Doctorant en Biologie Des Systèmes Appliquée à
Il y a 2 mois
Cette offre est disponible dans les langues suivantes:
- Français
- Anglais
Date Limite Candidature : lundi 7 octobre 2024 23:59:00 heure de Paris
**Informations générales**:
**Intitulé de l'offre **:Doctorant en biologie des systèmes appliquée à la biologie du développement (H/F)**
Référence : UMR5239-SOPPAN-001
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : LYON 07
Date de publication : lundi 16 septembre 2024
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 16 novembre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2135,00 € brut mensuel
Section(s) CN : Biologie cellulaire, développement, évolution-développement, reproduction
**Description du sujet de thèse**:
Les expériences fondatrices de la biologie du développement ont montré comment la morphogenèse repose sur des centres organisateurs, qui instruisent les cellules voisines notamment par des signaux diffusibles appelés morphogènes. Le positionnement et l’activité dans l’espace et dans le temps de ces centres organisateurs est critique pour déterminer aussi bien l’organisation générale d’un embryon (via l’organisateur de Speemann), que la forme d’un membre (via un centre de signalisation appelé la « crète apicale ectodermique ») ou la forme d’une molaire (via les « noeuds d’émail »). De plus, des différences entre centres organisateurs de différentes espèces sont responsables de leurs différences morphologiques acquises au cours de l’évolution (par exemple, entre membre de souris et de chauve-souris).
Plus récemment, la biologie des systèmes a montré comment ces centres organisateurs pouvaient se former par des processus d’auto-organisation, tels que les mécanismes d’activation-inhibition, dérivés des mécanismes de Turing, du nom du célèbre mathématicien. De plus, il est apparu que le « patterning » (ie. formation/positionnement) de ces centres dans l’espace était indissociable de la morphogenèse associée, les mêmes mécanismes cellulaires étant impliqués.
L’objectif de cette thèse est de s’intéresser à l’ensemble de la dynamique d’un centre organisateur : depuis sa formation jusqu’à sa terminaison, en passant par d’éventuelles étapes de transformation, et de comprendre, par une approche multidisciplinaire biologie-mathématique, si un mécanisme unique peut suffire à expliquer cette dynamique et ainsi, son activité et ses variations sous-tendant la variation morphologique entre espèces.
Pour cela, on utilisera une approche comparative dans le modèle molaire de rongeurs. Cette approche a déjà montré sa puissance pour révéler les mécanismes généraux du développement et de la variation entre espèces, et le modèle molaire de rongeur dispose d’un très large corps de connaissances multidisciplinaires (évolution morphologique, développement histologique, génétique du développement, modèle de morphogenèse in silico). Enfin, l’équipe a une longue expérience sur ce modèle et l’étude multi-espèce des centres organisateurs de la molaire, et a déjà collaboré efficacement avec une équipe de mathématiciens sur ce sujet.
Le projet reposera sur un ensemble de résultats, datasets (notamment de transcriptomique comparative) et hypothèses de travail, déjà disponibles dans l’équipe. Il consistera à générer et analyser des données quantitatives comparatives sur la dynamique des centres organisateurs dans 4 molaires (inférieure et supérieure, de souris et de hamster ; données cellulaires obtenues par microscopie 3D à feuillet de lumière et données transcriptomiques) et à établir des corrélations pour proposer des hypothèses mécanistiques. Celles-ci alimenteront la construction d’un modèle mathématique de la dynamique (vie, transformation et mort) des centres organisateurs, qui orientera en retour l’analyse. Les hypothèses injectées dans le modèle ou déduites du modèle seront testées par des traitements sur des dents en culture.
**Contexte de travail**:
Vous travaillerez sous la direction de Sophie Pantalacci, dans l’équipe Cigogne (Comparative and Integrative Genomics of Organ Development), qui est l’une des 14 équipes affiliées au Laboratoire de Biologie et Modélisation de la Cellule (LBMC), situé à l’Ecole Normale Supérieure de Lyon. Le LBMC s’intéresse aux mécanismes moléculaires régissant le fonctionnement des cellules eucaryotes. L’équipe Cigogne s’intéresse plus particulièrement à l’évolution des mécanismes du développement qui sous-tendent l’évolution morphologique, en utilisant comme modèle les molaires des rongeurs et des approches quantitatives (en particulier transcriptomiques). Le projet sera réalisé en collaboration avec Vincent Calvez (Université de Brest) collaborateur de longue date sur les mécanismes de Turing dans la formation des dents, et Michèle Romanos (Institut Camille Jord
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