Doctorant en Microbiologie Marine

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Date Limite Candidature : lundi 31 juillet 2023

**Informations générales**:
**Intitulé de l'offre **:Doctorant en microbiologie marine (H/F)**
Référence : UAR3579-FRAMER-002
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : BANYULS SUR MER
Date de publication : lundi 10 juillet 2023
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel
Section(s) CN : Biodiversité, évolution et adaptations biologiques : des macromolécules aux communautés

**Description du sujet de thèse**:
Adoptée en 2011, la feuille de route énergétique européenne fixe l'objectif de réduire d'ici 2050 les émissions de gaz à effet de serre de l'Europe de 80 à 95 % par rapport à 1990. Atteindre cet objectif nécessite d'augmenter la part des énergies renouvelables, y compris l'éolien offshore, dans la production énergétique européenne. En France, depuis 2012, 16 projets de parcs éoliens en mer ont déjà été retenus. Parmi ces projets, l'utilisation d'éoliennes flottantes apparaît comme une voie de développement majeure pour l'éolien offshore en France, en particulier en Méditerranée, notre site d'études.
La pérennité des structures éoliennes flottantes (flotteurs, lignes d'amarrage, blocs de béton, etc.) est un enjeu clé pour le développement à long terme de la filière éolienne offshore. Pour les ouvrages principalement construits en béton armé et/ou en acier, les phénomènes conditionnant la durabilité des matériaux sont principalement celui de la corrosion induite par le milieu marin, et celui de la biocorrosion, liée à l'action des microorganismes. Le triptyque milieu marin-microorganismes-matériaux de construction est donc central dans toutes les questions, encore sans réponse, soulevées autour de la durabilité des structures éoliennes flottantes. D'une manière générale, en environnement marin, les matériaux de construction, béton armé et acier, sont attaqués chimiquement par les espèces ioniques présentes dans l'eau de mer. Un biofilm de microorganismes capable également d'altérer les matériaux se forme rapidement, en quelques jours, à leur surface. Cette croissance est suivie d'une colonisation macroscopique et intense (biofouling) par des algues et des animaux, en quelques semaines. L'identité des acteurs impliqués dans la formation des biofilms pionniers ainsi que leurs impacts restent des questions de recherches encore largement ouvertes.
Ce projet de thèse est focalisé sur la compréhension du ou des rôles joué(s) par les microorganismes marins dans les phénomènes de catalyse ou d'inhibition de la corrosion des matériaux de construction utilisés dans le secteur de l'éolien offshore flottant, principalement le béton armé et l'acier. Le projet ambitionne de caractériser la diversité et la dynamique des microorganismes pionniers colonisateurs des matériaux utilisés pour la fabrication d'éoliennes flottantes. L'enjeu sera d'identifier les espèces microbiennes pionnières participant à l'altération des matériaux testés. Enfin, l'enjeu du projet sera d'évaluer l'éventuel effet protecteur pour les matériaux de certaines associations de microorganismes.
Le doctorant (H/F) recruté s'appuiera sur des dispositifs expérimentaux en aquarium et en pleine mer pour incuber les matériaux testés (fournis par les partenaires du projet région Occitanie DuMaCoBio). Il/elle collectera le biofilm pionnier colonisateur qui se développera et le caractérisera en combinant en particulier des approches de microscopie (MEB environnemental, microscopie confocale) et des approches de biologie moléculaire (approches omics). Les activités « corrosion » et « anti-corrosion » des biofilms naturels formés en pleine mer ou des biofilms modèles développés en laboratoire seront évaluées dans le cadre d'une collaboration établie avec l'équipe « Ingénierie des biofilms » au Laboratoire de Génie Chimique de Toulouse. Cette équipe a développé depuis le début des années 2000 une forte expertise sur la biocorrosion aérobie et anaérobie des aciers et bétons, en particulier à l'aide d'approches de microscopie électronique et confocale. Le doctorant (H/F) profitera des protocoles de microscopie confocale développés avec le LGC pour identifier spatialement et temporellement sur la surface des matériaux la production microbienne de plusieurs types de biopolymères. Cette partie des travaux pourrait faire émerger de nouvelles solutions biomimétiques de protection des matériaux. Enfin, le doctorant (H/F) recruté évaluera si certaines espèces microbiennes, ou bien certains biopolymères microbiens produits par les biofilms, sont capables de former un revêtement protecteur à la surface du matériau. Il/elle pourra également s'appuyer pour atteindre cet obje