Thèse : Impact de La Domestication Et de La Sélection Moderne Sur Le Système Immunitaire Du Riz

34090 Montpellier - Bâtiment ARCAD 10 Rue Arthur Young _

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**Présentation INRAE**:
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

**Environnement de travail, missions et activités**:
**Résumé**
La thèse proposée s'inscrit dans le cadre d’un projet ANR ‘EPIS’ (2025‐2029, incluant l’entièreté du financement du contrat doctoral) et porte sur l’évolution des gènes codant pour les récepteurs immunitaires à domaine LRR (LRR‐CR) du riz asiatique (Oryza sativa). Le(la) doctorant(e) sera positionné(e) au sein de l’équipe GE2pop de l’unité AGAP Institut à Montpellier, sous la direction de Nathalie Chantret et co‐encadré(e) par Vincent Ranwez (professeur Institut Agro Montpellier, équipe GE2pop) et François Sabot (UMR DIADE, IRD, Montpellier).
L’objectif principal de la thèse est de déterminer comment la domestication et la sélection moderne ont impacté la diversité et l’évolution de ces gènes. Plus particulièrement, il s’agira d’évaluer si la domestication a provoqué une perte de diversité des LRR‐CR et si cette diversité s’est partiellement régénérée sous l'effet de la diversification post domestication et/ou de la sélection moderne. Pour répondre à ces questions, la thèse s'appuiera sur l'analyse d'environ 60 génomes complets (dont une quarantaine sont déjà disponibles dans la littérature) couvrant le gradient de domestication du riz, incluant des formes sauvages (Oryza rufipogon), des variétés anciennes et des variétés modernes élites. Les génomes seront annotés à l'aide d'un pipeline bioinformatique spécifiquement développé dans le cadre du projet EPIS. Le doctorant participera à cette phase d’annotation afin de maîtriser les outils et d'acquérir les compétences en analyse génomique.
Ensuite, la diversité des gènes LRR‐CR sera caractérisée à l'aide de métriques multiples : mesures de diversité nucléotidique, analyses de richesse allélique, et analyses phylogénétiques. Une attention particulière sera portée au domaine LRR, siège de la spécificité de la reconnaissance immunitaire, pour explorer les mécanismes évolutifs (sélection positive, recombinaison) impliqués dans l’émergence de
nouvelles spécificités de résistance. Enfin, en comparant la diversité des LRR‐CR entre les formes sauvages, anciennes et modernes, cette
thèse permettra de quantifier l'impact de la domestication et de la sélection moderne sur ces gènes de résistance. Les résultats attendus fourniront de nouvelles connaissances fondamentales sur l’évolution de la diversité génétique des gènes de résistance, ouvrant ainsi des perspectives pour le développement de stratégies innovantes en agroécologie. Ces connaissances contribueront ainsi au développement de nouvelles variétés résistantes ou à la conception de mélanges variétaux plus robustes, réduisant ainsi l'usage des produits phytosanitaires et favorisant des systèmes agricoles plus durables.
**Summary**
As with many crop species, rice has experienced a reduction in genetic diversity due to domestication. This reduction, visible in traditional landraces and even more pronounced in modern elite varieties, limits the genetic reservoir available for adaptation to biotic and abiotic environmental changes. Among biotic pressures, pathogen attacks represent a major selective force, shaping the evolution of
Sabot (UMR DIADE, IRD, Montpellier).
and insights into the molecular mechanisms driving LRR‐CR evolution. These findings will contribute to developing new breeding strategies aimed at producing more resilient rice varieties and designing more robust varietal mixtures, ultimately reducing reliance on harmful phytosanitary products and supporting sustainable agriculture.
**Thématique**
Cette thèse porte sur l’évolution des gènes codant pour les récepteurs du système immunitaire du riz (récepteurs à domaine LRR ou ‘Leucine‐Rich Repeat Containing Receptors’ i.e. ‘LRR‐CR’), et vise à caractériser leur niveau de variabilité moléculaire et à comprendre comment la domestication et la sélection moderne ont impacté la diversité et l’évolution de ces gènes.
**Domaine**
Les champs disciplinaires généraux de cette thèse sont la génomique évolutive, la génétique des populations et l’évolution moléculaire, appliquées au riz asiatique (Oryza sativa), une espèce à la fois cultivée et modèle pour les monocotylédones. Ce projet mobilisera des compétences en bioinformatique (écriture de scripts spécifiques, annotation de gèn