Bioinformaticien (H/F)

il y a 2 semaines

Bordeaux, France Institut Bergonié Temps plein

L’Institut Bergonié recrute un Bioinformaticien

**Missions principales**:
Vous travaillerez dans le cadre du projet LearnCHIP sur la mise au point d’un modèle prédictif de l’origine CHIP ou tumorale des variants détectés sur biopsie liquide, en collaboration avec l’Unité de Pathologie Moléculaire (unité coordinatrice du projet), le Centre de Ressources Biologiques, l’Unité de Recherche clinique en Biopathologie, le Département de Recherche Clinique et d’Innovation (DRCI) et le prestataire externe de séquençage choisi, sur les missions suivantes:
Développer et mettre en production dans les temps impartis les outils bio-informatiques nécessaires:

- au lancement du projet sur la requête de la cohorte de patients cibles.
- à l’export, la structuration, l’analyse et l’annotation des données destinées à alimenter la base d’entraînement et de validation du modèle prédictif.
- à la centralisation des données obtenues dans un eCRF structuré.
- à la traçabilité des actions techniques de chaque équipe impliquée dans le projet.

**Activités générales**:

- Développer un outil de sélection des patients éligibles sur la base de critères d’inclusion prédéfinis et permettant de tracer les actions techniques et analytiques effectuées sur leurs prélèvements.
- Développer un outil croisant pour chaque patient inclus les données moléculaires issues de leurs prélèvements tumoraux, plasmatiques et leucocytaires pour permettre aux biologistes de l’unité de
pathologie moléculaire d’annoter l’origine des variants plasmatiques.
- Développer un outil d’analyse in silico des caractéristiques fragmentomiques associées aux variants plasmatiques d’intérêt.
- Centraliser l’ensemble des données cliniques et moléculaires obtenues dans un eCRF structuré au moyen d’un outil d’import automatique, en vue de leur traitement ultérieur par un data-scientist
(étape de machine learning).

**Activités spécifiques**:

- Se former à l’utilisation des systèmes informatiques et solutions logicielles utilisés par les équipes impliquées de l’institut Bergonié (ArianeDx, Hexalis, Redcap, GenVarXplorer, ).
- Participer au suivi du projet.
- Tenir compte des nouvelles données de la littérature pour la conception et le développement des outils précités.
- Travailler en équipe avec les autres bio-informaticiens de l’unité pour la bonne articulation des différents projets.
- Interagir avec l’unité de Pathologie Moléculaire et les autres équipes impliquées en adéquation avec les besoins des projets.

**Profil attendu**:

- Ingénieur (bio-)informatique (biologie/santé), Master bio-informatique, ou équivalent.
- Appétence pour les données.
- Expérience dans la compréhension, l’analyse et la manipulation des données génomiques.
- Connaissance en cancérologie sera appréciée favorablement.

**Compétences requises**:

- Travail sous environnement linux.
- Maîtrise du langage Python.
- Gestion de version Git.
- Connaissance des SGBD.
- Autonomie et capacité d’apprentissage rapide.

**Caractéristiques du poste**:
Poste en 39h - du lundi au vendredi

Rémunération : À l’embauche à partir de 39K€ brut annuel, statut cadre, télétravail possible.

Les personnes intéressées qui rempliraient les conditions ci-dessus voudront bien adresser leurs

**CDD**

**12 mois**

**Temps plein**

**Poste à pourvoir au 01/04/2025

  • Bio-informaticien Pôle Biologie Et Pathologie

    il y a 5 heures

    Bordeaux, France Groupe hospitalier Pellegrin Temps plein

    **Détails de l’offre**: **POSTE PROPOSÉ** Bio-informaticien pôle Biologie et Pathologie - H/F **CONTRAT** CDD **DESCRIPTIF** Descriptif du poste: La Direction de la Recherche Clinique et de l'Innovation (DRCI) du CHU de Bordeaux a pour mission de mettre en uvre la politique relative aux maladies rares au CHU de Bordeaux et de piloter les centres de...

