Ingénieur de développement informatique spécialisé en protéomique

il y a 4 semaines


BagnolssurCèze, Occitanie, France CEA Temps plein

Description de l'offre

L'offre consiste à développer de nouvelles fonctionnalités pour un pipeline de typage par le séquençage de peptides, utilisé dans des applications en protéomique microbienne et métaprotéomique. Le projet vise à tester de nouveaux concepts, les intégrer et valider les performances.

Sous l'encadrement d'un ingénieur de recherche senior en informatique-bioinformatique, le candidat aura à développer de nouvelles fonctionnalités, évaluer les performances comparées des processus existants et des nouvelles options possibles (DIA, denovo, IA...), avant intégration et tester les performances finales.

Les missions principales du poste incluront de :

  1. tester et intégrer divers outils récents de mises en correspondance spectres MS/MS – séquence de peptides (DDA, DIA, de novo...) dans le process global de protéotypage, dans une démarche de simplification et optimisation
  2. sélectionner et appliquer des méthodes de classification ou de régression par IA (PyTorch, sélection de features, modèles...)
  3. optimiser les bases de données d'organismes utilisées pour un compromis couverture / rapidité / empreinte mémoire, en intégrant les nouveaux séquençages d'organismes (isolats, MAGs, SAGs ...)
  4. définir, mettre en œuvre et valider un estimateur de confiance global (Python, R)

Profil du candidat

Votre profil :

Formation : niveau Master 2 débutant

Compétences : Compétences en développement/rationalisation de code Python, compétences ou intérêt pour les méthodes de classification/régression IA, connaissances SQL

Pour postuler :

Contacter Olivier Pible avec CV détaillé, notes obtenues lors de votre formation, lettre de motivation, référents et si possible lettre de recommandation



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    Description de l'offreL'offre est axée sur le développement d'applications innovantes dans le domaine de la détection d'organismes et de marqueurs par spectrométrie de masse au Laboratoire Innovations technologiques pour la Détection et le Diagnostic (Li2D). Le projet consiste à améliorer le pipeline existant de typage par séquençage de peptides,...


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    Description du ProjetL'offre est liée à la plateforme ProGénoMix, une solution mondiale reconnue en protéomique microbienne et métaprotéomique. Le projet vise à améliorer le pipeline existant, écrit en Python, permettant la caractérisation taxonomique et fonctionnelle d'échantillons inconnus.Vous travaillerez sous l'encadrement...


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    Présentation du posteSous la responsabilité d'Estelle, en charge de la coordination technique des projets en informatique industrielle, vous intégrez une équipe hautement impliquée dans les transformations de ce domaine dynamique.Vous êtes au cœur de projets variés et stimulants, que ce soit pour lancer de nouvelles initiatives ou pour moderniser...


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