Stage de Recherche en Bio-informatique

il y a 1 semaine


Apt, France IRSEA Temps plein

L’Institut de recherche en Sémiochimie et Ethologie appliquée, fondé en 1995, est un institut de recherche privé dédié à la recherche sur la communication chimique, les interactions et le comportement des animaux et de l’homme. La communication chimique est le plus ancien mode d’information et encore celui le plus répandu chez les êtres vivants. Etudier le comportement des animaux, les voies et moyens de communication nous permettrait d’interagir avec le monde du vivant en mimant ses codes, telle est l’idée à l’origine de la création de l’IRSEA. L’institut se situe dans la ville d’Apt au cœur du Luberon (50 km d’Avignon).

Ce stage a pour but d’enrichir les connaissances et savoir-faire d’IRSEA dans l'analyse des séquences et l'annotation structurelle des récepteurs gustatifs des insectes.

**Missions**:

- Collecte de séquences de récepteurs gustatifs dans les bases de données de séquences de gènes et de protéines. Aussi, étude par alignement de la conservation des séquences, des motifs, de la relation phylogénétique entre les espèces et analyse de la topologie transmembranaire.
- Prédire les modèles structuraux appropriés pour les récepteurs du goût en utilisant la modélisation comparative et les valider.
- Déterminer l'interaction protéine-protéine et protéine-ligand à l'aide d'une analyse de docking, de virtual screening et de dynamique moléculaire, conduisant à l'identification de substances sémiochimiques importantes.

Techniques principales utilisées pendant le stage : Manipulation de bases de données bioinformatiques et analyse des séquences (NCBI, BLAST, ConSurf, Motif, PubChem, Clustalw, MEGA), utilisation d’outils d'analyse de modélisation structurelle (Colabfold, Modeller), analyse informatique de docking et simulation dynamique des ensembles de données d'interaction.

**Qualités recherchées **: motivation, curiosité, autonomie, rigueur scientifique.

Compétences souhaitées : techniques de base en bioinformatique (conservation et analyse de séquences, Autodock et GROMACS). Si possible, des connaissances concernant la programmation python et l’utilisation de Linux CentOS.

**Niveau d’étude **: BAC +4 au minimum.

**Période de stage **: 6 mois. Début du stage en février.

Type d'emploi : Stage
Durée du contrat : 6 mois

Salaire : à partir de 600,00€ par mois

Avantages:

- Horaires flexibles
- Réfectoire

Programmation:

- Du Lundi au Vendredi

Lieu du poste : Un seul lieu de travail


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    il y a 1 semaine


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