Wissenschaftler für Bioinformatik

Über uns

Ulrich GmbH & Co. KG ist ein innovatives Unternehmen im Bereich der Biotechnologie, das sich auf nachhaltige Lösungen in der Pflanzenforschung spezialisiert hat. Unsere Mission ist es, durch den Einsatz fortschrittlicher Technologien und biologischer Verfahren einen Beitrag zur nachhaltigen Nutzung von Ressourcen zu leisten. Wir streben danach, durch die Entwicklung von Pflanzen, die in der Lage sind, Metalle aus dem Boden zu extrahieren, eine umweltfreundliche Zukunft zu gestalten.

Was wir suchen

(Wir suchen keine Bewerber außerhalb des Pflanzenbereichs)

Ausbildung & Hintergrund

• Doktortitel in Molekularbiologie, Bioinformatik oder einem verwandten Fachgebiet
• Fließend in Englisch (schriftlich und mündlich); zusätzliche Sprachkenntnisse sind von Vorteil
• Vertraut mit den besten Praktiken in der reproduzierbaren Wissenschaft, einschließlich Versionskontrolle von Werkzeugen und Erstellung von Qualitätsberichten sowie Entwicklung von Datenmanagementplänen
• Erfahrung in Techniken der Pflanzen-Gentechnik wie CRISPR und bakterienvermittelter Transformation, mit einem Fokus auf Optimierung

Bioinformatik

• Nachgewiesene Erfahrung in der Assemblierung von nicht-bakteriellen und nicht-schimmelpilzlichen Genomen, vorzugsweise von Pflanzen- oder Tiergenomen
• Fähigkeiten in RNAseq-Analyse, Annotation und Datenbankmanagement

IT-Kompetenzen

• Versiert im Umgang mit IT-Tools für das eigenständige Prozessmanagement, einschließlich Vertrautheit mit Softwarelizenzen und Nutzungsrechten
• Versiert in Linux
• Kompetent in Programmierwerkzeugen und -sprachen (Erfahren im Umgang mit GitHub/GitLab für die Versionskontrolle von Code und versiert in Programmiersprachen wie Python und Shell/Bash)
• Kenntnisse in Sequenzierungstechnologien für kurze und lange Reads
• Vertraut mit Rechen- und Speichersystemen, einschließlich Erfahrung mit Rechenclustern und Lösungen zur Datenspeicherung und -sicherung

Persönliche Eigenschaften

• Kooperativer Teamplayer mit effektiven Kommunikationsfähigkeiten
• Demonstriert wissenschaftliche Strenge und akribische Aufmerksamkeit für Details
• Zeigt Anpassungsfähigkeit und Engagement für kontinuierliches Lernen
• Besitzt Demut und Offenheit für persönliches Wachstum

Hauptverantwortlichkeiten

Genomassemblierung

• Durchführung komplexer Genomassemblierungen, mit Fokus auf nicht-bakterielle und nicht-schimmelpilzliche Organismen, vorzugsweise Pflanzen- oder Tiergenomen
• Fähigkeit zur Durchführung umfassender Pflanzen-Genomassemblierungen
• Durchführung relevanter Qualitätskontrollmaßnahmen

Genomische Annotation und Analyse

• Durchführung struktureller und funktioneller Annotation von transponierbaren Elementen
• Kritische Analyse automatisierter Verarbeitungsabläufe

Transkriptomanalyse

• Zusammenstellung von Transkriptomen zur Untersuchung von Unterschieden zwischen Mutanten und Originalorganismen

RNAseq und Datenverarbeitung

• Anwendung von RNAseq-Techniken
• Leitung transkriptomischer Analysen über einen oder mehrere Faktoren, mit oder ohne Referenzgenom
• Einrichtung und Durchführung von Qualitätskontrollverfahren

Management von Bioinformatik-Pipelines und Entwicklungsumgebungen

• Nutzung von Pipeline-Managern wie Snakemake oder Nextflow
• Konfiguration und Verwaltung isolierter Entwicklungsumgebungen, wie Programmierumgebungen, Module oder Python-virtuelle Umgebungen

Daten- und IT-Prozessmanagement

• Sicherstellung einer effektiven Rückverfolgbarkeit genomischer Daten und der zugehörigen IT-Prozess-Backups
• Dokumentation und Berichterstattung: Führen von genauen Dokumentationen und Erstellung von Forschungsberichten
• Technische Unterstützung: Unterstützung bei der Vorbereitung von Daten für Analysen und Verwaltung von Datenbanken

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