Doctorant (H/F)

Il y a 2 mois


Strasbourg, France CNRS Temps plein

Cette offre est disponible dans les langues suivantes:

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Date Limite Candidature : lundi 25 novembre 2024 23:59:00 heure de Paris

**Informations générales**:
**Intitulé de l'offre **:Doctorant (H/F) en biochimie et biologie structurale de l'ARN pour le développement de nouveaux antibiotiques contre les 'superbactéries'**
Référence : UPR9002-ERIENN-006
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : STRASBOURG
Date de publication : lundi 4 novembre 2024
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 2 décembre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : La rémunération est d'un minimum de 2135,00 € mensuel
Section(s) CN : Biologie moléculaire et structurale, biochimie

**Description du sujet de thèse**:
La résistance antimicrobienne aux antibiotiques constitue une menace sérieuse pour la santé humaine. L'OMS a identifié les agents pathogènes ESKAPE (E. faecium, S. aureus, K. pneumoniae, A. baumannii, P. aeruginosa et Enterobacter spp.) comme des cibles prioritaires pour la découverte de médicaments. Ces bactéries sont la principale cause d'infections nosocomiales dans le monde, et la plupart d'entre elles sont multirésistantes. Nous utiliserons une approche intégrative, avec une combinaison d'approches biochimiques, biophysiques, structurales et microbiologiques, pour développer de nouveaux antibiotiques en suivant en parallèle deux approches distinctes, toutes deux ciblant le ribosome bactérien.

La première approche consiste à développer une molécule chimérique entre un peptide antimicrobien riche en proline (PrAMP) et un antibiotique macrolide. Les macrolides sont une classe d'antibiotiques cliniquement importante, principalement utilisée contre les bactéries Gram(+). Ils inhibent la synthèse des protéines en obstruant le tunnel de sortie des peptides (PET) dans le ribosome, mais leur utilisation est compliquée par l'émergence de résistances. Les peptides antimicrobiens riches en proline (PrAMP) constituent une nouvelle classe prometteuse d'antibiotiques qui pénètrent dans le cytosol bactérien à l'aide de transporteurs de la membrane interne et se fixent également dans le PET. Ils présentent une forte activité antimicrobienne contre certaines des espèces Gram(-) multirésistantes les plus alarmantes. Les structures des ribosomes liés aux macrolides ou aux PrAMPs ont révélé un chevauchement partiel de leurs sites de liaison respectifs dans la TEP, empêchant a priori la liaison simultanée de ces deux classes d'antibiotiques. Nos récents travaux basés sur des études structurales et thermodynamiques ont montré que, bien que ces deux classes d'antibiotiques interagissent avec l'ARNr dans le tunnel de sortie du ribosome, ils peuvent coexister en raison d'un déplacement inattendu du PrAMP suite à la liaison du macrolide. La structure cryoEM que nous avons obtenue indique clairement qu'une molécule chimérique pourrait effectivement se lier au ribosome et surmonter la résistance actuelle aux macrolides et étendre leur spectre d'activité aux bactéries Gram (-). Notre objectif est de concevoir de telles molécules chimériques, de tester leurs capacités à interagir avec les ribosomes de bactéries ESKAPE ainsi que leurs propriétés antibiotiques, ceci afin de proposer de nouveaux composés utilisables sur les bactéries résistantes et disposant d’un spectre antibiotique élargi.

La seconde approche consiste à développer, en collaboration avec Reynald Gillet (Université de Rennes), de nouveaux antibiotiques ciblant la trans-traduction dans les bactéries multi-résistantes d'ESKAPE. La trans-traduction est le principal mécanisme de recyclage des ribosomes bloqués sur un ARNm problématique chez les bactéries. C'est une cible intéressante pour de nouvelles molécules antibiotiques car elle est absente chez les eucaryotes et elle est essentielle à la survie ou à la virulence de nombreuses bactéries pathogènes. Dans les cas où la délétion n'est pas létale, elle induit des phénotypes hypersensibles, ce qui rend les antibiotiques plus efficaces. La trans-traduction est réalisée par un ARN hybride transfert-messager (ARNtm) et son partenaire protéique SmpB. Des médicaments ciblant la trans-translation ont été identifiés par notre collaborateur. Cependant, la cible moléculaire précise - qu'il s'agisse de l'ARNt, de la protéine SmpB, du complexe formé par les deux, ou du ribosome lui-même - et le mécanisme d'action restent inconnus. Notre objectif est de faire appel à des techniques biophysiques pour élucider le mécanisme d'inhibition. En outre, nous allons utiliser la cristallographie aux rayons X pour obtenir des informations au niveau atomique sur l'interaction entre le composé et sa cible afin de proposer des solutions d’amélioration de ces composés.

**Contexte de travail**:
Le travail de thèse sera essentiellement effectué


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    Il y a 3 mois


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    L'Université de Lorraine recrute pour le laboratoire NGERE un(e) Post-doctorant(e) en neurotoxicologie environnementale (H/F). CDD de 18 mois à pourvoir dès que possible. Le laboratoire NGERE (Nutrition Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux) est unité mixte de recherche Université de Lorraine et INSERM (U1256). La personne recrutée...


  • Strasbourg, France Inria Temps plein

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    **Type de contrat **:CDD **Niveau de diplôme exigé **:Bac + 5 ou équivalent **Fonction **:Doctorant **Contexte et atouts du poste**: Les nuisances sonores sont citées comme première source de gêne par les populations et constituent un enjeu sanitaire et social important, contribuant notamment au stress, aux déficits d'attention en classe, ou aux...


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    Les objectifs principaux de l'Université de Lorraine sont de promouvoir le site d enseignement supérieur et de recherche lorrain, de le rendre visible nationalement et internationalement et de renforcer ses liens et ses partenariats avec le monde socioéconomique. Elle vise également à faciliter la circulation de l information auprès de plus de 7 000...


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