Chercheur en microbiologie équine

Description du poste :

Dans le domaine de la santé équine, l'avortement représente un défi majeur pouvant entraîner des pertes économiques considérables. En effet, l'ensemble des juments gestantes d'un élevage peut être touché en raison de la nature contagieuse de l'agent pathogène en cause. Il est donc crucial d'identifier rapidement la nature de l'agent abortif afin de mettre en œuvre des mesures de contrôle appropriées. Malgré les avancées dans la compréhension des pathogènes abortifs, jusqu'à 40 % des cas d'avortements infectieux demeurent inexpliqués selon les régions.

Objectifs du projet :

Le projet METAVORT a pour but d'évaluer :

• I) la sensibilité des systèmes de surveillance des avortements équins en France pour proposer de nouvelles pistes d'optimisation,
• II) la métagénomique sur les prélèvements issus d'avortons afin de comprendre les causes infectieuses indéterminées (post-mortem),
• III) la métagénomique sur les prélèvements vaginaux comme outil prédictif des avortements (antemortem).

Missions confiées :

Le candidat retenu sera chargé de :

• Analyser les données épidémiologiques collectées par les principaux organismes d'épidémiosurveillance de la filière équine,
• Optimiser les méthodes d'extraction des acides nucléiques à partir des organes d'avortons et des prélèvements vaginaux/utérins,
• Améliorer les techniques de conservation des organes et des extraits d'acides nucléiques,
• Optimiser les outils de métagénomique ciblée et shotgun disponibles au laboratoire, incluant les technologies Illumina, Ion Torrent et Nanopore,
• Développer un outil de détection et/ou d'identification pour le diagnostic,
• Réaliser le séquençage génomique complet de souches d'intérêt pour identifier des marqueurs de virulence ou de sous-typage, afin de mieux caractériser les pathogènes responsables d'avortements équins,
• Valoriser les résultats obtenus par le biais de publications et de présentations à des audiences variées.

Profil recherché :

Le candidat idéal est titulaire d'un Master 2 orienté recherche, récemment obtenu, avec une forte composante en microbiologie et biologie moléculaire. Il/elle possède d'excellentes compétences en bio-informatique, notamment en analyse de génomes, de microbiotes et en analyses statistiques. Une aptitude démontrée à résoudre des problèmes et à organiser son travail est essentielle. La maîtrise de l'anglais scientifique est requise, ainsi que des capacités d'analyse de données, rédactionnelles et de synthèse. L'autonomie et la flexibilité sont des qualités appréciées.

Informations complémentaires :

Le candidat sera inscrit à l'École Doctorale Normande de Biologie Intégrative, Santé et Environnement (EDNBISE) et devra suivre 100 heures de formation obligatoire durant son contrat doctoral. Le poste sera basé à LABÉO, un pôle d'analyse et de recherche en Normandie, dont une grande partie des activités de recherche, développement et innovation est axée sur la santé équine. Le doctorant sera encadré par des chercheurs expérimentés et sera amené à réaliser des prélèvements sur le terrain.