Postdoc en Méthodes D’analyse de Séries Temporelles de Données Omiques

_33612 CESTAS PIERROTON _ **RETOUR À LA LISTE DES RÉSULTATS** **Présentation INRAE**: L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes. **Environnement de travail, missions et activités**: - Vous serez accueilli(e) au sein de au sein de l’UMR « Biodiversité, Gènes et Communautés » (BIOGECO), unité qui comprend plus de 100 personnes employées par INRAE et l'Université de Bordeaux. Notre unité de recherches a pour ambition l'étude de la biodiversité terrestre, des gènes aux communautés, dans une perspective de gestion durable des écosystèmes. Vous développerez vos recherches au sein de l’équipe Pléiade (équipe INRAE/Inria également hébergé au centre Inria de Bordeaux Sud-Ouest), qui développe des outils et méthodes numériques pour étudier l’association d’espèces au sein des communautés microbiennes selon des déterminants spatio-temporel et environnementaux. **Contexte scientifique** : Les communautés microbiennes sont une composante essentielle de la santé des plantes. En interaction avec l'hôte, elles jouent un rôle prépondérant dans la lutte contre l'invasion de pathogènes microbiens. Toutefois, les mécanismes d'assemblage et de régulation de ces communautés restent très mal connues. Mieux comprendre ces interactions pourrait ouvrir la voie à des solutions de biocontrôle microbien contre des pathogènes, permettant ainsi de limiter l’usage de pesticides. L’objectif scientifique de ce postdoc est de développer de nouvelles méthodes d’analyse de séries temporelles de comptages microbiens, basées sur des modèles de dynamiques de population, permettant d’identifier des interactions entre des groupes de micro-organismes. Il s’agira en particulier de détecter des communautés microbiennes antagonistes du pathogène. Ces méthodes seront appliquée sur des communautés microbiennes foliaires antagonistes du mildiou de la vigne, dans le cadre du projet VITAE, pour une viticulture sans pesticide. La généricité de ces méthodes sera testée sur d’autres jeux de données de l’unité Biogeco. - Vous serez plus particulièrement en charge de: - Développer une méthode d’inférence couplée à une méthode de clustering pour identifier des communautés microbiennes ayant des interactions dynamiques communes dans la communauté. - Développer un package (python, ou éventuellement R) open source permettant de réaliser l’inférence. - Assurer la diffusion des recherches par des publications ou des interventions lors de conférence. - Encadrer un ou une étudiante de master sur une thématique connexe. **Formations et compétences recherchées**: **Doctorat** - Formation recommandée : thèse en mathématiques appliquées, statistique ou éventuellement écologie théorique. - Connaissances souhaitées : Inférence de systèmes dynamiques, optimisation, data science, clustering, programmation (préférentiellement python ou R) - Expérience appréciée : une première expérience en mathématiques appliquées aux sciences du vivant sera valorisée. mathématiques est souhaitée. **Votre qualité de vie à INRAE**: En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée): - jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein) - d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ; - de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ; - d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ; - de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ; - d'activités sportives et culturelles ; - d'une restauration collective. **Modalités pour postuler**: **J'ENVOIE MON CV ET MA LETTRE DE MOTIVATION** - Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. >_