Inférence Computationnelle Des états

il y a 3 semaines

Montpellier, France Université de Montpellier Temps plein

**Inférence computationnelle des états métaboliques des cellules et des tissus // Computational inference of cell and tissue metabolic states**:

- Réf **ABG-122635**
**ADUM-55786**
- Sujet de Thèse- 11/04/2024- Contrat doctoral- Université de Montpellier- Lieu de travail- MONTPELLIER CEDEX 5 - France- Intitulé du sujet- Inférence computationnelle des états métaboliques des cellules et des tissus // Computational inference of cell and tissue metabolic states- Mots clés- biologie des systèmes, machine learning, métabolisme, maladies auto-immunes
- systems biology, machine learning, metabolism, autoimmune disease**Description du sujet**:

- Au cours du développement, les cellules animales adoptent différents états métaboliques pour soutenir la croissance, produire de l'énergie et synthétiser des molécules spécifiques. Certaines cellules différenciées dans les tissus adultes présentent des états métaboliques intrinsèquement flexibles, leur permettant de s'adapter à la disponibilité et à la demande de nutriments, comme les hépatocytes dans le foie. D'autres cellules différenciées maintiennent des états plutôt constants, comme les neurones du système nerveux central qui doivent produire des neurotransmetteurs constament. Des états métaboliques altérés sont souvent observés dans des maladies telles que le diabète, le cancer et les troubles auto-immuns. Un profilage complet des défauts métaboliques au niveau de la cellule unique est nécessaire pour identifier des biomarqueurs prédictifs et mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques.
- Dans ce projet, nous développerons de nouveaux algorithmes pour déterminer l'état métabolique des cellules en exploitant les données de la transcriptomique bulk, en cellules uniques ou spatiale. En cas de disponibilité, des données métabolomiques quantitatives seront ajoutées aux modèles afin d'en améliorer la précision. Les méthodes employées s'appuieront sur les réseaux métaboliques à l'échelle du génome, la science des réseaux et le machine learning. Les perturbations de voies métaboliques prédites et les gènes dévoilés grâce aux algorithmes nouvellement développés seront utilisés pour construire une hypothèse de travail, qui sera ensuite testée avec des modèles biologiques pertinents grâce à une collaboration avec une équipe d'immunobiologistes. Ces échantillons modèles seront notamment analysés avec les méthodes omiques susmentionnées afin de valider l'hypothèse de travail.
- Au cours du programme de thèse, l'objectif principal sera de développer un ensemble d'outils validés pour mieux comprendre l'altération du métabolisme cellulaire en se concentrant sur les cellules immunitaires, dans le cadre de l'inflammation auto-immune dans les articulations, ainsi que dans des modèles de cancer et de cachexie.
During development, animal cells harbor different metabolic states to support growth, produce energy, and to synthesize specific products. Certain differentiated cells in adult tissues display inherently flexible metabolic states, allowing them to adapt to nutrient availability and demands such as hepatocytes in the liver. Other differentiated cells maintain rather constant states such as central nervous system neurons that need to produce neurotransmitters constantly. Altered metabolic states are often observed in diseases such as diabetes, cancer and auto-immune disorders. A comprehensive profiling of metabolic defects at the single cell level is needed to identify predictive biomarkers and better understand pathophysiological mechanisms.
- In this project, we will develop new algorithms to determine the metabolic state of cells exploiting data from bulk, single-cell and/or spatial transcriptomics. When available, quantitative metabolomic data will be added to the models to increase accuracy. The methods employed will rely on genome-scale metabolic networks, network science, and machine learning. Predicted pathways and genes unveiled thanks to the newly developed bio-informatic toolkit will be used to build a working hypothesis, which will be then biologically tested with relevant biological models thanks to a collaboration with a team of immune-biologists. Biological samples from these models will be profiles with the omics aforementioned methods to validate the working hypothesis.
- During the thesis program, the overarching goal will be to develop a validated toolkit to better understand the alteration of cell metabolism focusing on immune cells, in the setting of auto-immune triggered inflammation of the joint as well as cancer and cachexia models.
Début de la thèse : 01/10/2024**Nature du financement**:

- Contrat doctoral**Précisions sur le financement**:

- Concours pour un contrat doctoral**Présentation établissement et labo d'accueil**:

- Université de Montpellier**Etablissement délivrant le doctorat**:

- Université de Montpellier**Ecole doctorale**:

- 168 Sc

  • Création D’un Index Distribué Pour Les Données

    il y a 3 jours

    Montpellier, France Inria Temps plein

    **Type de contrat **:CDD **Niveau de diplôme exigé **:Bac + 5 ou équivalent **Fonction **:Ingénieur scientifique contractuel **A propos du centre ou de la direction fonctionnelle**: Le centre Inria d'Université Côte d'Azur regroupe 37 équipes de recherche et 8 services d’appui. Le personnel du centre (500 personnes environ) est composé de...

