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78350 JOUY EN JOSAS _

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**Présentation INRAE**:
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

**Environnement de travail, missions et activités**:
L'objectif de ce projet de thèse est de comprendre l’impact du superchilling, technique innovante de réfrigération( -1 à-2°C en dessous de la température de congélation commencante), sur la qualité microbiologique et physico-chimique du poisson frais. Du point de vue de la qualité microbiologique, l’objectif est d’évaluer et de comprendre le comportement des populations bactériennes psychrotrophes du poisson pendant la conservation des produits. La
diversité et l’évolution quantitative des communautés bactériennes naturelles du saumon frais seront tout d’abord étudiées par metabarcoding de l’ADNr 16S et dénombrement de la flore totale en fonction des scénarios de
température choisis. Le procédé de réfrigération à 2°C sera toujours utilisé comme témoin. Afin d’étudier ensuite le comportement de certaines bactéries contaminantes d’altération ou pathogènes au sein des communautés naturelles du poisson, le doctorant effectuera des challenge-tests en ensemençant artificiellement des bactéries psychrotrophes telles que Listeria monocytogenes, au sein d’un microbiote reconstitué à partir des espèces majoritaires identifiées à l’étape précédente. Les bactéries inoculées seront suivies au sein des communautés par dénombrement en milieux sélectifs ou par PCR en temps réel. Les paramètres caractéristiques de la croissance ou de la survie bactérienne seront alors déterminés à l'aide de modèles mathématiques afin de déterminer les interfaces croissance/absence de croissance et de prédire la durée de conservation en fonction du scénario de conservation. Enfin, le doctorant étudiera l’impact de la technique de superchilling sur l’adaptation au froid du pathogène alimentaire Listeria monocytogenes. Le niveau d'adaptation au froid sera caractérisé par un suivi de l'expression des gènes codant les protéines de stress froid. La tolérance acquise à basse température, potentielle conséquence de cette adaptation, sera ensuite évaluée par détermination de la capacité de la bactérie adaptée à se développer plus ou moins vite lors d’une seconde étape de réfrigération dans une gamme de température simulant des niveaux de froid utilisés chez le consommateur (4°C à 8°C).
Le deuxième grand objectif du projet de thèse est de mettre en évidence l’évolution des paramètres de qualité physico-chimique et microstructurale des produits. La microstructure de la matrice poisson (taille, forme et localisation des cristaux de glace) sera évaluée à l'aide de la microtomographie à rayons X (μCT RX), ce qui permettra d'obtenir à la fois la fraction de glace, la distribution et la taille des cristaux de glace à l'intérieur des produits. Les paramètres de qualité physico-chimiques et organoleptiques (pH, texture, couleur, perte d’eau) seront également caractérisés. Des modèles de type cinétique de dégradation seront développés afin de décrire les évolutions des fractions de glace et des indices de qualité en fonction de différentes conditions de superchilling (différentes températures d’entreposage). Une potentielle corrélation sera recherchée entre ces évolutions et celles des populations bactériennes.
Le projet de thèse sera effectué au sein de deux unités qui encadreront conjointement le doctorant, l’unité Micalis (INRAE Jouy en Josas, équipe B3D) pour la partie microbiologie et l’Unité FRISE (INRAe Antony) pour la partie organoleptique.

**Contexte du projet de thèse**:
Selon des données de la FAO, le gaspillage de produits alimentaires peut atteindre 30% pour les produits hautement périssables comme le poisson. Aujourd’hui, les deux techniques de conservation classiquement utilisées pour la
conservation des poissons entre la pêche et l’achat par le consommateur sont la réfrigération à température positive (0 à 2°C) et la congélation à -18°C. La réfrigération permet de bien conserver la structure et la qualité physico-chimique du poisson frais mais est associée à une DLC courte. La congélation a l’avantage de stopper complétement l’altération microbiologique et donc de prolonger la durée de