Thèse Sur Les Graphes de Variations

il y a 2 semaines

Rennes, France INRAE Temps plein

35 000 Rennes _

**RETOUR À LA LISTE DES RÉSULTATS**

**Présentation INRAE**:
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

**Environnement de travail, missions et activités**:

- Vous serez accueilli(e) au sein de l’unité GenPhySE, dans l’équipe de cytogénomique.
Dans le cadre d’une collaboration avec les équipes GenScale à l’INRIA de Rennes et l’équipe SAAB de l’unité MIAT de Toulouse, vous contribuerez à des travaux de recherche qui portent sur la construction et l’analyse des graphes de variations.
- La disponibilité, pour un grand nombre d'espèces, d'un génome de référence assemblé et la démocratisation des technologies de séquençage haut-débit a permis un essor considérable de l'analyse des génomes. Le succès considérable de ces approches a pu faire oublier que l'assemblage de référence ne représentait qu'un seul individu de l'espèce et que cette démarche pouvait donc présenter un biais d'analyse. Les études sur la variabilité de structure des génomes ont souligné que des dizaines de mégabases sont absentes de l'assemblage de référence, excluant ces régions de toutes les analyses. On s'oriente donc naturellement vers l'abandon d'un unique assemblage de référence au profit d'un pangénome, c'est-à-dire une exploitation simultanée de plusieurs génomes pour caractériser le génome d'une espèce. Le pangénome est généralement encodé sous la forme d'un graphe de variations, les différents chemins au sein du graphe représentant les différents génomes de la population.
- Le passage d'un assemblage de référence, d'une séquence linéaire, à un graphe de variation pose plusieurs problèmes : (1) d'abord la sélection de plusieurs génomes et la construction d'assemblages de qualité associés ; (2) à partir de ces génomes, la construction de graphes de variation ; (3) l'analyse des graphes de variations obtenus pour caractériser la variabilité génétique au sein d'une population ; (4) enfin la transposition des méthodes d'analyse génomique qui utilisaient la séquence linéaire de l'assemblage de référence à des approches utilisant à la place un pangénome de référence sous la forme d'un graphe de variations.
- Cette thèse s’inscrit dans la troisième problématique, celle de la caractérisation de la diversité génétique à partir de l'analyse des graphes de variations. Si les variants ponctuels tels que les SNVs et les petits indels forment des motifs topologiques spécifiques et facilement identifiables dans le graphe, la représentation et la détection de variants de structure plus grands et plus complexes dans de tels graphes restent des défis méthodologiques.
L’objectif de la thèse est de développer de nouvelles méthodes et algorithmes pour représenter, détecter et génotyper (quantifier) des variants de structure dans des structures de données pan-génomiques. Différents types de variants de structure seront étudiés, ainsi que différents types de données de séquençage pour le génotypage.
- Vous serez plus particulièrement en charge:

- d’évaluer la robustesse des variants détectés, des graphes au voisinage de ces variants de structure, en fonction des méthodes de construction du graphe et/ou des génomes donnés en entrée.
- de détecter dans ces graphes des régions caractéristiques de certaines sous-populations de génomes et les caractériser en termes de variants de structure.
- de développer des approches dédiées à certains types de variants de structure particulièrement difficiles, tels que les duplications, les inversions on encore les variants proches et imbriqués (variants complexes).

**Formations et compétences recherchées**:
**Master/Ingénieur (Bac+5)**
- Formation recommandée : M 2R en bioinformatique
- Connaissances souhaitées : Algorithmique, bioinformatique et génomique
- Expérience appréciée : Une première expérience dans l’analyse des graphes
- Aptitudes recherchées : Solides compétences en programmation

**Votre qualité de vie à INRAE**:
En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée):

- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation profe

  • Thèse en Apprentissage Automatique Sur Les Graphes

    Il y a 2 mois

    Rennes, France CNRS Temps plein

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  • Thèse Sur La Stabilité Des écosystèmes Face Aux

    il y a 1 semaine

    Rennes, France INRAE Temps plein

    35 Rennes _ **RETOUR À LA LISTE DES RÉSULTATS** **Présentation INRAE**: L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans...

  • Thèse en Chimie Organique

    il y a 2 semaines

    Rennes, Bretagne, France Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Rennes - UMR CNRS 6226 Temps plein

    Thèse en Chimie Organique (H/F)Description du poste:Missions:Le(a) doctorant(e) travaillera sur le campus de Villejean (Rennes) avec le Dr Charlène Gadais sur la synthèse automatisée de peptides et à l'Ecole nationale Supérieure de Chimie de Rennes (campus de Beaulieu, Rennes) avec le Professeur Thierry Benvegnu, sur la synthèse de conjugués...

