Bioinformaticien.ne - Description, Stockage, Et

Il y a 2 mois

Paris e, France Institut Pasteur Temps plein

**Métier**:
Bio info / biostat - Ingénieur de recherche confirmé (Bio info / biostat)

**Intitulé du poste**:
Bioinformaticien.ne - description, stockage, et standardisation de datasets et de workflows - H/F

**Missions/Activités**:
Le projet ShareFAIR (PEPR "Santé numérique") vise à promouvoir le partage et l'échange des données de santé et leur analyse, en mettant l'accent sur l'interopérabilité, la réutilisabilité et la transparence.

Les analyses bioinformatiques sont complexes et reposent sur divers outils qui doivent être paramétrés et chaînés les uns aux autres. Dans ce contexte, améliorer la reproductibilité des résultats ainsi obtenus est d'une importance capitale, en particulier en santé. Cela passe généralement par la conception, l'implémentation, et l'exécution de workflows (e.g. Snakemake, Nextflow), qui offrent de nombreux avantages tels que l'amélioration de la reproductibilité des analyses, et un meilleur traçage de la provenance des données.

Ces workflows sont généralement dispersés sur des dépôts publics, peu annotés et difficilement interrogeables. Les défis incluent donc la normalisation et l'annotation des ensembles de données et workflows, et leur synthèse en workflows interopérables, partageables et réutilisables.

Poste

Missions et activités principales

Responsabilités principales:
1. Identification des ensembles de standards pour la représentation et l'annotation des workflows:

- Effectuer une analyse approfondie des standards existants tels que RO-Crate, EDAM, et d'autres qui sont pertinents.
- Évaluer leur applicabilité aux besoins spécifiques du projet ShareFAIR.
- Recommander et justifier les choix de standards appropriés pour la représentation et l'annotation des workflows.

2. Construction d'une base de connaissance intégrant les standards identifiés
- Concevoir et mettre en place une infrastructure pour la création d'une base de connaissances consolidée, en utilisant les standards sélectionnés.
- Développer des pipelines automatisés pour l'intégration et la gestion des données provenant de différentes sources.
- Collaborer avec l'équipe pour assurer la qualité, la cohérence et la précision des données dans la base de connaissances.

3. Adaptation et amélioration des concepts empruntés aux standards:

- Examiner l'étendue et les limites (en termes de qualité et couverture) des standards identifiés.
- Proposer des améliorations et des adaptations pour répondre aux besoins spécifiques du projet ShareFAIR.
- Mettre en œuvre ces améliorations en collaboration avec l'équipe de développement.

**Profil**:

- Bac +5 informatique/bioinformatique/biostatistiques
- Excellente maîtrise de Python et/ou Java pour le développement logiciel.
- Solides connaissances en bases de données, notamment SQL et/ou NoSQL.
- Familiarité avec les formats de représentation des connaissances tels que JSON et RDF.
- Compréhension des ontologies et des workflows bioinformatiques (un atout).
- Capacité à travailler de manière autonome et à collaborer efficacement au sein d'une équipe multidisciplinaire.
- Bonnes compétences en communication et en documentation.
- Maîtrise de l'anglais professionnel

**Type de contrat**:
Contrat à durée déterminée

**Durée du contrat**:
23 mois

**Temps de travail**:
Temps plein

**Travail le we**:
Non

**Astreintes**:
Non

**Déplacements**:
International

**Niveau d'années d'expérience souhaitée**:
3 à 5 ans

**Niveau d'étude souhaité**:
Bac + 5

**Certification ou habilitation requise**:
Aucune

**Compétences linguistiques**:
Anglais (C1 - Maîtrise)

**Localisation du poste**:
**Localisation du poste**:
France, Paris

**Lieu**:
Paris 15ème - Métro Pasteur

**Demandeur**:
**Poste à pourvoir le**:
01/09/2023

  • Bioinformaticien.ne pour la recherche clinique transversale F/H

    il y a 1 mois

    Paris, France AP-HP Temps plein

    Informations générales Entité de rattachement du publieur Situé à Paris (10è arrondissement), l'hôpital Lariboisière Fernand-Widal est un hôpital de proximité qui assure la prise en charge de pathologies neurologiques, cardiologiques, ostéoarticulaires ou encore de la sphère ORL. Il dispose d'une maternité de niveau 2A. Date de parution ...

