Stage : Génomique de La Résistance

31326 - Castanet-Tolosan _

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**Présentation INRAE**:
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

**Environnement de travail, missions et activités**:
Vous serez accueilli(e) au sein de l’unité GenPhySE (Génétique, Physiologie, et Systèmes d’élevages), une Unité Mixte de Recherche (UMR) INRAE-Université de Toulouse-ENVT située au sud de Toulouse. GenPhySE regroupe plus de 150 personnes travaillant sur des espèces animales d’élevages (porc, mouton, chèvre, lapin, caille, abeille). Vous serez plus particulièrement intégré.e à l’équipe MAGE (Multiperformance animale et génétique ).

Le projet GRAAL (Génétique de la Résistance Aux mAladies des Lapins) a consisté à sélectionner des lapins pour leur résistance non-spécifique aux maladies, via un critère de sélection combinant morbidité et mortalité des jeunes lapins en engraissement. Le principal enjeu de ce projet était de contribuer à la réduction de l'utilisation des antibiotiques en élevage via la sélection génétique. Le pedigree, les caractères de production (poids, taille de portée), et de santé (état sanitaire, mortalité) ont été enregistrés pour tous les lapins des générations de sélection. Les génotypes SNP 200K de 960 individus seront disponibles. Le ou la stagiaire devra réaliser des analyses de type recherches de traces de sélection pour caractériser les changements au niveau du génome entraînés par la sélection, ainsi que des analyses d’association tout-génome (Genome Wide Association Studies) et d’analyse de transmission intra-familial (Transmission Disequilibrium Test), pour détecter les régions du génome impliquées dans la variabilité de la résistance non-spécifique aux maladies.

Publication relative au sujet:
Mélanie Gunia, Julien Ruesche, Patrick Aymard, Emilie Gillet, Caroline Herbert, et al. Une expérience de sélection pour la résistance non-spécifique aux maladies. Journées de la Recherche Cunicole, ITAVI; INRAE; ASFC, Mar 2023, Le Mans, France. pp.142-145. hal-04052767

Vous serez plus particulièrement en charge de:

- L’évaluation de la qualité des données de génotypages issus des puces SNPs haute densité pour générer un jeu de données fiable pour les analyses ultérieures
- L’identification de régions du génomes associées à la résistance aux maladies (logiciels PLINK et GEMMA)
- L’étude des traces de sélection (logiciel HAPFLK)
- L’Ecriture d’un article scientifique

**Le stage aura lieu sur le campus INRAE Occitanie-Toulouse d’Auzeville, au sud de Toulouse. Le télétravail est possible sous conditions (accord de la direction, limité à 50 jours pour 6 mois, minimum de 2 jours de présence sur site par semaine).**

**Le campus est accessible en transport en commun (Tisseo L6) depuis Toulouse. Il est situé à proximité du canal du midi, permettant un accès vélo privilégié.**

**Formations et compétences recherchées**:
**Master/Ingénieur (Bac+5)**

Formation recommandée : Master, Ecole d’ingénieur (dernière année ou césure)

Connaissances souhaitées : des connaissances en génétique quantitative et moléculaire sont un plus

Expérience appréciée : analyse de données

Aptitudes recherchées : goût pour la manipulation et l’analyse statistique de jeux de données

**Votre qualité de vie à INRAE**:
En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée):

- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

**Modalités pour postuler**:
**J'ENVOIE MON CV ET MA LETTRE DE MOTIVATION**
- Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises à son règlement intérieur notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pa