Stage : Comparaison de Méthodes Pour Estimer
il y a 2 semaines
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Santé publique France est l’agence nationale de santé publique française. Etablissement public de l’Etat sous tutelle du ministre chargé de la santé créé par l’ordonnance 2016-246 du 15 avril 2016, elle intervient au service de la santé des populations. Agence scientifique et d’expertise du champ sanitaire, elle a pour missions:
- L'observation épidémiologique et la surveillance de l'état de santé des populations ;
- La veille sur les risques sanitaires menaçant les populations ;
- La promotion de la santé et la réduction des risques pour la santé ;
- Le développement de la prévention et de l'éducation pour la santé ;
- La préparation et la réponse aux menaces, alertes et crises sanitaires ;
- Le lancement de l'alerte sanitaire.
L’agence est organisée autour de directions scientifiques et transversales et de directions assurant le support et le soutien à l’activité.
Son programme de travail, arrêté par son Conseil d’administration, s’articule autour de cinq axes prioritaires : les déterminants de santé, les populations, les pathologies, les interventions et les territoires, et les infrastructures.
**Affectation**Afficher**Masquer**:
Direction des Maladies Infectieuses
- Unité : VIH/sida, hépatites B/C et IST
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**Sujet du stage**:
- Quarante ans après la découverte du virus de l’immunodéficience humaine (VIH), l’épidémie se poursuit en France. En 2020, un nombre important de sérologies VIH réalisées par les laboratoires de biologie médicale (5,2 millions) a conduit à la découverte d’environ 5 000 infections à VIH. Le nombre de découvertes de séropositivité n’est cependant qu’un proxy de la dynamique de l’épidémie, car il dépend à la fois de l’incidence du VIH, mais également du recours au dépistage. Il est donc indispensable de suivre de façon rapprochée les trois indicateurs clés que sont l’incidence du VIH, le délai entre infection et diagnostic, et le nombre de personnes ignorant leur séropositivité.
- En France, quatre méthodes ont été développées pour estimer l’incidence du VIH à partir du nombre de découvertes de séropositivité, issu des données de la déclaration obligatoire (DO) du VIH : deux méthodes basées sur le test d’infection récente (méthode « Le Vu », méthode « Sommen », et deux méthodes basées sur le rétro-calcul (méthode « Marty », méthode « Castel », chaque méthode ayant des avantages et des inconvénients importants. De plus, une cinquième méthode développée par l’ECDC (6) a été utilisée pour l’estimation de l’incidence du VIH par de nombreux pays en Europe. La méthode « ECDC » est également une méthode basée sur le rétro-calcul à partir d’un modèle multi-état utilisant le nombre de CD4. À présent, aucune méthode n’est utilisée en routine en France pour produire ces indicateurs de façon régulière, bien que leur estimation soit essentielle dans un contexte mouvant de l’épidémie (ex. le fait d’avoir rendu disponible et gratuite la PrEP en France depuis janvier 2016, les effets de l’épidémie du COVID-19 sur le nombre de dépistages et de diagnostics d’infection à VIH).
- L’enjeu est la comparaison de ces cinq méthodes pour estimer l’incidence du VIH pour choisir au moins une méthode qui sera mise en œuvre chaque année par Santé publique France à partir des données de la DO. Cette comparaison a été commencée par Charlotte Castel, qui a comparé les méthodes « Sommen » et « Castel » sur des données réelles et simulées dans le cadre d’une thèse soutenue en 2021 (9). Un schéma de simulation a été proposé pour simuler des données de diagnostics de séropositivité aussi proches que possible des données observées dans la DO. Lise Marty utilisera sa méthode (la méthode « Marty ») sur la même base simulée afin de pouvoir comparer ses résultats à ceux des méthodes « Sommen » et « Castel ».
**Missions du stage**:
- La mission du stage est d’appliquer les méthodes « Le Vu » et « ECDC » aux données simulées, afin de comparer leurs résultats à ceux des autres méthodes.
**Activités du stage**:
Principaux:
- Estimer l’incidence du VIH à partir d’une base de données simulées en utilisant la méthode « Le Vu » et comparer les résultats avec ceux des autres méthodes. Cela nécessitera de créer un code R pour implémenter la méthode « Le Vu ».
- Adapter le schéma de simulation des données pour le mettre à jour et intégrer dans la simulation le nombre de CD4.
- Implémenter la méthode « ECDC » et l’appliquer aux données simulées pour comparer les résultats avec ceux des autres méthodes d’estimation.
- Faire des analyses de sensibilité pour aider à l’interprétation des résultats des différente
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