Postdoctorat en Modélisation Du Microbiome Marin

Il y a 2 mois


Nantes, France CNRS Temps plein

Cette offre est disponible dans les langues suivantes:

- Français
- Anglais

Date Limite Candidature : mercredi 15 mai 2024

**Informations générales**:
**Intitulé de l'offre **:Postdoctorat en modélisation du microbiome marin (H/F)**
Référence : UMR6004-SAMCHA-006
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : NANTES
Date de publication : mercredi 24 avril 2024
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 3 juin 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 3000 et 4000 EUR bruts mensuels selon expérience.
Niveau d'études souhaité : Niveau 8 - (Doctorat)
Expérience souhaitée : Indifférent
Section(s) CN : Interactions, particules, noyaux du laboratoire au cosmos

**Missions**:
Le plancton marin forme des communautés complexes d'organismes en interaction à la base de la chaîne alimentaire, soutenant les cycles biogéochimiques dans l'océan et participant à la régulation du climat. Les organismes planctoniques sont adaptés à des conditions environnementales spécifiques qui limitent leur biogéographie et leur écologie. Cependant, nos connaissances sont limitées quant à l'interaction des organismes planctoniques pour maintenir des communautés pérennes dans les océans en perpetuels homogénéisation par les courants. Par ailleurs, le rôle des interactions planctoniques dans la réalisation des grands cycles biogéochimiques, tel que la régulation de la pompe biologique à carbone, reste à modéliser et analyser pour une pleine intégration de la composante biologique dans les modèles océaniques. Pour relever ces défis, nous souhaitons développer des outils informatiques pour modéliser les communautés de microorganismes marins soutenant les cycles biogéochimiques (e.g., cycle du carbone et de l'azote) et de simuler les échanges de métabolites sous jacents comme mécanismes de régulation de ces cycles.

**Activités**:

- Les principales tâches du projet seront de:
- Modéliser les communautés de microorganismes marins à l'échelle des génomes par des approches d'inférence de graphes de co-occurrence via des données de métagénomiques issues des récentes campagne océanographiques (Tara Oceans, Bio-GO-SHIP, CEODOS et AtlantECO) (tâche principale).
- Modéliser des réseaux métaboliques de ces organismes à l'échelle des génomes par des approches de programmation par contraintes ou multi-objective (tâche principale).
- Développer une approche intégrée de modélisation écologique et métabolique afin d'identifier des mécanismes conjoints façonnant l'assemblage de ces communautés planctoniques et des cycles biogéochimiques associés (tâche principale).
- Simuler numériquement et prédire les effets de multiples facteurs de stress climatique sur ces communautés en identifiant les espèces sentinelles sensibles aux variations (de température et nutriments) et ayant un impact sur d'autres organismes de la communauté (tâche secondaire).

**Compétences**:
- Expérience du séquençage à haut débit, de la métagénomique ou des analyses métatranscriptomiques d'ensembles de données à grande échelle.
- Une expérience avec les approches basées sur les réseaux et la modélisation métabolique à l'échelle du génome et des communautés.
- Expérience de l'analyse de données, des statistiques et de la visualisation, par exemple en Python ou en R.
- Des connaissances dans les méthodes d'apprentissage automatique.
- Une capacité à travailler de manière indépendante et en équipe, et à l'interface entre les sciences de la vie et l'informatique.
- Bonnes aptitudes à la rédaction et à la communication en anglais sont attendues ainsi qu'une aptitude au travail en équipe.

**Contexte de travail**:



  • Nantes, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : mercredi 15 mai 2024 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Postdoctorat en modélisation écologique du plancton pour la surveillance de la santé des océans (H/F)** Référence : UMR6004-SAMCHA-007 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail...


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    **Description de l'offre**: L’UMR « Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan » (DECOD) rassemble chercheurs, ingénieurs et techniciens de laboratoires Ifremer, INRAe et de l’Institut Agro Rennes-Angers situés à Brest, Lorient, Nantes et Rennes. Elle a pour ambition de contribuer à produire des connaissances pour...


  • Nantes, France Ifremer Temps plein

    **Description de l'offre**: L'unité mixte de recherche (UMR) Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l'océan (DECOD) regroupe des chercheurs, ingénieurs et techniciens de l'Ifremer, de l'Inrae et de l'Institut Agro Rennes-Angers avec des laboratoires à Brest, Lorient, Nantes et Rennes. Les activités de DECOD portent sur l'analyse...


  • Nantes, France Ecole Centrale Nantes HF Temps plein

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  • Nantes, France Ifremer Temps plein

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  • Nantes, France Centrale Nantes Temps plein

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  • Nantes, France Naval Group Temps plein

    **Organisation**: Naval Group compte parmi les acteurs internationaux du naval de défense. Depuis plus de 400 ans, nous repoussons sans cesse les limites pour construire le naval de demain. Ouvriers, techniciens, ingénieurs, c'est avec passion que nos 17 000 collaborateurs, en France et à l'international, mettent en commun leurs savoir-faire uniques pour...


  • Nantes, France Laboratoire de recherche en Hydrodynamique, Energétique et Environnement Atmosphérique (LHEEA) Temps plein

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  • Manager de Projet

    il y a 2 semaines


    Nantes, France Nantes Université Temps plein

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    il y a 1 mois


    Nantes, France beBee S FR Temps plein

    Nous recherchons un Ingénieur Calcul pour renforcer notre bureau d'études, spécialisé dans le domaine de la construction navale. Dans le cadre de vos fonctions, vous prenez en charge le dimensionnement de structures navales et de systèmes propulsifs de navires / sous-marins. Vous interviendrez sur les activités suivantes : * Analyse des données...


  • Nantes, France Naval Group Temps plein

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  • Nantes, France Innosea Temps plein

    **Description**: **Be the energy behind change. Join ABL Group.** - INNOSEA, part of the ABL Group, is a specialized multidisciplinary engineering, strategy advisory, and R&D consultant in marine renewable energies. We work in offshore wind, floating solar PV, wave and tidal energy, deep-water technology, hydrogen power, and decarbonization initiatives. 100%...

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    il y a 4 jours


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