CDD Ingénieur.e developpement de codes de calcul haute performance

Overview Date de l'annonce : mercredi 12 juillet 2023 Intitulé du poste : CDD Ingénieur.e developpement de codes de calcul haute performance (HPC) Structure: L’équipe Ginkgo de l’Unité BAOBAB de NeuroSpin (dirigée par Cyril Poupon) travaille au développement de méthodes d’inférence de la connectivité anatomique et de la microstructure du cerveau humain à très haute résolution, en étroite collaboration avec l’équipe Fiber Architecture dirigée par le Pr. Markus Axer de l’Institut de Neurosciences et de Médecine du Forschungszentrum Jülich (INM 1, FZJ, Julich). Contexte et mission : L'équipe Ginkgo de l'Unité BAOBAB de NeuroSpin, dirigée par Cyril Poupon, recrute un.e ingénieur H/F en CDD en charge du développement de codes de calcul à haute performance (HPC), de visualisation à haute performance et de services web pour l’analyse et la mise à disposition de Big Data individuelles de très haute résolution en IRM de diffusion et en microscopie PLI. Initiée dans le cadre du Human brain Project (HBP), la collaboration entre les deux équipes s’est renforcée par la création de l’Institut franco-allemand AIDAS, visant le déploiement des techniques de calcul à haute performance et d’intelligence artificielle pour cartographier le cerveau humain à des échelles spatiales jamais atteintes. Les équipes Ginkgo et Fiber Architecture s’intéressent plus précisément aux connexions cérébrales et ont développé depuis plus de deux décennies des expertises en IRM de diffusion, en imagerie optique polarisée (ou PLI) et en reconstruction des fibres (ou tractographie) permettant aujourd’hui l’inférence des connexions cérébrales à partir de données d’IRM de diffusion acquises in ou ex vivo, ou à partir de données microscopiques ex vivo de PLI. Récemment, dans le cadre du projet HBP, l’équipe de NeuroSpin a scanné une pièce anatomique et a obtenu des données d’imagerie anatomique et de diffusion de résolution mésoscopique (~100 μm). En parallèle, les équipes française et allemande scannent actuellement une seconde pièce anatomique qui devrait permettre d’obtenir des données de résolution microscopique des connexions sur l’ensemble du cerveau. Les deux équipes développent actuellement de nouvelles méthodes d’inférence de la connectivité anatomique et des modèles locaux des processus biophysiques en IRM de diffusion et en PLI. Lieu : NeuroSpin, CEA Paris Saclay. Dans le cadre de cette mission, le candidat sera amené à se rendre régulièrement au sein des unités partenaires à Tours et Jülich en Allemagne, afin de participer aux réunions techniques et scientifiques avec les partenaires du projet (iBrain et INM1). Rémunération : Selon diplômes et expérience Diplômes requis : Diplôme d’ingénieur (ou équivalent) - Compétences informatiques suivantes: développement logiciel dans les langages C++ et Python, computer graphics avec une maîtrise des technologies OpenGL et Web-GL, développement de web-services (via l’utilisation du web toolkit https://www.webtoolkit.eu/wt), ainsi qu’une maîtrise du design logiciel orienté objet (design patterns, …), des outils de versionnage conventionnels (git) et des dépôts associés (GitLab, GitHub), des outils de conteneurisation (Docker, Singularity). Compétences requises : Des connaissances en neuroimagerie seraient un plus. Le candidat devra savoir travailler de manière autonome, avoir un goût prononcé pour le travail en équipe, et être familier de la conduite de projets internationaux (maîtrise de l’anglais tant à l’écrit qu’à l’oral). Contact : veuillez adresser un CV et une lettre de motivation par voie électronique à ivy.uszynski@cea.fr et cyril.poupon@cea.fr. #J-18808-Ljbffr