  • - Description, Stockage, Et

    il y a 5 jours

    Paris 15 Vaugirard, Île-de-France Institut Pasteur Temps plein

    **Métier**:Bio info / biostat - Ingénieur de recherche confirmé (Bio info / biostat)**Intitulé du poste**: - description, stockage, et standardisation de datasets et de workflows - H/F**Missions/Activités**:Le projet ShareFAIR (PEPR "Santé numérique") vise à promouvoir le partage et l'échange des données de santé et leur analyse, en mettant...

  • Expert technique Stockage

    il y a 3 semaines

    Paris, France PROPULSE IT Temps plein

    PROPULSE IT accompagne ses clients grands comptes et PME dans la mise en œuvre des projets It et digitaux. PROPULSE IT est un réseau de consultants à forte valeur ajoutée, complètement associé à notre démarche qualité de suivi des besoins et projets de nos clients.A ce jour, le réseau de freelance PROPULSE IT comporte plus de 18000 consultants sur...

  • Expert technique Stockage

    il y a 3 semaines

    Paris, France PROPULSE IT Temps plein

    PROPULSE IT accompagne ses clients grands comptes et PME dans la mise en œuvre des projets It et digitaux. PROPULSE IT est un réseau de consultants à forte valeur ajoutée, complètement associé à notre démarche qualité de suivi des besoins et projets de nos clients.A ce jour, le réseau de freelance PROPULSE IT comporte plus de 18000 consultants sur...

  • Administrateur Stockage

    Il y a 2 mois

    Paris, France Agirc-Arrco Temps plein

    Détail de l'offre Informations générales Référence DSI-RC22-39-200 Description du poste Intitulé du poste Administrateur Stockage H/F Contrat MOBILITE INTERNE Temps de travail Temps plein Présentation de la fédération Le monde de la protection sociale, et plus spécifiquement de la retraite, est en constante évolution et devra relever de...

  • Expertise Infrastructure Stockage Et Sauvegarde

    il y a 1 semaine

    Paris, France Kéoni Consulting Temps plein

    **Expertise Infrastructure Stockage et Sauvegarde - N3** **Contexte et détails de la mission** - **Objectif global**:_ Administrer baies de stockage bloc et réseau SAN **Contrainte forte du projet**: Migration de données, maintien en conditions opérationnelles **Compétences techniques**: - Stockage Dell/EMC - VMAX - PMAX - Expert - Impératif - SAN...

  • Architecte Infra transverse Virtualisation et stockage

    Il y a 2 mois

    Paris, France PROPULSE IT Temps plein

    PROPULSE IT accompagne ses clients grands comptes et PME dans la mise en œuvre des projets It et digitaux. PROPULSE IT est un réseau de consultants à forte valeur ajoutée, complètement associé à notre démarche qualité de suivi des besoins et projets de nos clients.A ce jour, le réseau de freelance PROPULSE IT comporte plus de 18000 consultants sur...

  • Architecte Infra transverse Virtualisation et stockage

    il y a 3 semaines

    Paris, France PROPULSE IT Temps plein

    PROPULSE IT accompagne ses clients grands comptes et PME dans la mise en œuvre des projets It et digitaux. PROPULSE IT est un réseau de consultants à forte valeur ajoutée, complètement associé à notre démarche qualité de suivi des besoins et projets de nos clients.A ce jour, le réseau de freelance PROPULSE IT comporte plus de 18000 consultants sur...

  • Architecte Infra transverse Virtualisation et stockage

    il y a 5 jours

    Paris, Île-de-France PROPULSE IT Temps plein

    PROPULSE IT accompagne ses clients grands comptes et PME dans la mise en œuvre des projets It et digitaux. PROPULSE IT est un réseau de consultants à forte valeur ajoutée, complètement associé à notre démarche qualité de suivi des besoins et projets de nos clients.A ce jour, le réseau de freelance PROPULSE IT comporte plus de 18000 consultants sur...

  • Responsable Expertise Stockage de Déchets

    Il y a 2 mois

    Paris, Île-de-France Veolia Recyclage Et Valorisation des Déchets Temps plein

    Nous recherchons un Responsable de pôle expertise stockage H∕F basé à Claye Souilly (77) ou au Plessis Gassot (95) .Rattaché(e) au Directeur du pôle technique, vos missions seront réparties en 3 axes sur le périmètre comprenant 6 sites sur le territoire francilien (2, 5 M tonnes de déchets gérés par an, 300 GWH électrique + biométhane, m3 de...

