Stagiaire Bioinformatique

ENVOLIS - Sous la supervision du maître de stage et en étroite collaboration avec notre équipe de spécialistes, vous serez chargé(e) de:

- Appropriation de la base de données actuelle : Comprendre et analyser les structures de données existantes pour poser les bases d'un développement efficace.
- Construction d'une nouvelle base de données : Développer une base de données recensant les espèces en Nouvelle-Aquitaine, incluant des critères d'évaluation écologique (écologie, protection, etc.) ; des calculs et des index de priorisation seront appliqués selon des critères qui seront fournis au stagiaire.
- Automatisation et interfaçage des données : Intégrer et coder des informations permettant d'extraire automatiquement les données issues de sites et bases de données partenaires.
- Automatisation du calcul des enjeux de conservation pour chaque espèce recensée : Développement d'un module informatique, idéalement en R ou en Python, qui permette d'intégrer et d'analyser les critères énoncés en interne pour chaque espèce recensée.
- Validation et vérification des résultats : Élaboration de tests et de vérifications pour garantir la précision et la fiabilité des calculs générés.
- Documentation des processus : Documenter chaque étape sous forme de procédures claires afin de garantir la compréhension et la reproductibilité de chaque action pour des modifications futures.

**Résultats attendus**:
La mise en place de ce calcul automatisé permettra à ENVOLIS de disposer d'un outil puissant et réactif pour la priorisation des enjeux de conservation, facilitant ainsi la prise de décision rapide dans les projets de gestion de la biodiversité. Cette méthode d'automatisation réduira significativement le temps de traitement des données et augmentera la fiabilité des résultats obtenus, offrant une base solide pour des interventions adaptées aux besoins de chaque espèce.
**Possibilités d'extension de missions**:
Selon les compétences, l'implication et les envies du stagiaire, des missions additionnelles pourront être confiées, afin de participer plus largement aux travaux connexes menés par ENVOLIS dans le domaine de l'écologie et de la conservation.
Nous recherchons un(e) étudiant(e) motivé(e), rigoureux(se) et autonome, prêt(e) à s'investir dans un projet à la croisée de la gestion de données et de l'écologie.
**Compétences techniques**:

- Programmation et gestion de base de données : Maîtrise du logiciel R (et/ou Python) et d'Excel indispensable. La connaissance d'un autre langage, tel que VBA, serait un plus.
- Gestion de données écologiques : Validation, analyse et traitement de données ; mise à jour et adaptation des contenus en fonction des dernières informations disponibles.
- Recherche bibliographique : Capacité à identifier et exploiter des ressources bibliographiques sur les espèces d'intérêt pour étayer les données de la base.
- Documentation et production de contenus : Coordination et élaboration de documents techniques, rapports, articles et autres supports de communication en lien avec les protocoles appliqués.
- Participation aux réunions du groupe de travail : Collaboration avec l'équipe sur les différentes avancées du projet et mise en uvre des ajustements nécessaires.
- Connaissances en écologie terrestre : Des connaissances en écologie terrestre (faune et/ou flore) seraient un plus.

**Qualités personnelles**:

- Rigueur et méthode : Capacité à travailler de manière méthodique et précise, en assurant la cohérence et l'intégrité des données.
- Sens de l'organisation : Aptitude à gérer et à prioriser plusieurs tâches pour répondre efficacement aux exigences de chaque étape du projet.
- Aisance relationnelle et capacité d'écoute : Travail en équipe pluridisciplinaire ; capacité à interagir avec différents profils pour s'adapter aux besoins du groupe.
- Autonomie : Capacité à prendre des initiatives et à travailler de manière indépendante lorsque nécessaire, tout en sachant solliciter de l'aide au besoin.