Rechercheur en Biologie Moléculaire

il y a 3 jours

Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein
Offre de Thèse

Informations Générales

Titre de l'Offre : Rechercheur en Biologie Moléculaire (H/F) : Profilage Intégratif de Virus par Analyse Mutationnelle de Génome Entier

Référence : UMR5048-MANLEP-004

Nombre de Postes : 1

Lieu de Travail : Montpellier

Date de Publication : Jeudi 3 octobre 2024

Type de Contrat : CDD Doctorant/Contrat Doctoral

Durée du Contrat : 36 mois

Date de Début de la Thèse : 1 janvier 2025

Quotité de Travail : Temps Complet

Rémunération : La rémunération est d'un minimum de 2135,00 € mensuel

Section(s) CN : Organisation, expression, évolution des génomes

Description du Sujet de Thèse

Profilage Intégratif de Virus par Analyse Mutationnelle de Génome Entier

Contexte de Travail

L'objectif de cette thèse est de construire et de caractériser toutes les variantes possibles de génomes entiers afin de produire des descriptions fonctionnelles intégrées de ces organismes. Les objectifs de cette thèse sont de développer des écrans de séquençage profond pour tous les phénotypes mentionnés ci-dessus (et d'autres), de traiter les données acquises en scores quantitatifs précis, de procéder à des analyses croisées et d'intégrer ces résultats pour obtenir une compréhension unique au niveau du système du virus. Ceux-ci seront utilisés pour informer la conception d'alternatives plus sûres et plus efficaces aux pesticides chimiques et pour explorer des applications en santé plus directes.

Contraintes et Risques

La génomique synthétique vise à élucider les organisations génomiques à l'aide de techniques de biologie synthétique. Vu la taille des génomes, les modifications introduites sont arbitraires et loin d'être systématiques. La technique de balayage mutagène en profondeur consiste elle à construire des bibliothèques de variants systématiques autour de séquences hors contexte et à utiliser le séquençage en profondeur pour le phénotypage à haut débit. Ce projet se concentre sur un petit génome viral en tant que modèle pour combiner et étendre ces deux approches.

Objectifs de la Thèse

Le candidat utilisera des méthodes de biologie synthétique pour construire systématiquement des variantes de densovirus et développer une variété de tests de séquençage profond pour évaluer de nombreux phénotypes d'intérêt (expression génique, réplication virale, virulence, spécificité, etc.). L'objectif est d'intégrer ces mesures quantitatives pour produire des modèles holistiques qui lient des descriptions mécanistes, systémiques et évolutives pour des organismes entiers.

Méthodes et Outils

Le candidat réalisera de la biologie moléculaire, du clonage, du séquençage profond (NGS), de l'analyse de données et de la modélisation statistique.

Résultats Attendus

Les résultats attendus sont un grand ensemble de données liant des centaines de milliers de mutations à une douzaine de phénotypes différents. Cela pourrait conduire au développement de variants viraux avec des propriétés améliorées pour le contrôle biologique et la thérapie génique.

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