  • Manutentionnaire (H/F)

    il y a 2 semaines

    Bordeaux, France H&H Temps plein

    **Mission** Vous souhaitez aider nos clients avec toute la fiabilité et l'amabilité qui vous caractérisent? Alors, vous êtes très exactement la personne qu'il nous faut dans notre équipe! - Vous gérez les retours de nos magasins - Vous participez au déchargement des marchandises - Vous utilisez les différentes installations du service - Vous...

  • Chauffeur Livreur Pl

    il y a 1 semaine

    Bordeaux, France H-TUBE Temps plein

    Spécialiste incontournable des matériaux de synthèse comme le PVC ou le PE à destination des acteurs du bâtiment, des travaux publics et de l'industrie. H-Tube présente un catalogue de plus de 30 000 références. Chacune de nos 42 agences dispose d'un stock important et possède son propre service de livraison afin de répondre à toutes les exigences...

  • Attaché Commercial Sédentaire

    il y a 2 jours

    Bordeaux, France H-TUBE Temps plein

    Spécialiste incontournable des matériaux de synthèse comme le PVC ou le PE à destination des acteurs du bâtiment, des travaux publics et de l'industrie. H-Tube présente un catalogue de plus de 30 000 références. Chacune de nos 48 agences dispose d'un stock important et possède son propre service de livraison afin de répondre à toutes les exigences...

  • Chaudronnier (F/H)

    il y a 2 semaines

    Bordeaux, France F-TECH Temps plein

    Le groupe F-TECH est un fournisseur de pièces de structures métalliques et composites destinées aux secteurs de l'aéronautique civile et militaire. Fondé en 2002, le groupe s'est développé par croissance organique et par croissances externes pour devenir un fournisseur de rang 1 des grands donneurs d'ordre de l'aéronautique. Positionnés sur le "high...

  • Chargé D'affaires Chr

    il y a 1 semaine

    Bordeaux, France Step H Temps plein

    Descriptif du poste CHARGE D AFFAIRES CHR -F/H - Rattaché(e) au Directeur CHR France, vous êtes responsable du secteur géographique de la Nouvelle - Aquitaine(départements principaux : 24 17 16 86 - 79) sur l ensemble de la gamme de nos produits sur le secteur CHR. Vous êtes en charge du développement et gérez un portefeuille de clients existants,...

  • Vendeurs (F/H) - Cdi 25h - Angoulême

    il y a 2 semaines

    Bordeaux, France H&M Temps plein

    Description de l'entreprise Qu’est ce qui rend H&M unique ? Tellement de choses ! Notre culture d’entreprise & nos valeurs, les opportunités de développement & les défis, les avantages & bien plus encore. Mais surtout, nos collaborateurs, qui font de nous ce que nous sommes. H&M est un lieu où vous pouvez pleinement exprimer votre personnalité,...

  • Vendeurs (F/H) - Cdi 35h/25h - Bordeaux Mérignac

    il y a 2 heures

    Bordeaux, France H&M Temps plein

    Description de l'entreprise Qu’est ce qui rend H&M unique ? Tellement de choses ! Notre culture d’entreprise & nos valeurs, les opportunités de développement & les défis, les avantages & bien plus encore. Mais surtout, nos collaborateurs, qui font de nous ce que nous sommes. H&M est un lieu où vous pouvez pleinement exprimer votre personnalité,...

  • Responsable de Magasin

    il y a 2 semaines

    Bordeaux, France H&M Temps plein

    **Description de l'entreprise** **Description du poste** En tant que Responsable de Magasin chez H&M votre rôle de leader inspirant tient une place essentielle dans la réussite et l’atteinte des résultats du magasin. D’un excellent service client sur l'ensemble de la surface de vente : vous passerez 50 % de votre temps sur le terrain à guider votre...

  • Serveur (H/F)

    il y a 3 jours

    Bordeaux, France sushi h Temps plein

    grand restaurant de spécialités japonaises dans le centre ville d’Angoulême recherche serveur ou serveuse très motivé.e, avec un minimum d'expérience pour CDI (après période d'essai de deux mois). avec une très forte possibilité d’évolution au sein de notre entreprise pour les personnes sérieuses et désirant s'investir dans la...