Chargé D'études Scientifiques

16-03-2025

**Chargé d'études scientifiques - Appui scientifique sur la Fonge de France (F/H)**:

- Date limite
- 16-03-2025
- Date de publication
- 14-02-2025
- Contrat
- Contrat de projet
- Catégorie
- A
- Direction / Service
- UMR 7205 INSTITUT DE SYSTÉMATIQUE, ÉVOLUTION, BIODIVERSITÉ (ISYEB)
- Localisation
- 75 - Paris - Tous sites

**Contexte du recrutement et définition de poste**:
**PRÉAMBULE**

Le MNHN est l’organisme de référence en France pour la taxonomie et les collections de spécimens. Dans ce cadre, des liens sont établis entre les départements de systématique (UMR 7205 ISYEB), les collections du MNHN (DGD-C) et PatriNat (OFB-MNHN-CNRS-IRD) pour assurer l’enrichissement et le maintien à jour du référentiel taxonomique national TAXREF, la valorisation de la collection nationale, et l’interopérabilité des données aux niveaux national et international.

**CONTEXTE ET PROJET**

Ces attentes sont liées non seulement à la gestion des données d’occurrences de taxon mais aussi à la gestion (1) des relations fonctionnelles entre la fonge et d’autres organismes (ex. symbiose ou parasitisme des plantes sauvages et cultivées, infectiologie ou intoxication en lien avec la santé publique et des personnes), (2) et des fonctions écosystémiques (ex. dégradation et recyclage de la matière organique, restauration et dépollution du sol, résistance et résilience des forêts aux stress hydriques, aide à la nutrition des végétaux, etc.).

Les besoins sont importants pour alimenter et tenir à jour le référentiel TAXREF afin de renforcer sa complétude et sa validité pour les utilisations dans le cadre des politiques publiques, de la recherche scientifique, de la surveillance et de la gestion de la biodiversité. Par ailleurs, il existe de forts besoins en termes de consolidation, que ce soit au niveau national (métropole et territoires ultra-marins) mais également avec les référentiels européens et mondiaux. Ce travail de consolidation et d’enrichissement du référentiel de la fonge de France passe notamment par la valorisation et le développement des collections du MNHN qui hébergent de nombreux types à l’origine de la description des taxons, ainsi que par l’alimentation des bases de séquences de référence qui permettront de résoudre les problématiques taxonomiques, de consolider le référentiel TAXREF et les bases de connaissances associées (statuts, interactions, traits de vie).

**DESCRIPTION DES MISSIONS**

Au sein de l’UMR, et sous l’autorité du porteur du projet, Marc-André Selosse, le(la) titulaire du poste devra assurer la consolidation du référentiel Fonge de TAXREF en assurant (1) la mise à jour de TAXREF par l’analyse du référentiel, la coordination des experts, la gestion des besoins relatifs au séquençage des taxons, et (2) la valorisation de l’herbier national et la veille bibliographique:

- En lien avec le réseau national des mycologues (AdoniF, SMF, CBN), analyser le référentiel fonge de TAXREF, en particulier pour la métropole où une mise à niveau est nécessaire:

- Corriger les noms, les abréviations d’auteur, les dates en s’appuyant sur les descriptions originales et les spécimens de l’herbier national ;
- Identifier les problèmes de cohérence taxonomique (1) au sein de la fonge de métropole en lien avec la littérature la plus récente, (2) au niveau de la fonge nationale en lien avec les référentiels internationaux (Index Fungorum, Mycobank), et (3) en lien avec les réseaux d’experts ;
- Prendre en charge et centraliser les besoins de séquençage relatifs aux problématiques taxonomiques et/ou à l’alimentation du référentiel de séquence sur la fonge de France.
- Contribuer à la coordination des experts de la fonge au niveau national:

- Aider à animer le réseau des mycologues liés à l’herbier du MNHN ainsi que les spécialistes français et internationaux avec lesquels ils travaillent ;
- Faire des liens avec le programme Funif-Col de barcoding moléculaire de référence des taxons fongiques de la fonge de France ;
- Co-animer le groupe de travail « Fonge de l’hexagone » avec le coordinateur identifié pour le compte du réseau des CBN et en lien avec les têtes de réseaux agissant dans le domaine de la mycologie ;
- Assurer la consolidation nationale de la Fonge de TAXREF en lien avec les coordinateurs et experts de chaque territoire d’outre-mer de TAXREF (échanges, discussions et prise en compte des décisions finales au niveau du référentiel).

**Résultats attendus**:

- Valoriser et diffuser les résultats au travers de publications scientifiques, possiblement sous la forme de datapapers.

Partenaires internes:
Lien direct avec les équipes de l’herbier national du MNHN (sous les responsabilités de Bart Buyck, responsable de l’herbier fongique, Sundy Maurice, chargée de l’herbier, et de Marc-André Selosse, responsable de l’équipe INEVEF), la cellule TAXREF de PatriNat, les experts Fonge du MNHN.

Lien direct avec l’UAR 2007 2AD dans le cadre de la gestion des besoins en matière de séquençage.

Partenaires ext