Doctorant (F/H) Analyse Différentielle Par Groupes

il y a 2 semaines

Bordeaux, France Inria Temps plein

**Type de contrat **:CDD

**Niveau de diplôme exigé **:Bac + 5 ou équivalent

**Fonction **:Doctorant

**Contexte et atouts du poste**:
La technologie de mesure de l'ARN-seq en cellules uniques (scRNA-seq) mesure l'expression des gènes dans des centaines, voire des milliers de cellules à partir d'un seul échantillon biologique, ce qui permet d'étudier les mécanismes moléculaires à la résolution d'une seule cellule. En immunologie, cette technologie est de plus en plus utilisée pour démêler la réponse immunitaire complexe à une infection (ou à une vaccination) tout en tenant compte de l'hétérogénéité cellulaire dans le sang. L'analyse de l'expression différentielle permet d'identifier les gènes qui sont exprimés de manière différente selon certaines conditions, types cellulaires, temps ou expositions différents. Toutefois, les analyses d'expression différentielle se heurtent souvent à des problèmes de puissance statistique et de stabilité, notamment en raison de la nature dynamique de l'expression des gènes et de l'hétérogénéité des états cellulaires. L'étude de groupes de gènes, associés à des fonctions immunitaires spécifiques et obtenus à partir de connaissances biologiques a priori, peut améliorer la puissance statistique et la stabilité de l'analyse tout en facilitant l'interprétation biologique des résultats. Une telle méthode pourrait être appliquée à un ensemble de données réelles RNA-seq unicellulaires portant sur la réponse immunitaire à l'infection par le SRAS-CoV-2 chez l'homme, afin d'étudier les différences dans la réponse des cellules immunitaires à l'infection associées à des différents degrés de sévérité de la maladie.

**Contact**:
Boris Hejblum
équipe SISTM
Centre Inria de l'Université de Bordeaux

**Mission confiée**:

- Veille bibliographique sur les méthodologies d'analyse différentielle des données scRNA-seq, qui ont évolué rapidement ces dernières années.
- Développer de nouvelles méthodes d'analyse des données scRNA-seq provenant d'échantillons multiples.
- Développer de nouvelles méthodes pour l'analyse d'ensembles de gènes à partir de données scRNA-seq.
- Développer de nouvelles méthodes pour contrôler les tests multiples dans l'analyse des ensembles de gènes des données scRNA-seq.
- Mettre en œuvre ces développements sous la forme d'un package R disponible sur Bioconductor.
- Evaluer et comparer les nouveaux développements, et les appliquer à des données réelles provenant d'études immunologiques.
- Communiquer vos résultats lors de conférences internationales et sous forme d'articles scientifiques publiés dans des revues internationales à comité de lecture.

**Principales activités**:

- Suivi de la littérature scientifique.
- Codage et mise en œuvre des méthodes existantes.
- Développement conceptuel de nouvelles approches.
- Mise en œuvre de nouvelles approches.
- Simulation et comparaison des méthodes.
- Présentation des méthodes mises en œuvre à l'intérieur et à l'extérieur de l'équipe, sous la forme de communications orales et/ou d'articles scientifiques.

**Compétences**:

- Une connaissance de la programmation en R et du développement de packages.
- Une solide expertise en biostatistique.

**Avantages**:

- Restauration subventionnée
- Transports publics remboursés partiellement
- Possibilité de télétravail et aménagement du temps de travail
- Équipements professionnels à disposition (visioconférence, prêts de matériels informatiques, etc.)
- Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des œuvres sociales d'Inria)
- Accès à la formation professionnelle
- Sécurité sociale

**Rémunération**:

- 2100€ brut mensuel les deux premières années
- 2190€ brut mensuel la troisième année

**Informations générales**:

- **Thème/Domaine**: Modélisation et commande pour le vivant
Statistiques (Big data) (BAP E)
- **Ville**: Bordeaux
- **Centre Inria**: Centre Inria de l'université de Bordeaux
- **Date de prise de fonction souhaitée**: 2024-10-01
- **Durée de contrat**: 3 ans
- **Date limite pour postuler**: 2024-06-25

**Consignes pour postuler**:
Merci d'envoyer:

- CV
- Lettre de motivation
- Notes et diplôme de MASTER
- Eventuelle lettre de recommandation

**Sécurité défense**:
Ce poste est susceptible d’être affecté dans une zone à régime restrictif (ZRR), telle que définie dans le décret n°2011-1425 relatif à la protection du potentiel scientifique et technique de la nation (PPST). L’autorisation d’accès à une zone est délivrée par le chef d’établissement, après avis ministériel favorable, tel que défini dans l’arrêté du 03 juillet 2012, relatif à la PPST. Un avis ministériel défavorable pour un poste affecté dans une ZRR aurait pour conséquence l’annulation du recrutement.

**Politique de recrutement**:
Dans le cadre de sa politique diversité, tous les postes Inria

  • Doctorant (F/H) Analyse Différentielle Par Groupes

    il y a 1 semaine

    Bordeaux, Nouvelle-Aquitaine, France Inria Temps plein

    **Type de contrat **:CDD**Niveau de diplôme exigé **:Bac + 5 ou équivalent**Fonction **:Doctorant**Contexte et atouts du poste**:La technologie de mesure de l'ARN-seq en cellules uniques (scRNA-seq) mesure l'expression des gènes dans des centaines, voire des milliers de cellules à partir d'un seul échantillon biologique, ce qui permet d'étudier les...