  • Intervenant en Sémiologie Graphique

    il y a 3 semaines

    Rennes, France ESDAC Rennes Ecole de Design Temps plein

    Description du poste **L'ESDAC | 11 centres en France** Depuis 15 ans l’ESDAC forme les jeunes générations aux métiers de designer dans les différents domaines du graphisme, de la mode, de l’architecture d’intérieur et du design produit. Nos écoles et nos enseignants associent au quotidien, créativité, rigueur et professionnalisme afin de...

  • Thèse en Chimie Organique

    il y a 4 semaines

    Rennes, France Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Rennes - UMR CNRS 6226 Temps plein

    Thèse en Chimie Organique (H/F) Description du poste: Missions: Le(a) doctorant(e) travaillera sur le campus de Villejean (Rennes) avec le Dr Charlène Gadais sur la synthèse automatisée de peptides et à l'Ecole nationale Supérieure de Chimie de Rennes (campus de Beaulieu, Rennes) avec le Professeur Thierry Benvegnu, sur la synthèse de conjugués...

  • Thèse Reconfiguration et orchestration de jumeaux numériques des réseaux

    Il y a 2 mois

    Rennes, Bretagne, France Orange Sa Temps plein

    Votre rôle est d'effectuer un travail de thèse sur : " Reconfiguration et orchestration de jumeaux numériques des réseaux" Contexte global et problématique du sujetLe jumeau numérique fait partie des grandes tendances technologiques stratégiques [1]. Les jumeaux numériques maintiennent à jour une représentation numérique d'entités d'intérêt du...

  • Luminescent Mechanoresponsive Nanocomposite

    Il y a 2 mois

    Rennes, France Université de Rennes - Institut des Sciences Chimiques de Rennes Temps plein

    **Luminescent mechanoresponsive nanocomposite**: - Réf - **ABG-118254** - Sujet de Thèse- 21/11/2023- Contrat doctoral- Université de Rennes - Institut des Sciences Chimiques de Rennes- Lieu de travail- Rennes - Bretagne - France- Intitulé du sujet- Luminescent mechanoresponsive nanocomposite- Champs scientifiques- Chimie - Matériaux - Mots clés-...

  • Développer Des Dispositifs de Co-apprentissage

    il y a 4 semaines

    Rennes, France INRAE Temps plein

    35000 RENNES _ **RETOUR À LA LISTE DES RÉSULTATS** **Présentation INRAE**: L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées...

  • Comportement Mécanique Des Verres Innovants Pour

    il y a 2 semaines

    Rennes, France Univ Rennes, CNRS, IPR (Institut de Physique de Rennes) - UMR 6251, F-35000 Rennes, France Temps plein

    Réf - **ABG-119804** - Sujet de Thèse- 30/01/2024- Contrat doctoral- Univ Rennes, CNRS, IPR (Institut de Physique de Rennes) - UMR 6251, F-35000 Rennes, France- Lieu de travail- Rennes - Bretagne - France- Intitulé du sujet- - Champs scientifiques- Matériaux - Physique - Sciences de l’ingénieur **Description du sujet**: Contexte: Les batteries «...

  • Ultra-low Power Evolutionary Reinforcement Learning

    il y a 3 semaines

    Rennes, France INSTITUT NATIONAL DES SCIENCES APPLIQUEES Temps plein

    **Ultra-low Power Evolutionary Reinforcement Learning PhDs**: - Réf - **ABG-113376** - Sujet de Thèse- 14/04/2023- Financement public/privé- INSTITUT NATIONAL DES SCIENCES APPLIQUEES- Lieu de travail- Rennes - Bretagne - France- Intitulé du sujet- Ultra-low Power Evolutionary Reinforcement Learning PhDs- Champs scientifiques- Energie - Matériaux - Mots...

  • Apprenti Communication Webdesigner Les Champs

    il y a 1 semaine

    Rennes, France Les Champs Libres Temps plein

    **Rennes Ville & Métropole et ses 5500 agents œuvrent au quotidien** pour faire de leur territoire un lieu de vie dynamique, en phase avec les enjeux d’aujourd’hui et de demain. Nous rejoindre, c'est faire le choix d'intégrer une collectivité qui mise sur la diversité des profils, l'accompagnement des parcours et la qualité de vie au travail de ses...