  • Ingénieur STOCKAGE SAN NAS et EMC

    il y a 3 semaines

    Paris, Île-de-France CONSORT GROUP Temps plein

    Mission Description du projet : le projet consiste à assurer l'expertise et le maintien en conditions opérationnelles des infrastructures de Stockage. Contexte de la mission : - Traiter des demandes et incidents - Apporter une expertise et un support aux clients des infrastructures - Participer aux projets d'évolution de ces infrastructures, notamment...

  • Ingénieur STOCKAGE SAN NAS et EMC

    il y a 1 mois

    Paris, Île-de-France CONSORT GROUP Temps plein

    Mission Description du projet : le projet consiste à assurer l'expertise et le maintien en conditions opérationnelles des infrastructures de Stockage. Contexte de la mission : - Traiter des demandes et incidents - Apporter une expertise et un support aux clients des infrastructures - Participer aux projets d'évolution de ces infrastructures, notamment...

  • Ingénieur STOCKAGE SAN NAS et EMC

    il y a 1 mois

    Paris, France CONSORT GROUP Temps plein

    Mission Description du projet : le projet consiste à assurer l'expertise et le maintien en conditions opérationnelles des infrastructures de Stockage. Contexte de la mission : - Traiter des demandes et incidents - Apporter une expertise et un support aux clients des infrastructures - Participer aux projets d'évolution de ces infrastructures,...

  • Ingénieur STOCKAGE SAN NAS et EMC

    il y a 3 semaines

    Paris, France CONSORT GROUP Temps plein

    Mission Description du projet : le projet consiste à assurer l'expertise et le maintien en conditions opérationnelles des infrastructures de Stockage. Contexte de la mission : - Traiter des demandes et incidents - Apporter une expertise et un support aux clients des infrastructures - Participer aux projets d'évolution de ces infrastructures,...

  • Architecture technique Stockage et Sauvegarde

    il y a 3 jours

    Paris, France CITECH Temps plein

    Description du poste Vous aurez donc les missions principales suivantes : Les infrastructures sont hébergées dans un Datacenter composé de 2 salles distinctes (Salle A et Salle B), totalement indépendantes en miroir et un site de reprise distant (Salle C). Vous gérerez les infrastructures stockage (baies Hitachi et Pure Storage) Vous gérerez les...

  • Ingénieur STOCKAGE SAN NAS et EMC H/F

    il y a 5 jours

    Paris, Île-de-France Consort Group Temps plein

    France - Île-de-FranceConsort FrancePublié il y a 7 joursMissionDescription du projet : le projet consiste à assurer l'expertise et le maintien en conditions opérationnelles des infrastructures de Stockage.Contexte de la mission :- Traiter des demandes et incidents- Apporter une expertise et un support aux clients des infrastructures- Participer aux...

  • Business Developer

    il y a 2 semaines

    Paris, France Agregio GROUPE EDF Temps plein

    Mise en ligne le 21/02/2024 Principales caractéristiques de l'offre d'emploi - Type de contrat: - CDI - Niveau de formation: - BAC +4 / BAC +5 - Expérience: - 2 - 5 ans - Spécialité(s): - ENR Energies renouvelables : hydraulique, solaire; éolien, autres renouvelables - Pays / Région: - France / Ile-de-France - Département: - Paris (75) -...

  • Business Developer

    il y a 2 semaines

    Paris, France Agregio GROUPE EDF Temps plein

    Mise en ligne le 21/02/2024 Principales caractéristiques de l'offre d'emploi - Type de contrat: - CDD - Niveau de formation: - BAC +4 / BAC +5 - Expérience: - Débutant - Spécialité(s): - ENR Energies renouvelables : hydraulique, solaire; éolien, autres renouvelables - Pays / Région: - France / Ile-de-France - Département: - Paris (75) -...

  • Business Developer

    il y a 5 jours

    Paris, France Agregio GROUPE EDF Temps plein

    Mise en ligne le 22/02/2024 Principales caractéristiques de l'offre d'emploi Type de contrat : CDD Niveau de formation : BAC +4 / BAC +5 Expérience : Débutant Spécialité(s) : ENR Energies renouvelables : hydraulique, solaire; éolien, autres renouvelables Pays / Région : France / Ile-de-France Département : Paris (75) Ville : 33 place...

  • Apprenti Vendeur

    il y a 3 semaines

    Paris 15e, France sarl antoine Temps plein

    Description du poste Résumé du poste: Responsabilités: - Accueillir et conseiller les clients en fonction de leurs besoins - Assurer la bonne tenue du magasin et du stockage des produits - Effectuer les opérations d'encaissement avec précision - Réapprovisionner les rayons et étiqueter les produits - Participer à la mise en place des promotions et...