Stage en Bioinformatique

**Société** **:GenoScreen**
**Secteur** : Biotechnologies/Génétique
**Lieu** : 59 - Lille

**Sujet**: Benchmarking de logiciels dans le cadre de la création d’un pipeline d’assemblage de novo de
transcriptomes et d’analyse d'expression différentielle

**Domaine d’activité**
Société de biotechnologie (35 personnes), nous proposons une large palette de prestations de
services en génomique, basées sur notre expertise en séquençage, génotypage et en
bioinformatique, afin de répondre aux besoins d’équipes de recherche académiques et industrielles
de divers secteurs d’activité (santé, environnement, agriculture, agroalimentaire, biotech ).
moléculaire, plus particulièrement, des kits de diagnostic in vitro, commercialisés à l’International.

**Description du stage**
Dans le cadre de ses activités en analyse transcriptomique, GenoScreen propose un stage visant à
évaluer et comparer différents outils bioinformatiques utilisés pour l’assemblage de novo de
transcriptomes ainsi que pour l’étude de l’expression différentielle des gènes.
Le ou la stagiaire aura pour mission de:

- Sélectionner et tester différents logiciels d'assemblage de transcriptome et d'analyse

d'expression différentielle.
- Définir un jeu de données de test et participer activement aux critères d’évaluations des

logiciels.
- Participer à la création d’un pipeline d’analyse (en Snakemake) utilisant les logiciels

sélectionner.
- Rédiger un rapport des résultats obtenus.

**Profil recherché**
- Formation en bioinformatique.
- Compétences en programmation : R, Python, Bash.
- Connaissance d’un langage de workflow (idéalement, Snakemake).
- Maîtrise de l’anglais (lecture/écriture).
- Capacité à travailler de manière autonome et à communiquer ses idées et ses résultats.

**Ce que nous offrons**
- Intégration au sein d’une équipes composé de plusieurs bioinformaticiens.
- Une équipe à l’écoute de vos idées.
- Un accompagnement personnalisé pour favoriser votre autonomie et votre progression.
- L’opportunité de développer vos compétences techniques en bioinformatique.
- Une expérience au sein d’un environnement pluridisciplinaire.

**Type de contrat**
Stage de deux à trois mois

Poste ouvert aux personnes en situation de handicap

**GenoScreen**
1 rue du Pr. Calmette**
59 000 Lille**
Tél : +33(0) 362 263 777