Chercheur.e en Bio-analyse Et Génomique Comparative Du Palmier à Huile

**Description de la future affectation**:
**Domaine**:
Science - Sciences biologiques

**Type de contrat**:
CDD

**Intitulé**:
Chercheur.e en bio-analyse et génomique comparative du palmier à huile

**Date de début**:
01/11/2025

**Date de fin prévisionnelle**:
29/02/2028

**Durée**:
28 mois

**Description du poste / de la mission**:

- Au sein du Cirad, l'UMR AGAP Institut, « Amélioration Génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales » met en synergie une grande diversité de compétences et de ressources pour développer/sélectionner en partenariat des plantes cultivées mieux adaptées à des agrosystèmes variés, notamment par ses recherches en génétique et génomique en appui à la sélection assistée par marqueurs, ceci dans le contexte de l'adaptation au changement climatique.
L'UMR AGAP Institut conduit un projet de recherche génomique du palmier à huile (Elaeis guineensis Jacq.) intitulé OPGP- GeneExpress, financé par un consortium international “Oil Palm Genome Projects (OPGP)” rassemblant 14 partenaires publics ou privés de la filière R&D du palmier à huile. Ce projet est en appui à une sélection assistée par marqueurs intra
- ou interspécifique du palmier à huile qui contribue à une culture plus éco-responsable de cette plante oléagineuse tropicale.

Dans le contexte de ce projet, le collectif Génome et Sélection des plantes Pérennes (GSP) de l'UMR AGAP Institut à Montpellier recrute un.e chercheur.e en bio-analyse et génomique comparative du palmier à huile, en appui à la sélection assistée par marqueurs du palmier à huile. Il a pour objectif principal de spécifier et de comparer la structure et l'annotation de séquences de génomes entiers Elaeis clés, en connectant cette information à celle de cartographies de liaison, de QTL/gènes d'intérêt agronomique et de données phénotypiques du projet. Il a également pour objectifs de caractériser la diversité de l'exome de régions à QTL d'intérêt et de caractériser le polymorphisme de séquences génomiques de gènes de résistance et de régulateurs associés à la résistance/sensibilité aux maladies.

En liaison avec le coordinateur du projet et sous la supervision du chercheur bio-analyste de l'équipe GSP, vous serez en charge des activités suivantes:

- Assemblage et annotation de génomes clés d'Elaeis (~ 1.8 Gb)
- Comparaison des structures et annotation des génomes entiers Elaeis
- Etablissement d'un catalogue des variants (SNP, Del indel, etc.) des génomes Elaeis comparés
- Analyse de séquences de régions QTL sur un panel de diversité génétique du genre Elaeis
- Définition d'un répertoire des gènes de résistance aux maladies
- Conception des cibles de séquençage par capture pour les régions à QTL et les gènes de résistance aux maladies
- Analyse de séquences de capture-séquençage de l'exome de régions à QTL et de séquences génomiques de gènes et de régulateurs associés à la résistance ou à la sensibilité aux maladies
- Amélioration d'un « Palm Genome Hub » et visualisation pour extraction des données omics du projet
- Transfert et valorisation des résultats aux partenaires du projets

**Profil souhaité**:

- Titulaire d'un doctorat en génétique avec une spécialité sur la pangénomique, la génomique comparative, l'étude des variations structurales et l'annotation des génomes

Deux années de post-doc ou d'expérience professionnelle réussies sont souhaitées et seraient un plus, sans être impératives.

Compétences et savoir-faire indispensables:

- Compétences en bio-informatique et analyse comparative de séquences entières de génomes, et sur l'étude fine de régions d'intérêt (QTLs) à l'échelle des gènes et de leurs régions régulatrices.
- Compétences en analyse d'orthologie pour étudier la dynamique des familles de gènes dans le genre Elaeis
- Maîtrise des outils d'analyse des variations structurales locales (SNP/INDELS) et de plus grande taille (PAV, CNV, inversions, translocations)
- Maîtrise de la programmation dans le domaine bio-informatique (python, bash) et de l'utilisation de cluster de calcul (SLURM)
- Bonnes capacités d'expression orale et de rédaction scientifique en anglais

Compétences souhaitées:

- Connaissances en génomique fonctionnelle, biostatistique et/ou génétique quantitative (dont cartographie de QTL/gènes)
- Capacités de formation et/ou d'encadrement d'étudiants ou de chercheurs partenaires
- Aptitude à des missions scientifiques à l'étranger dans des pays du Sud

Savoir être:

- Esprit d'équipe
- Capacités relationnelles en interne et avec des chercheurs partenaires
- Intérêt pour l'interdisciplinarité
- Dynamisme, créativité et esprit d'initiative

Merci de bien vouloir indiquer dans votre CV des références de responsables sur de précédentes fonctions que nous nous permettrons de contacter.

Nos atouts

Avantages sociaux : Vous bénéficiez d'un 13ème mois, de possibilités de journées de télétravail, de titres restaurant et d'une assurance sociale complète.

**Contraintes du poste**:
Travail sur écran + 4 h

**Poste ouvert