  • Fusion D’images Multimodale Pour La Planification

    il y a 3 semaines

    Rennes, France Université de Rennes Temps plein

    **Fusion d’images multimodale pour la planification et assistance aux interventions endovasculaires**: - Réf **ABG-124565** - Sujet de Thèse- 11/06/2024- Financement public/privé- Université de Rennes- Lieu de travail- Rennes - Bretagne - France- Intitulé du sujet- Fusion d’images multimodale pour la planification et assistance aux interventions...

  • Doctorant F/H PhD

    il y a 2 semaines

    Rennes, France INRIA Temps plein

    Contexte et atouts du poste Cette thèse s'inscrit dans le domaine de l'Intelligence Artificielle, et plus précisément de l'apprentissage automatique sur des séries temporelles avec un objectif d'explicabilité des comportements des individus.  Un système naturel ou humain tel qu'une communauté, une équipe voire un troupeau d'animaux est...

  • Approche Par Jumeau Numérique de La Stratification

    il y a 2 semaines

    Rennes, France LTSI – INSERM 1099, Université de Rennes Temps plein

    **Approche par jumeau numérique de la stratification du risque cardiovasculaire**: - Réf **ABG-124043** - Sujet de Thèse- 22/05/2024- Contrat doctoral- LTSI - INSERM 1099, Université de Rennes- Lieu de travail- Rennes - Bretagne - France- Intitulé du sujet- Approche par jumeau numérique de la stratification du risque cardiovasculaire- Champs...

  • Développement D’un Modèle Computationnel

    il y a 4 jours

    Rennes, France LTSI – INSERM 1099, Université de Rennes Temps plein

    **Développement d’un modèle computationnel cardiovasculaire et de machine - learning pour la stratification du risque dans les cardiomyopathies hypertrophiques**: - Réf **ABG-123641** - Sujet de Thèse- 03/05/2024- Contrat doctoral- LTSI - INSERM 1099, Université de Rennes- Lieu de travail- Rennes - Bretagne - France- Intitulé du sujet-...

  • Reseaux D'antennes Compacts à Formation de

    il y a 3 semaines

    Rennes, France Université de Rennes Temps plein

    **RESEAUX D'ANTENNES COMPACTS à FORMATION DE FAISCEAU et à POLARISATION CIRCULAIRE**: - Réf **ABG-121294** - Sujet de Thèse- 15/03/2024- Autre financement public- Université de Rennes- Lieu de travail- Rennes - Bretagne - France- Intitulé du sujet- RESEAUX D'ANTENNES COMPACTS à FORMATION DE FAISCEAU et à POLARISATION CIRCULAIRE- Champs...

  • Stage : Machine Learning Pour La Maintenance

    il y a 2 semaines

    Rennes, Bretagne, France bcom Temps plein

    **Descriptif de poste**:La maintenance prédictive (ou prévisionnelle) consiste à anticiper la gestion des problèmes d'une infrastructure, grâce à une analyse répétée de caractéristiques connues ou l'évaluation de paramètres spécifiques. Effectuer la maintenance au bon moment, idéalement juste avant que les pannes ne se produisent, évite ces...

  • Doctorant (F/H) Shape Analysis of

    il y a 3 semaines

    Rennes, France Inria Temps plein

    **Type de contrat **:CDD **Niveau de diplôme exigé **:Bac + 5 ou équivalent **Fonction **:Doctorant **A propos du centre ou de la direction fonctionnelle**: Le centre Inria de l'Université de Rennes est un des neuf centres d’Inria et compte plus d'une trentaine d’équipes de recherche. Le centre Inria est un acteur majeur et reconnu dans le...

  • Matériaux Supramoléculaires Organique Pour La

    il y a 4 jours

    Rennes, France Institut des Sciences Chimiques de Rennes - UMR CNRS 6226 Temps plein

    **Matériaux supramoléculaires organique pour la thermoélectricité**: - Réf **ABG-122341** - Sujet de Thèse- 05/04/2024- Autre financement public- Institut des Sciences Chimiques de Rennes - UMR CNRS 6226- Lieu de travail- Rennes - Bretagne - France- Intitulé du sujet- Matériaux supramoléculaires organique pour la thermoélectricité- Champs...

  • Doctorant.e (F/H) : Réalité Virtuelle Dans Des

    il y a 3 semaines

    Rennes, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : lundi 28 août 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Doctorant.e (F/H) : Réalité virtuelle dans des espaces non-euclidiens (H/F)** Référence : UMR6074-VALGOU-001 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : RENNES Date de publication...