  • Doctorant F/H Analyse différentielle par groupes de gènes de données scRNA-seq issues d'échantillons multiples

    il y a 2 semaines

    Bordeaux, France INRIA Temps plein

    Contexte et atouts du poste L'équipe SISTM recherche un(e) doctorant(e) sur le thème de l'analyse différentielle par groupes de gènes de données scRNA-seq issues d'échantillons multiples. L'équipe SISTM appartient à la fois au centre de recherche Inserm U1219 Bordeaux Santé des Populations et au centre de recherche INRIA Bordeaux Sud-Ouest....

  • Doctorant(E) - Etude Et Modélisation Du

    il y a 3 semaines

    Bordeaux, France IRT Antoine de saint exupéry Temps plein

    A l’IRT Saint Exupéry nous réalisons des projets de Recherche en Technologie collaboratifs, principalement pour les secteurs aéronautique et spatial. Créé et cofinancé par l’Etat et nos partenaires industriels, notre mission est d’accélérer la recherche technologique française au profit de l’écosystème national, en créant un pont entre...

  • Doctorant(E) - Etude Et Modélisation Du

    il y a 3 semaines

    Bordeaux, France Irt Saint Exupéry Temps plein

    A l’IRT Saint Exupéry nous réalisons des projets de Recherche en Technologie collaboratifs, principalement pour les secteurs aéronautique et spatial. Créé et cofinancé par l’Etat et nos partenaires industriels, notre mission est d’accélérer la recherche technologique française au profit de l’écosystème national, en créant un pont entre...

  • Doctorant Visual Intelligence

    il y a 1 semaine

    Bordeaux, Nouvelle-Aquitaine, France Adsearch Temps plein

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  • Doctorant Visual Intelligence

    il y a 3 semaines

    Bordeaux, Nouvelle-Aquitaine, France ADSearch Temps plein

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  • Doctorant Visual Intelligence

    Il y a 2 mois

    Bordeaux, Nouvelle-Aquitaine, France ADSearch Temps plein

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  • Doctorant Visual Intelligence

    Il y a 2 mois

    Bordeaux, France Adsearch Temps plein

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  • Doctorant Visual Intelligence

    il y a 3 semaines

    Bordeaux, France Adsearch Temps plein

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  • Doctorant Visual Intelligence

    Il y a 2 mois

    Bordeaux, France ADSearch Temps plein

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  • Doctorant Visual Intelligence

    il y a 3 semaines

    Bordeaux, France ADSearch Temps plein

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  • Doctorant en Neurosciences etude de L'espace

    il y a 3 semaines

    Bordeaux, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : vendredi 30 juin 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Doctorant en neurosciences "Etude de l'espace extracellulaire et ses composantes dans des conditions physiologiques et pathologiques" H/F** Référence :...

  • Chercheur post-doctorant analyse données biomédicales F/H

    il y a 2 semaines

    Bordeaux, France Université de Bordeaux Temps plein

    Employeur L’université de Bordeaux est une grande université dynamique, responsable, attentive au bien-être de ses personnels. La rejoindre, c’est travailler dans un cadre privilégié au sein d’une communauté professionnelle particulièrement diverse et ouverte, en bénéficiant de dispositifs d’accueil et d’inclusion, de formation et de...

  • Doctorant en Neurosciences compréhension Des

    il y a 3 semaines

    Bordeaux, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : jeudi 1 juin 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Doctorant en neurosciences "Compréhension des interactions entre la plasticité synaptique et la plasticité structurale" H/F** Référence : UMR5297-MELDES0-155 Nombre de Postes...

  • Cdd Doctorant

    Il y a 2 mois

    Bordeaux, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: Date Limite Candidature : lundi 7 août 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:CDD Doctorant : Procédé de séparation tribo-électrostatique pour la récupération des plastiques bromés des déchets industriels (H/F)** Référence : UPR3346-NADMAA-089 Nombre de Postes : 1 Lieu...

  • Doctorant- impact Des Interventions

    il y a 5 jours

    Bordeaux, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : lundi 17 juin 2024 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Doctorant - "Impact des interventions comportementales sur la Connexion Humain-nature "(H/F)** Référence : UAR2029-GLABAR-002 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MOULIS Date...

  • Chercheur Post-doctorant

    Il y a 2 mois

    Bordeaux, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: Date Limite Candidature : mardi 8 août 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Chercheur post-doctorant H/F** Référence : UMR5095-KILAUD-015 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : BORDEAUX Date de publication : mardi 18 juillet 2023 Type de contrat : CDD Scientifique Durée du...

  • Doctorant en Biologie

    il y a 1 semaine

    Bordeaux, Nouvelle-Aquitaine, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes:- Français- AnglaisDate Limite Candidature : mercredi 19 juillet 2023**Informations générales**:**Intitulé de l'offre **:Doctorant en biologie (H/F)**Référence : UMR5095-KILAUD-013Nombre de Postes : 1Lieu de travail : BORDEAUXDate de publication : mercredi 28 juin 2023Type de contrat : CDD...

  • Doctorant -thèse Texturation Laser de Surface Pour

    il y a 1 semaine

    Bordeaux, France Irt Saint Exupéry Temps plein

    L’Institut de Recherche Technologique (IRT) Saint Exupéry est un accélérateur de science, de recherche technologique et de transfert vers les industries de l’aéronautique et du spatial pour le développement de solutions innovantes sûres, robustes, certifiables et durables. Nous proposons sur nos sites de Toulouse, Bordeaux, Sophia Antipolis et...

  • Doctorant en Neurosciences développement D'outils

    il y a 1 semaine

    Bordeaux, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : mercredi 10 juillet 2024 23:59:00 heure de Paris **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Doctorant en neurosciences "Développement d'outils biotechnologiques de nature protéique par évolution dirigée" H/F** Référence :...