Ie Bioinformatique

L’équipe de Pierre Milpied « _Immunologie Intégrative des Lymphocytes B_ » et le groupe
- Computational Biology, Biostatistics & Modeling_ (CB2M), au Centre d’Immunologie de Marseille
- Luminy (CIML), dans le cadre de l’Action Structurante _ST-omics_ soutenue par le Cancéropôle
PACA recherchent un-e Ingénieur-e biologiste en traitement de données.

Vous serez en charge de tester, implémenter et déployer les méthodes bioinformatiques
requises pour la réalisation des différentes étapes de traitement de ces données : segmentation
cellulaire, déconvolution et annotation basées sur des références, analyse de gènes
différentiellement exprimés, inférence de communication cellule-cellule. Vous devrez établir des
protocoles d’analyse adaptés, produire des rapports d’analyse clairs et détaillés et les
communiquer à votre équipe.

**Activités**- Concevoir des pipelines d’analyse bioinformatique pour le traitement des données de
**principales**transcriptomique spatiale.
- Tester, implémenter et déployer les méthodes bioinformatiques pour la segmentation

cellulaire, déconvolution et annotation basées sur des références, analyse de gènes

différentiellement exprimés, inférence de communication cellule-cellule.

**Activités**- Réaliser la veille technologique dans le domaine de l’analyse bioinformatique des
**associées**données de transcriptomique spatiale.
- Participer activement aux réunions d’équipe et au groupe de travail inter-instituts du

projet _ST-omics _
- Participation aux rencontres et aux échanges de la communauté des bioinformaticiens

du CIML et de la région marseillaise (réseau BIOTIC).

**Connaissances**- Compréhension pratique des différentes méthodes de transcriptomique spatiale.
- Compréhension pratique des méthodes mathématiques d’analyse de données

multidimensionnelles.
- Maîtrise de l’anglais scientifique écrit et oral.
- Connaissance en de systèmes sous Unix/Linux, Shell.

**Savoir-faire**- Maîtrise de la programmation en R, PYTHON.
- Maîtrise des outils d’analyse de données de séquençage à haut-débit (Illumina, Oxford

Nanopore Technologies), de préférence en transcriptomique (RNA-seq, single-cell

RNA-seq).

**Aptitudes**- Volonté d'évolution et d’apprentissage
- Intérêt pour les questions méthodologiques en biologie computationnelle.
- Rigueur, capacités organisationnelles et de présentation synthétique des résultats

techniques et scientifiques.
- Bonne communication avec les bio-informaticiens et les biologistes.
- Bonnes capacités de travail en équipe

**Institut national de la santé et de la recherche médicale**

**Spécificité(s) /**Le poste se situe au CIML, centre d’immunologie de renommée internationale, localisé sur le
**Contrainte(s)**campus universitaire de Luminy, au sud de Marseille. Vous travaillerez au sein d’une équipe
**du poste**pluridisciplinaire composée d’experts et expertes en bioinformatique et en analyse d’image, ainsi

que d’immunologistes. Vous participerez régulièrement à un groupe de travail _ST-omics_ régional.
Le groupe CB2M (_Computational Biology, Biostatistics & Modeling_) qui organise et fédère les
bioinformaticiens et bioinformaticiennes du CIML (~20 personnes) co-encadrera votre activité.
Au sein du CB2M, vous bénéficierez de l’expertise existante sur les méthodes d'analyse « single
- cell & spatial transcriptomics », et sur les outils employés pour assurer la reproductibilité des
résultats (Open Science / FAIR data). Dans une salle dédiée, vous serez quotidiennement
entouré(e) par la majorité des bioinformaticiens et bioinformaticiennes du CIML et participerez
activement au dynamisme de cette communauté.

**Expérience**Expérience réussie en bioinformatique appliquée aux données génomiques, transcriptomiques,
**souhaitée**ou analyse quantitative d’images.

**Diplôme(s)**
BAC+5 en bioinformatique, informatique ou mathématiques appliquées.

**souhaité(s)**

**Structure d’accueil**

**Code unité**U 1104

**Intitulé**CIML

**Responsable**Marc Dalod

**Composition**

**Adresse**Parc Scientifique et Technologique de Luminy
163 avenue de Luminy
Case 906
13288 Marseille cedex 9

**Délégation**
**Provence-Alpes-Côte d'Azur et Corse**

**Régionale**

**Contrat**

**Type**CDD

**Durée**1 an

**Rémunération**Salaire en fonction du diplôme et de l’expérience, suivant les grilles de la fonction publique.

**Date souhaitée de**
**prise de**Avril 2025
**fonctions**

**Pour postuler**

**Institut national de la santé et de la recherche médicale**

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