Stagiaire - Département Bio-informatique (H/F)

Il y a 2 mois


Paris e, France PathoQuest SAS Temps plein

Stagiaire - Département Bio-informatique H/F

PathoQuest est une société spécialisée de prestation de service (CRO), spin off de l’Institut Pasteur, qui propose des solutions innovantes pour le Contrôle Qualité des produits pharmaceutiques d’origine biologique. PathoQuest propose aux Biotech innovantes du monde entier un service expert complet de la réception des échantillons à la production des certificats d’analyse. Ces tests utilisent des protocoles propriétaires de traitement des échantillons, une plateforme de séquençage NGS (Next Generation Sequencing) et des pipelines d’analyses bio-informatiques spécialisés. Actuellement en phase de scale-up, nous comptons une cinquantaine de collaborateurs en France et aux Etats-Unis (Pennsylvanie).

Nous recherchons actuellement un stagiaire en informatique/bio-informatique h/f.

Contexte :
Accompagner le département de Bio-informatique et Informatique sur leur projet d’archivage des données bio-informatiques d’analyse pour leur transition vers un system d’analyse dans le cloud.

Activités proposées :
Développement d’un script d’automatisation de l’archivage des dossiers d’analyse
- Comprendre les différents types d’analyses bio-informatiques et les spécificités d’archivage pour chacune
- Comprendre les contraintes d’intégrité et de traçabilité des données d’un environnement BPF (Bonnes Pratiques de Fabrication)
- Finaliser le développement d’un script permettant la création d’un répertoire d’archivage, la copie de fichiers et leur renommage suivant une nomenclature. Assurer la traçabilité des opérations réalisées.
- Intégrer le script dans l’espace collaboratif de gestion des scripts gitlab
- Réaliser le test de ce script et son déploiement
- Mettre en place la documentation du script

Réaliser l’archivage des analyses sur les serveurs de calcul
- Lancer le script d’archivage sur tous les répertoires d’analyse
- Contrôler le bon déroulement de l’archivage
- Gérer l’archivage des cas particuliers
- En lien avec les archivistes, s’assurer de la traçabilité des archives

À l’issu de ce stage, vous aurez appris :

- comment gérer les transferts de grandes quantités de données,
- comment travailler sur des serveurs de calcul sous Linux et sur serveurs AWS
- les contraintes de gestion des données dans un contexte BPF (Bonnes Pratiques de Fabrication / GMP, Good Manufacturing Practice), un plus dans l’industrie
- comment la bio-informatique (un nouveau domaine à la frontière entre génétique et informatique) est utilisée dans l’industrie

Formation en préparation et compétences recherchées :
Niveau d’études : Bac+3 ou plus en préparation

Formation en informatique ou Bio-informatique en préparation

Durée du stage : 3-6 mois

Savoir-faire :

- Linux utilisateur
- Scripts shell
- Python
- Niveau d’anglais intermédiaire
- Notions de sed et awk (facultatif)
- Travail sur AWS Cloud (facultatif)

Savoir-être
- Habileté de communication. Votre travail, à la frontière entre les équipes d’informatique et de bio-informatique nécessitera de bonnes qualités de communication pour intégrer l’information pertinente de ces deux départements
- Autonomie

Type d'emploi : Stage
Durée du contrat : 6 mois

Avantages:

- Restaurant d'entreprise
- RTT

Lieu du poste : En présentiel



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  • Paris 13e, France BIO C BON Temps plein

    Bienvenue chez Bio C'Bon Depuis 2008, Bio c’ Bon se démarque par son approche conviviale et joyeuse de la consommation Bio en France. Nous prenons soin de proposer des produits bénéfiques pour la santé et propice au respect de l’environnement. Avec une centaine de magasins bio implantés au cœur des centres ville, nous sommes proches de nos...

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    il y a 1 mois


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    Descriptif du poste Nous recrutons pour notre magasin bio La Vie Claire de Paris 13ème un(e) responsable de magasin qui sera amené(e) à: En collaboration avec votre Animateur Réseau, vous êtes le garant du bon fonctionnement du point de vente et de l'épanouissement de votre équipe.Management de l'équipe : Vous recrutez, animez et organisez le...


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    L’Agence Florence Doré, référence de l’accueil de prestige, recherche **un stagiaire pour son Département Corporate **avec convention de stage pour une durée de** minimum 6 mois (modulable) **à compter de **MARS / AVRIL.** Au sein d’une équipe 12 personnes, vous participerez les missions suivantes: - Recrutement et gestion des nouveaux...


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    Localisation : Paris Contrat : Convention de stage Fonction : Stagiaire Date d'activation : 06/04/2023 **Présentation de la société**: **ENGAGEMENT, OUVERTURE, COLLECTIF,** **sont les valeurs qui font de LPA-CGR avocats un cabinet de référence, plaçant clients et collaborateurs au centre de ses préoccupations.** Avec plus de 230 avocats et...


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    il y a 1 mois


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  • Stagiaire Pôle Image

    il y a 1 mois


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  • Paris, France TLTI Informatique Temps plein

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  • Paris 7e, France Florence Doré Temps plein

    L’Agence Florence Doré, référence de l’accueil de prestige, recherche **un stagiaire pour son Département Corporate **avec **convention de stage** pour une durée de** minimum 6 mois (modulable) **.** Au sein d’une équipe 8 personnes, vous assumerez les missions suivantes: - Participer au recrutement et à la gestion des nouveaux hôtes/ses, -...

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    il y a 1 mois


    Paris 3e, France Cabinet Aci Temps plein

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