Stage M2/ingénieur

68000 Colmar _

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**Présentation INRAE**:
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Vous serez accueilli(e) au sein de L’UMR Santé de la Vigne et Qualité du Vin (SVQV), équipe Virologie et Vection dans le cadre d’un stage de fin d’étude.

**Environnement de travail, missions et activités**:
**CONTEXTE SCIENTIFIQUE**
La vigne, plante pérenne de grande valeur économique, a été domestiquée il y a environ 11 000 ans. Depuis, les nombreux échanges de matériel génétique du genre Vitis à l’échelle mondiale ont probablement favorisé l’introduction et la dispersion de nombreux virus. À ce jour, plus de 100 espèces virales y ont été identifiées, témoignant d’une diversité exceptionnelle du virome associé à la vigne. Certains de ces virus, dits ubiquistes, semblent avoir peu ou pas d’effets délétères sur la plante. En revanche, d’autres espèces sont responsables de maladies sévères. C’est notamment le cas du Grapevine fanleaf virus (GFLV - Nepovirus foliumflabelli), considéré comme l’un des virus de la vigne les plus dommageables. Ce virus est l’un des principaux agents de la maladie du court-noué, responsable de pertes économiques majeures dans de nombreux vignobles.

Le GFLV est un népovirus (NEmatode-transmitted POlyhedral viruses), largement distribué dans le monde et endémique en France. Il est transmis naturellement et spécifiquement, de proche en proche, par le nématode ectoparasitaire Xiphinema index. Son génome est constitué de deux segments d’ARN simple brin à polarité positive. Ce virus, spécialiste des espèces du genre Vitis, présente un fort niveau de diversité génétique. La divergence nucléotidique entre les variants peut atteindre 21 % pour l’ARN1 et 23 % pour l’ARN2, et ce à différentes échelles spatiales : au sein d’une même parcelle, entre parcelles éloignées ou encore entre pays.

Actuellement, des jeux de données RNA-Seq issus de plusieurs centaines d’échantillons collectés dans différents foyers infectieux en France sont en cours d’analyse afin de caractériser cette diversité virale. Cependant, la co-infection fréquente d’un même plant par différents variants complique fortement l’assemblage des génomes à partir de lectures courtes Illumina, et pourrait favoriser la détection de faux recombinants.
Pour confirmer nos résultats, l’équipe développe deux approches complémentaires:

- Clonage et séquençage Sanger ciblés sur des échantillons en co-infection, afin d’obtenir des longues séquences recouvrant les points de recombinaison identifiés et/ou des séquences complètes des variants.
- Séquençage à haut débit de troisième génération (Nanopore-MinION), permettant d’acquérir des lectures longues et continues, mieux adaptées à la résolution de la diversité intra-échantillon et à la reconstitution des génomes viraux.

**OBJECTIFS DU STAGE**
**Le/la stagiaire participera à plusieurs volets complémentaires**:
**1. Réalisation du clonage/séquençage Sanger à partir d’extraits d’ARN déjà disponibles (RT-PCR, clonage des amplicons, minipreps, envoi des ADN plasmidiques à un prestataire pour le séquençage puis analyses des séquences et chromatogrammes),**
**2. Développement d’un protocole de séquençage long-read (Nanopore MinION) dédié à la caractérisation des variants de GFLV.**
**3. Développement d’un pipeline bioinformatique pour l’analyse de données de séquençage.**
**4. Analyse de la diversité génétique du GFLV (phylogénies, taux de mutations, événements de recombinaisons).**
**MÉTHODOLOGIES MOBILISÉES**
- **Biologie moléculaire : clonage, préparation de librairie de séquençage.**:

- **Bio-informatique : alignement de séquence, assemblage de novo, mapping, phylogénie.**:

- **Analyses évolutives : calcul des taux de mutations, analyse des phylogénies, détection de recombinaison.**:

- **Outils : langage bash et R, Geneious, figtree, RDP5.**

**Formations et compétences recherchées**:
**Master/Ingénieur (Bac+5)**
- Master 2, ingénieur agronome à la recherche d’un stage de fin d’études, ou équivalent
- Intérêt pour la virologie végétale, la biologie moléculaire et la bioinformatique
- Compétences en analyse de données de séquençage (Illumina, Nanopore) appréciées.
- Curiosité, rigueur, autonomie, esprit d’équipe.

**Votre qualité de vie à INRAE**:
En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée):

- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à