Postdoc en Ecogénomique Microbienne

Montpellier _

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**Présentation INRAE**:
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

**Environnement de travail, missions et activités**:
Vous serez accueilli(e) au sein de l’Unité MIVEGEC (Maladies Infectieuses et Vecteurs : Ecologie,
Génétique, Evolution et Contrôle) et intégrerez l’équipe EVCO « Evolution des communautés hôtesmicrobes”.
Vous travaillerez dans le cadre d’un projet collaboratif et interdisciplinaire ERC « RosaLind »
« Ecogenomics of Mosquito-Microbe Symbiosis for Novel Control Strategies of Infectious Diseases » porté
par Julie Reveillaud. Dans un contexte où l’incidence des maladies transmises par les moustiques, telles que
la malaria, la Dengue, la fièvre du Nil occidental, le Zika, l'Usutu ou la fièvre jaune, continue d'augmenter à
l'échelle mondiale et représente une menace importante pour la santé publique, de nouvelles stratégies de
lutte antivectorielle se concentrent sur le microbiote des moustiques, et notamment sur la bactérie
endosymbiotique Wolbachia. Le projet « RosaLind » a pour but de disséquer les mécanismes d'interaction
entre Wolbachia, les communautés bactériennes commensales et les pathogènes chez les moustiques dans
le but de limiter la transmission des pathogènes. Dans ce projet, vous aurez en charge les analyses
intégratives de bioinformatique sur un cluster de calcul à distance (métagénomes et metatranscriptomes
de moustiques collectés sur le terrain ou au laboratoire, données de séquençage short et long reads
disponibles).
Vous serez plus spécifiquement amené à:

- Réaliser les analyses de bioinformatique (metabarcoding, métagénomique, reconstruction de

génomes, méta(pan)génomique, métatranscriptomique, analyse de variants génomiques,
prédiction de métabolisme) et participer à leur interprétation
- Rendre ces analyses reproductibles via la réalisation de Notebook (RMarkdown) et assurer la

gestion de leur suivi (Github)
- Participer à la formation et supervision des stagiaires et des étudiants de l’équipe RosaLind
- Participer à la rédaction des articles pour publication dans des revues à comité de lecture et à la

communication des résultats dans des conférences dédiées
- Prendre en charge le plan de gestion de données inhérent à l’ERC et assurer le stockage des

données brutes
L’Unité MIVEGEC, qui a pour mission de comprendre, à travers des recherches intégratives, les processus de
réplication et de transmission des agents infectieux et leurs dynamiques de transmission, d’étudier leurs
éventuels vecteurs, et d’analyser les stratégies et mécanismes d’adaptation et d’évolution des complexes
hôtes-pathogènes, offre un environnement scientifique dynamique et stimulant avec des installations de
pointe, une atmosphère collaborative et vivante. Montpellier accueille une communauté de chercheurs
dynamique et diversifiée axée sur la recherche fondamentale, la biomédecine, l'évolution et l'écologie. La
ville est située à quelques kilomètres de la mer et des montagnes, dans le Sud ensoleillé, et offre une grande
qualité de vie.

**Formations et compétences recherchées**:
**Doctorat**

Formation recommandée : Doctorat en Ecogénomique Microbienne
- Connaissances souhaitées:

- Une expérience solide en analyses de bioinformatique intégrative (short et long reads) et

notamment des outils anvi’o, IGV ; assemblage, binning, refinement, meta(pan)genomique,
metatranscriptomique, analyses de variabilité génomique, expression différentielle de gènes,
profiling de microdiversité, prédiction de métabolisme
- Une expérience solide avec l’utilisation d’un cluster de calcul et une très bonne connaissance dans

les langages de programmation Unix, R, et Python principalement
- Maîtrise de l'anglais parlé et écrit, avoir fait preuve de capacités à publier les résultats de recherche

dans des revues internationales à comité de lecture.
- Expérience appréciée:

- Des connaissances sur le mobilome (éléments transposables et IS, phages, plasmides) et sur

l’écologie et l’évolution de systèmes symbiotiques
- Connaissances en techniques de séquençage et construction de librairies short et long reads

(incluant des techniques de biologie moléculaire de base, extraction, quantification et analyse
qualité d’acid