  • Aide Soignant(E) Ehpad

    il y a 4 jours

    Montpellier, France Clos des Oliviers Temps plein

    Présentation: La résidence à taille humaine accueille 36 personnes âgées dans une ambiance chaleureuse et familiale. Son architecture de plain-pied favorise le repérage et facilite l'accès. - Une équipe pluridisciplinaire formée et attentive veille en permanence au bien-être des résidents et assure la continuité des soins 24h/24h. Une prestation...

  • Ouvrier Forestier Dfci

    il y a 1 mois

    Montpellier, France Office National des Forêts Temps plein

    **Présentation de l'entreprise** Acteur majeur de la** filière forêt-bois**, l'Office national des forêts (ONF) rassemble plus de 8 200 professionnels. En Métropole et en Outre-mer, l'ONF gère près de **11 millions d'hectares de forêts publiques** appartenant à l'État et aux collectivités territoriales. Notre mission ? Protéger et gérer...

  • Aide Soignant

    il y a 1 mois

    Montpellier, France EHPAD L'ECRIN DES SAGES Temps plein

    Aésio Santé Méditerranée est à la recherche d'un(e) Aide soignant(e) à temps partiel 50% pour son EHPAD L'écrin des sages à Mèze. **Présentation du Groupe**: AESIO Santé Méditerranée gère 37 établissements et services, de soins et d'accompagnement, ce qui en fait un acteur de santé incontournable sur les régions Occitanie et Provence Alpes...

  • Aide Soignant Ehpad

    il y a 4 semaines

    Montpellier, France Clos des Oliviers Temps plein

    !! POSTE EN CDI (temps complet) à pourvoir !! A partir du 01/10/2023, nous vous proposons de rejoindre la famille du Clos des Oliviers ! **Présentation**: Située sur la commune de PLAISSAN, la résidence à taille humaine accueille 36 personnes âgées dans une ambiance chaleureuse et familiale. Son architecture de plain-pied favorise le repérage et...

  • Conseiller Arbre Conseil/chargé D'études en

    il y a 1 mois

    Montpellier, France Office National des Forêts Temps plein

    **Présentation de l'entreprise** Acteur majeur de la** filière forêt-bois**, l’Office national des forêts (ONF) rassemble plus de 8 200 professionnels. En Métropole et en Outre-mer, l’ONF gère près de **11 millions d’hectares de forêts publiques** appartenant à l’État et aux collectivités territoriales. Pour accompagner le développement...

  • Aide Soignant Ehpad

    il y a 1 mois

    Montpellier, France Clos des Oliviers Temps plein

    POSTE CDD A POURVOIR ( REMPLACEMENT PONCTUEL OU LONG REMPLACEMENT) **Présentation**: La résidence à taille humaine accueille 36 personnes âgées, labélisé "Qualité de Vie et Bientraitance" dans une ambiance chaleureuse et familiale. Son architecture de plain-pied favorise le repérage et facilite l'accès. Une équipe pluridisciplinaire formée et...

  • Aide Soignant Ehpad

    il y a 1 mois

    Montpellier, France Clos des Oliviers Temps plein

    POSTE CDD A POURVOIR ( REMPLACEMENT PONCTUEL OU LONG REMPLACEMENT) Présentation: La résidence à taille humaine accueille 36 personnes âgées, labélisé "Qualité de Vie et Bientraitance" dans une ambiance chaleureuse et familiale. Son architecture de plain-pied favorise le repérage et facilite l'accès. Une équipe pluridisciplinaire formée et...

  • Vendeur en Alternance Montpellier

    il y a 1 mois

    Montpellier, France Le Temps des Cerises Temps plein

    **À propos**: - Le Temps des Cerises est née en 1998 au cœur du berceau du denim, de la passion de ses fondateurs, Lylian Richardière et son père pour la toile bleue. C’est dans le bassin Méditerranéen que la marque a su perpétrer un savoir-faire unique dans la fabrication de ses jeans et développer ainsi ses propres recettes pour la mise au...

  • Vendeur Cdi Montpellier

    il y a 1 mois

    Montpellier, France Le Temps des Cerises Temps plein

    **À propos**: Le Temps des Cerises est née en 1998 au cœur du berceau du denim, de la passion de ses fondateurs, Lylian Richardière et son père pour la toile bleue. C’est dans le bassin Méditerranéen que la marque a su perpétrer un savoir-faire unique dans la fabrication de ses jeans et développer ainsi ses propres recettes pour la mise au point...

