primo-colonisation racinaire par microfluidique et microscopie. Des dispositifs microfluidiques seront développés afin de mesurer la force et la spécificité de l’attraction de bactéries bénéfiques par les exsudats racinaires et d’évaluer la dynamique de la formation des biofilms bactériens. (2) Etude de la primo-colonisation racinaire par microfluidique et RNAseq. Des analyses exhaustives de l’expression des gènes bactériens seront réalisées par RNAseq afin d’identifier les gènes sollicités au cours des réponses bactériennes et de comprendre plus finement les variations d’efficacité de colonisation, en fonction de la plante et des microorganismes. (3) Etude de la colonisation secondaire des racines. La colonisation bactérienne d’une seconde espère bénéfique pour la plante sera étudiée lorsqu’un premier biofilm bactérien est déjà installé sur la plante. De même, l’attaque d’un phytopathogène sera étudié en présence ou non de biofilm bactérien.

**Prise de fonction**:

- 01/10/2024**Nature du financement**:

- Contrat doctoral**Précisions sur le financement**:
**Présentation établissement et labo d'accueil**:

- GlycoMEVLe laboratoire GlycoMEV UR 4358 est spécialisé dans l’étude des glycomolécules complexes végétales (polysaccharides, glycoprotéines). Le laboratoire est organisé autour de 4 axes de recherches transdisciplinaires qui sont:
1. le rôle des glycomolécules dans les mécanismes de défense des plantes

2. l’étude de la biosynthèse et du remodelage des glycomolécules au cours de la croissance cellulaire

3. l’étude des voies de glycosylation des protéines chez les microalgues

4. l’étude des glycomolécules et des biostimulants

**Site web**:
**Intitulé du doctorat**:

- Doctorat en Microbiologie**Pays d'obtention du doctorat**:

- France**Etablissement délivrant le doctorat**:

- UNIVERSITE DE ROUEN**Ecole doctorale**:

- EDNBise-
- 14/06/2024

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