Biostatisticien-ne / Bioanalyste

L’essor récent de la métagénomique a permis des avancées scientifiques majeures dans le domaine de la santé humaine en étudiant le rôle du microbiote intestinal dans des maladies aussi diverses que l’obésité, le diabète, le cancer ou les maladies cardio-vasculaires.

Au sein de l’unité INRAE MetaGenoPolis, l’équipe InfoBioStat (IBS) développe une expertise pointue dans la découverte, la caractérisation et la compréhension du microbiote intestinal et de ses associations à des pathologies.

Le microbiote intestinal est composé d’une multitude de micro-organismes, notamment des bactéries, interagissant de différentes façons. Ces bactéries s’organisent au travers de ces interactions sous forme de « guildes microbiennes » qui fournissent des services écosystémiques à l’hôte (fourniture de nutriments, barrière contre les pathogènes, etc.). Les réseaux d’interaction sont des outils mathématiques permettant de représenter et d’étudier les dépendances et les associations entre entités au sein d’un système biologique. L’analyse du microbiote par séquençage métagénomique permet d’identifier et de quantifier précisément l’abondance des espèces présentes. Les méthodes de reconstruction de réseaux s’appuient sur ces données d’abondance pour construire des graphes, dans lequel nœuds représentent les espèces bactériennes et les arêtes les interactions (co-occurrence, co-abondance, corrélation partielle, etc.), entre ces espèces. Malheureusement, du fait de la forte variabilité interindividuelle du microbiote intestinal et de la proportion élevée d’espèces peu fréquentes, les graphes construits sont très sensibles à de petites variations dans les données utilisées, et les guildes reconstruites s’avèrent peu robustes et donc très complexes à étudier.

**Vos missions**
- Comprendre le contexte biologique, la manière dont sont générés les données et les enjeux biomédicaux associés
- Prendre en main la méthode d’inférence de réseaux et de détection de guildes développée dans l’équipe
- Étudier la reproductibilité, la stabilité et le passage à l’échelle de cette méthode sur une collection de jeux de données
- Proposer de nouveaux développements pour prendre en compte les facteurs de variations attendus du microbiote intestinal (pays, âge, régime alimentaire, profil de santé, etc.)
- Assurer une veille scientifique et technologique sur l’évolution des concepts et des méthodes sur l’inférence de réseaux microbiens et la détection de communautés dans ces réseaux
- Valoriser les résultats obtenus, les méthodes et outils développés sous forme de publications, posters, communications dans des congrès ou brevets
- Travailler en conformité avec le système de management de la qualité en place (ISO9001) : rédaction des rapports et de la documentation

**Profil souhaité**
- Compétences en statistiques et en analyse de réseaux (inférence, détection de communautés)
- Connaissances générales en biologie, en écologie microbienne et des problématiques liées aux données métagénomiques ;
- Bon niveau d'anglais scientifique (lu, parlé, écrit)

**Formation**
- De bac + 5 à Bac + 8 (Master/Ingénieur/Doctorat) en biostatistiques, bioinformatique ou en Biologie orienté omiques

**Informations pratiques**
- Type de poste : CDD Ingénieur d’Étude ou de Recherche (Postdoc) selon diplôme et expérience
- Durée du poste : 12 mois renouvelable
- Ville : 78350, Jouy-en-Josas
- Laboratoire : INRA - MetaGenoPolis (MGP)

Type d'emploi : Temps plein, CDD
Statut : Cadre
Durée du contrat : 12 mois

Salaire : 1 635,00€ à 2 050,00€ par mois

Question(s) de présélection:

- Avez-vous une maitrise du langage R ?
- Avez-vous des compétences en statistiques et en analyse de réseaux (inférence, détection de communautés) ?

Langue:

- Anglais (Exigé)

Lieu du poste : En présentiel

Date de début prévue : 01/09/2023