  • Contrat Saisonnier

    il y a 1 mois

    Montpellier, France Office National des Forêts Temps plein

    **Présentation de l'entreprise** Acteur majeur de la** filière forêt-bois**, l’Office national des forêts (ONF) rassemble plus de 9 000 professionnels. En Métropole et en Outre-mer, l’ONF gère près de **11 millions d’hectares de forêts publiques** appartenant à l’État et aux collectivités territoriales. **Descriptif du...

  • Contrat Saisonnier

    il y a 1 mois

    Montpellier, France Office National des Forêts Temps plein

    **Présentation de l'entreprise** Acteur majeur de la** filière forêt-bois**, l’Office national des forêts (ONF) rassemble plus de 9 000 professionnels. En Métropole et en Outre-mer, l’ONF gère près de **11 millions d’hectares de forêts publiques** appartenant à l’État et aux collectivités territoriales. **Descriptif du...

  • Aide Soignant

    il y a 1 mois

    Montpellier, France SSIAD ADMR des alpilles Temps plein

    **Le Pôle médico-social de l’Admr des Bouches du Rhône**, compte 8 SSIAD de 370 places réparties sur l’ensemble du département. Acteur majeur des soins à domicile du département 13, il recrute des aides-soignants(es) en CDI et CDD temps plein ou temps partiel, pour son Service de Soins Infirmiers à domicile "Les Alpilles" situé à...

  • Vendeur Cdd à Temps Plein

    il y a 1 mois

    Montpellier, France LE TEMPS DES CERISES Temps plein

    **Développez vos talents !** Le Temps des Cerises est né en 1998 au cœur du berceau du denim, de la passion de ses fondateurs, Lylian Richardière et son père, pour la toile bleue. C’est dans le bassin Méditerranéen que la marque a su perpétrer un savoir-faire unique dans la fabrication de ses jeans et développer ainsi ses propres recettes pour la...

  • Vendeur Cdd à Temps Plein

    il y a 1 mois

    Montpellier, France LE TEMPS DES CERISES Temps plein

    **Développez vos talents !** Le Temps des Cerises est né en 1998 au cœur du berceau du denim, de la passion de ses fondateurs, Lylian Richardière et son père, pour la toile bleue. C’est dans le bassin Méditerranéen que la marque a su perpétrer un savoir-faire unique dans la fabrication de ses jeans et développer ainsi ses propres recettes pour la...

  • Assistant de Service Comptable

    il y a 4 semaines

    Montpellier, France Office National des Forêts Temps plein

    **Présentation de l'entreprise** Acteur majeur de la** filière forêt-bois**, l’Office national des forêts (ONF) rassemble plus de 8 200 professionnels. En Métropole et en Outre-mer, l’ONF gère près de **11 millions d’hectares de forêts publiques** appartenant à l’État et aux collectivités territoriales. Au sein du service financier,**...

  • Manipulateur en Imagerie Médicale

    il y a 1 mois

    Montpellier, France SCM DES RADIOLOGUES DU BITERROIS Temps plein

    Vous êtes en recherche d’emploi ? Vous êtes Manipulateur / Manipulatrice ? Cette offre est peut-être faite pour vous ! - **Qui sommes nous ?**_ La SCM DES RADIOLOGUES DU BITERROIS est composée de 17 Radiologues F/H et de 5 sites sur le secteur Biterrois. Cadre de vie agréable, ensoleillé, temps de transport minime (environ 15min), activité mer et...

  • Vendeur Cdd Temps Partiel

    il y a 4 semaines

    Montpellier, France LE TEMPS DES CERISES Temps plein

    **Développez vos talents !** Le Temps des Cerises est né en 1998 au cœur du berceau du denim, de la passion de ses fondateurs, Lylian Richardière et son père, pour la toile bleue. C’est dans le bassin Méditerranéen que la marque a su perpétrer un savoir-faire unique dans la fabrication de ses jeans et développer ainsi ses propres recettes pour la...

  • Chef D'équipe D'ouvrier Dfci

    il y a 1 mois

    Montpellier, France Office National des Forêts Temps plein

    **Présentation de l'entreprise** Acteur majeur de la** filière forêt-bois**, l'Office national des forêts (ONF) rassemble plus de 8 200 professionnels. En Métropole et en Outre-mer, l'ONF gère près de **11 millions d'hectares de forêts publiques** appartenant à l'État et aux collectivités territoriales. Notre mission ? Protéger et gérer...

  • Assistant de Service Social

    il y a 1 mois

    Montpellier, France Département des Pyrénées-Orientales Temps plein

    Un poste à pourvoir au Pôle des Solidarités sur la Direction de la Maison Sociale de Proximité (MSP) du Tech, affectation sur le site d’Argelès au sein de l’équipe Insertion Logement. Poste permanent ouvert en priorité aux titulaires (Catégorie A/ filière médico-sociale/ grade Assistant Socio-Educatif) et aux contractuel.le.s sous CDD de 36...