Stage : Décrypter Le Succès Numérique Des

**Stage : Décrypter le succès numérique des Roseobacter à travers leur résistance à la prédation par des protistes hétérotrophes**: - Réf **ABG-126116** - Stage master 2 / Ingénieur- Durée 6 mois- Salaire net mensuel 610- 04/10/2024- Laboratoire US2B - Nantes Unviersité- Lieu de travail- Nantes Pays de la Loire France- Champs scientifiques- Biologie - Mots clés- Prédation par les Protistes hétérotrophe, Roseobacter, Environnement Marin- - 20/10/2024**Établissement recruteur**: **Site web**: L’unité en Sciences Biologiques et Biotechnologies (US2B) est un laboratoire académique développant des recherches fondamentales en biochimie et biologie.Par des approches in-vitro, in-vivo et in-silico, le laboratoire conduit des recherches centrées sur les thèmes de la régulation des fonctions des protéines et la biorégulation des activités biologiques. En particulier, les recherches viseront à répondre à des problématiques fondamentales et appliquées dans les domaines de la biologie structurale (compréhension de la relation séquence-structure-fonction), du génie moléculaire, des glycosciences, du contrôle de l’intégrité des génomes, des régulations épigénétiques de l’expression des génomes (de la chromatine à la traduction), des interactions biologiques (microalgue-bactéries, plante-bactéries, plante-plante etc) et de l’adaptation biologique à l’environnement. **Description**: **Contexte**: Les bactéries jouent un rôle fondamental dans le fonctionnement de l'écosystème océanique, parmi elles le clade des Roseobacter est un des groupes majeurs en environnement marin, représentant généralement plus de 20 % des communautés bactérioplanctoniques en zones côtières et 15 % des communautés globales de l'océan. Elles sont généralement capables d'une grande polyvalence métabolique, peuvent présenter un mode de vie en communauté (biofilms et clumps) et représentent souvent une grande proportion de la communauté bactérienne métaboliquement active dans les océans côtiers. De plus, l'association étroite entre les bactéries et les protistes et leur longue histoire coévolutive a donné lieu à une série d'adaptations bactériennes assurant survie et coexistence. Par exemple les Roseobacter forment fréquemment des interactions étroites avec le phytoplancton, dont ils utilisent les exsudats pour se développer. De plus, certaines Roseobacter forment des interactions de type "Dr. Jekyll and Mr. Hyde", consistant en un passage de la bactérie d'une phase mutualiste à une phase pathogène pour son hôte. **Hypothèses et questions scientifiques**: - Bien que l'abondance, l'écologie et la dégradation catabolique de composés spécifiques de ce groupe ait été bien étudiée au cours des deux dernières décennies, les questions sur la manière dont ces organismes ont obtenu leur remarquable succès numérique dans l'eau de mer de surface restent en grande partie non résolues. Nous avons récemment démontré que les Roseobacter peuvent échapper à la digestion par un cilié hétérotrophe. Des résultats préliminaires nous ont permis d’identifier le rôle d’une famille de plasmides partagée par un grand nombre des membres de la famille des Rhodobacteraceae encodant à la fois pour l’acide tropodithietique (TDA), la roseobacticide, le T4SS et lié de façon direct et indirect à la production de biofilm comme jouant un rôle majeur entre autres dans ce type d’interaction. nous suggèrons que le succès numérique des Roseobacter est en partie due à leur capacité à éviter la prédation (capture et/ou digestion) et que celui-ci est en lien étroit avec leur capacité à produire du TDA et ou divers types D’EPS.**Approche méthodologique envisagées**: - Ce projet permettra à l’étudiant d’apprendre l’ensemble des techniques associé à la microbiologique de laboratoire et associées aux interactions de type hôte bactéries. De plus, les techniques de biologie moléculaire avec la création de mutant ou de biochimie avec l’analyse des différents biomolécules produites par ces bactéries seront également utilisées au cours de ce projet. Pour finir, l’étudiant pourra avoir un premier aperçu de l’analyse de gros jeux de données issus de séquençage environnemental afin de démontrer l’impact plus global des mécanismes mis en avant au laboratoire.**Bibliographie**: - Guillonneau, R., Murphy, A. R., Teng, Z. J., Wang, P., Zhang, Y. Z., Scanlan, D. J., & Chen, Y. (2022). Trade-offs of lipid remodeling in a marine predator-prey interaction in response to phosphorus limitation. _Proceedings of the National Academy of Sciences_, _119_(36), e2203057119.- Seyedsayamdost, M. R., Case, R. J., Kolter, R., & Clardy, J. (2011). The Jekyll-and-Hyde chemistry of Phaeobacter gallaeciensis. _Nature chemistry_, _3_(4), 331-335.**Profil**: **Prise de fonction**: - 06/01/2025