Post-doctorat en épidémiologie Spatiale Et

L’unité Adaptation Santé des Invertébrés Marins (ASIM) mène des projets relatifs à : 1) l’étude des maladies affectant les mollusques marins, 2) la détection et l’étude des émergences de maladies et 3) l’adaptation des hôtes à ces maladies (apparition de la résistance et déterminisme associés). L’unité ASIM est un lieu d’intégration forte entre des activités de recherche et de surveillance/référence grâce à une expertise reconnue internationalement. Il est Laboratoire National de Référence (LNR) et Laboratoire de Référence de l’Union Européenne (LRUE) pour les maladies des mollusques marins. Les principaux enjeux de l’unité ASIM sont d’améliorer les connaissances et les données sur les génomes des invertébrés marins et leurs micro-organismes pathogènes, de mieux comprendre les mécanismes évolutifs et adaptatifs des invertébrés marins et micro-organismes pathogènes associés dans leur écosystème, et de pouvoir développer des approches d’analyse de risque dans un cadre plus global « One Health ».

**Missions principales**:
Le poste de post-doctorat est financé par un projet ANR JCJC nommé IDEAL. Vous travaillerez sur la quantification de la contribution des analyses génomiques à la compréhension de la propagation des agents pathogènes marins et à l'identification des facteurs déterminants. Vous serez spécialisé.e en épidémiologie spatiale et moléculaire et viserez à explorer des scénarios contrastés pertinents pour comparer et intégrer des modèles spatio-statistiques et phylogéographiques afin de détecter l'impact des facteurs sur la distribution spatiale et la propagation des agents pathogènes.

**Activités principales**:

- développer un pipeline de simulation en utilisant un simulateur de chaîne de transmission existant pour simuler des épidémies entières de bivalves marins d'élevage dans l'espace et le temps, puis générer ultérieurement des données d'occurrence et des données moléculaires fictives, compatibles avec des jeux de données réels.
- comparer à la fois des analyses spatio-statistiques et phylogéographiques pour évaluer dans quelle mesure et dans quelles conditions spécifiques les différentes méthodologies analytiques permettent d'identifier et de quantifier l'impact de facteurs sur la distribution et la dispersion des organismes pathogènes.

Trois aspects recevront une attention particulière : i) les paramètres épidémiologiques impactés ; ii) les conditions de suivi et de diagnostic ; et iii) les taux d'évolution des pathogènes.

Les données simulées dans le cadre des différents scénarios identifiés seront utilisées pour évaluer et comparer les méthodes disponibles pour tester l'impact des facteurs sur la propagation des pathogènes.

Vous serez chargé.e de diriger la publication des résultats de ces recherches.

**Champ relationnel**:

- En interne:
Vous serez supervisé.e par le coordinateur du projet Maude Jacquot (IFREMER, ASIM), chercheur en épidémiologie moléculaire, et travaillerez en étroite collaboration avec les partenaires du projet à l'IFREMER (ASIM, LPI, SeBiMER).
- En externe:
**Doctorat** en épidémiologie spatiale ou moléculaire, biologie computationnelle, bio-informatique obtenu depuis 3 ans maximum

**Compétences techniques / métiers**:

- Connaissance de l'épidémiologie spatiale et moléculaire
- Maîtrise des outils bio-statistiques et des langages de programmation (R, Python, Shell Linux)
- Maîtrise des concepts et des outils pour caractériser la diversité génomique et l'évolution spatio-temporelle des organismes pathogènes
- Maîtrise de la langue anglaise
- Compétences en coordination de projets
- Solides compétences en rédaction

**Qualités personnelles**:

- Autonomie et rigueur
- Curiosité
- Capacité à travailler en équipe
- Capacité de synthèse

**Conditions de travail**:

- Temps plein
- Contrat post doctoral d’une durée de 18 mois

Qui sommes nous ?

**L’Ifremer**

Reconnu dans le monde entier comme l’un des tout premiers instituts en sciences et technologies marines, l’Ifremer s’inscrit dans une double perspective de développement durable et de science ouverte. Il mène des recherches, innove, produit des expertises pour protéger et restaurer l’océan, exploiter ses ressources de manière responsable, et partager les connaissances et les données marines afin de créer de nouvelles opportunités pour une croissance économique respectueuse du milieu marin.

Présents sur toutes les façades maritimes de l’hexagone et des outremers, ses laboratoires sont implantés sur une vingtaine de sites dans les trois grands océans : l’océan Indien, l’Atlantique et le Pacifique. Pour le compte de l’Etat, il opère la Flotte océanographique française au bénéfice de la communauté scientifique nationale. Il conçoit ses propres engins et équipements de pointe pour explorer et observer l’océan, du lit