Cancer Genome Interpretation

Mots-clés : Data Science, Full-stack, Bio-informatique, Traitement du langage naturel, médecine personnalisée.

**PROJET**:

- Le Centre Léon Bérard (CLB):

- Le CLB est un Centre de Lutte Contre le Cancer (CLCC) basé à Lyon 8ème. C’est un Etablissement de Santé Privé d’Intérêt Collectif (ESPIC), à but non-lucratif, qui participe pleinement au service public hospitalier français. Ses 3 missions principales sont les soins aux patients, la recherche et l'enseignement universitaire. L'organisation des soins est pluridisciplinaire, impliquant des médecins de toutes spécialités et pathologies, avec une forte implication des patients à chaque étape de leurs traitements.
- Chiffres clés:

- 321 lits de chirurgie/médecine
202 places d'hospitalisation à domicile
Plus de 200 médecins suivent 34 400 patients chaque année
L'un des plus grands centres de recherche sur le cancer en France avec plus de 500 personnes dédiées à la recherche fondamentale, translationnelle et clinique
Plus de 3000 patients avec séquençage de leurs tumeurs
Une très grande base de données de plus de 340 000 patients (correspondant à plus de 15 millions de documents) depuis 1993.
- Programmes de médecine personnalisée du CLB:

- Le CLB est à la tête de grands programmes de médecine personnalisée tels que Profiler, Planet et Auragen (accès national au séquençage) depuis de nombreuses années, ce qui permet d'accéder à de nombreuses données précieuses. Nous développons également plusieurs solutions de traitement du langage naturel sur le texte et d'intelligence artificielle pour les données moléculaires ou d'imagerie. Nous lançons plusieurs projets très ambitieux pour faire passer la médecine personnalisée anticancer au niveau supérieur en améliorant:

- L’accès régional à la médecine personnalisée, coordonné par des organisations internationales,
- L’appariement automatique des traitements ou des essais cliniques aux patients,
- L’éducation des patients dans le monde entier,
- L’interface intuitive des services.

Pour cela, nous mettons en œuvre les meilleurs outils existants, des méthodes d'apprentissage automatique de pointe, et nous développons des flux de travail internes pour automatiser leur évaluation et leur utilisation à l'hôpital, pour les patients. Nous développons des solutions dédiées en interne avec des équipes d'experts en traitement du langage naturel, de bioinformaticiens, de statisticiens et de développeurs. Nos équipes informatiques et bio-informatiques sont très actives et nous facilitons la réactivité des projets grâce à l'expertise du PôleData.

**MISSIONS PRINCIPALES**:
Mettre en œuvre les outils informatiques du CLB et effectuer l'analyse des données des patients rétrospectifs et en cours.
Construire un pipeline combinant d'autres outils existants pour l'analyse des données moléculaires et cliniques (bio-informatique et traitement du langage naturel).
Interagir fréquemment avec des équipes internationales.
Développer des solutions complémentaires.

**ORGANISATION**:
Vous travaillez avec les oncologues, les biologistes moléculaires, le service informatique de l'hôpital, la plateforme bio-informatique, les ingénieurs NLP, les équipes PôleData et DataFactory du CLB et en contact étroit avec des collaborateurs internationaux et multidisciplinaires.

**EXPERIENCE, CONNAISSANCES ET COMPETENCES**:

- Ce qui est requis : _
Diplôme / cursus : Doctorat en science des données OU diplôme de master ou équivalent d'une grande école d'ingénieur.
Connaissances avancées dans les langages de programmation standard tels que python et bash.
Compétences:
Compétences analytiques et de communication.
Grand esprit d'initiative et capacité à travailler de manière indépendante.
Fortes capacités d'organisation, de planification et de multitâche, travail en équipe, orientation vers les projets, capacité à identifier et à résoudre les problèmes.
Capacité à assurer la liaison avec des personnes de plusieurs disciplines.
- Ce qui est souhaitable : _
Expérience:
Une compréhension des données génomiques et/ou de la gestion des données cliniques.
Une première expérience réussie en tant que bio-informaticien et/ou développeur full stack, en big data, science des données, développement web, gestion des données, NLP.
Connaissances:
Exposition internationale
Connaissance des réglementations éthiques et des politiques de partage des données.
Compétences:
Utilisation de logiciels de gestion de projets collaboratifs
Utilisation d'un logiciel de gestion de contenu web : compétences en matière de reporting et capacité à produire et maintenir des bases de données.

REJOINDRE LE CENTRE LEON BERARD, C'EST:
Travailler pour une organisation de premier plan, dotée d'une forte expertise et reconnue par la communauté scientifique internationale.
Rejoindre un groupe Data à taille humaine au sein d'une entreprise à l'écou