Thèse Sur L'origine Et La Transmission de La Polyploïdie Chez Les Rosiers

49071 BEAUCOUZE _

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**Présentation INRAE**:
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

**Environnement de travail, missions et activités**:
Venez découvrir le monde passionnant de la rose et vivre une expérience enrichissante de recherches au sein de l'équipe GDO (Génétique et Diversité des plantes Ornementales) à l’IRHS à Angers (France). Vous contribuerez à une meilleure connaissance de l'histoire du rosier et renforcerez les fondations sur lesquelles peuvent s'appuyer aujourd'hui les sélectionneurs pour créer des variétés parfumées et résilientes face aux aléas climatiques.

**Résumé du projet**

La diversité des rosiers modernes, représentée par plusieurs dizaines de milliers de cultivars, présente la particularité d’être, tout à la fois, issue d’un réseau complexe d’hybridations interspécifiques (7 à 8 espèces sauvages impliquées), et constituée de plantes à différents niveaux de polyploïdie. Parmi les espèces apparentées sauvages, _Rosa gallica_, espèce européenne allotétraploïde, a transmis ce caractère polyploïde aux rosiers cultivés actuels et a apporté des caractères importants comme certains parfums ou la rusticité. Les principales questions, abordées au cours de cette thèse, sont l’origine de _R. gallica_ et sa contribution aux rosiers cultivés au cours du processus de sélection. A partir d’une approche génomique (séquençage et analyse de différents génomes), l’objectif de cette thèse est de retracer, depuis le compartiment sauvage jusqu’aux roses modernes, la transmission du caractère polyploïde et les modifications structurelles des génomes (transmission conjointe ou non de jeux de chromosomes, translocations éventuelles). Les roses, dont les génomes seront étudiés, seront choisies d’après les hypothèse émises précédemment par l’équipe et selon leur position dans la généalogie pour les roses cultivées.

**Description détaillée du projet**

La polyploïdisation a joué un rôle majeur dans l’évolution des génomes végétaux et est un moteur important de diversification. Le genre _Rosa_ (plus de 150 espèces et des milliers de cultivars) a connu une forte tendance à la polyploïdisation, tant dans le compartiment sauvage que cultivé. _Rosa gallica, _une espèce européenne tétraploïde, a été sélectionnée et cultivée en Europe depuis l’Antiquité. Au 19ème siècle, le croisement entre cette espèce européenne et les rosiers asiatiques diploïdes a induit des descendants polyploïdes (tri et tétra) qui donneront naissance aux rosiers modernes cultivés aujourd’hui. _R. gallica_ a permis l’introduction de caractères importants dans les rosiers modernes cultivés tels que la rusticité et le parfum. Comprendre aujourd’hui de quelles espèces parentes provient le génome de _Rosa gallica_ et quelles régions génomiques ont été transmises, d’une part à des espèces apparentées proches (_R. centifiolia_, _R. muscosa_...), d’autre part aux rosiers modernes permettra de mieux appréhender le rôle des mécanismes de polyploïdisation dans l’évolution des espèces naturelles et dans les processus de sélection humaine. Pour cela nous pouvons nous appuyer sur la connaissance des pedigrees et la conservation des rosiers par multiplication végétative.

Au cours de la thèse, les deux questions suivantes seront abordées:

- ** Quelles sont les espèces sauvages à l’origine de**_R. gallica_** ?**_R. gallica_ est supposée être une espèce allopolyploïde et différentes hypothèses ont été émises concernant les espèces d’origine. Pour cela nous pourrons nous appuyer sur les ressources produites par l’équipe ou à produire (séquence de _R. gallica_, reséquençage d’espèces sauvages). Il s’agira d’identifier les espèces sauvages parentes de _R. gallica_, ou les descendants de ces espèces encore présents aujourd’hui.
- ** Quelles sont les portions du génome tétraploïdes de**_R. gallica_** qui ont été transmises dans le pedigree des roses cultivées pour aboutir aux roses modernes (fin du 19**ème** siècle) ?** Nous pourrons nous appuyer sur les hypothèses des pedigrees (approche interdisciplinaire histoire - génétique).

Le programme de recherche de la thèse se décline autour des deux questions scientifiques.
- Pour tester les hypothèses concernant l’origine de _R. gallica_, différentes approches seront développées (analyse de SCOtag, séquence nucléaire en simple copie par haplome ; séquençage des parents potentiels ou de leurs descendants ; analyse