Mission de Stage «nouvel Outil de Détection de

Il y a 7 mois

Lyon, France BIOASTER Temps plein

BIOASTER est l'unique Institut de Recherche Technologique dans le domaine de la santé en France. Dédié à l'infectiologie et à la microbiologie, il rassemble les compétences de l'industrie et de la recherche publique pour répondre aux enjeux de santé publique liés aux maladies infectieuses. _
- Fondation de Coopération scientifique dotée d'infrastructures et de moyens propres, l'IRT BIOASTER s'inscrit résolument dans une optique de développement des compétences et en cela, propose chaque année des missions de stage riches en enseignements à des étudiants de niveau ingénieur ou master 2._
- Nous recherchons un(e) stagiaire motivé(e), ayant des bases théoriques complétées d’un premier niveau de pratique et se destinant à la R&D pour réaliser la mission suivante :_

**Poste**:
**_I/_** **MISSION et objectif**

L’augmentation de la résistance bactérienne aux antibiotiques est un enjeu de santé publique.

Notre objectif est d’améliorer la détection d’antimicrobiens et de nouveaux mécanismes d’action au travers de technologies optiques de screening phénotypiques basées sur la microscopie holographique et la micro-spectroscopie Raman, couplées à du Machine Learning.

Pour consolider nos preuves de concept, nous avons besoin d’optimiser le pipeline, de la préparation d’échantillons aux systèmes d’acquisition de données à plus haut débit ainsi que de développer des outils de contrôle qualité.

**Principales activités**:

- Participer à optimiser les protocoles de préparation d’échantillons et d’acquisition de spectres Raman et d’images holographiques de bactéries
- Mettre en place des plans d’expérience et des contrôles
- Adapter les codes d’automatisation des prototypes d’acquisition
- Constituer des bases de données spectrale/imagerie sur modèles biologiques
- Réaliser le pré-processing des données
- Fournir des rapports d’expériences et un rapport analytique sur les résultats

En fonction de l’avancement du sujet, possibilité de participer aux analyses statistiques et Machine Learning avec l’unité Data science.

**II. **RATTACHEMENT**

La mission sera rattachée à l’équipe Bioassays, Microsystems and Optical Engineering. Possibilité d’interagir avec l’équipe Data Science, Data Management and Digital Solutions pour la partie d’analyse.

**Profil**:
**III/ PROFIL
**_ Compétences:_**
- Compétences en microbiologie
- Compétences en programmation Python/Matlab (potentiellement R)
- Expérience de techniques d’imagerie et/ou spectroscopie (expérimental et/ou analyse de données) [EB1]
- Compétence en programmation Labview serait un plus
- Bonnes capacités de rédaction et de présentation à l’oral
- Anglais scientifique à mínima

**_ Qualités personnelles:_**
- Adaptabilité
- Capacité à travailler en équipe
- Rigueur et organisation
- Bon relationnel

**Autres informations**:
Stage de 6 mois basé à Lyon

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