Le Compost Comme Vecteur de La Légionellose en

**Le compost comme vecteur de la Légionellose en France ?**:

- Réf **ABG-126038**
- Stage master 2 / Ingénieur- Durée 6 mois- Salaire net mensuel 550-600 euros- 30/09/2024- Université de Poitiers- Lieu de travail- Poitiers Nouvelle Aquitaine France- Champs scientifiques- Biologie
- Biochimie- 30/11/2024**Établissement recruteur**:
**Site web**:
Le laboratoire d’Écologie et Biologie des Interactions (EBI) est une Unité Mixte de Recherche (UMR CNRS 7267) de l’Université de Poitiers rattachée à l’Institut Ecologie et Environnement (InEE) du CNRS qui développe des thématiques de recherche portant sur les interactions entre espèces hôtes, microorganismes et facteurs du milieu

**Description**:
**Résumé du projet de recherche**:

Les légionelles sont des bactéries d’origine hydrotellurique provoquant une pneumopathie grave nommée légionellose. Dans le monde, deux espèces sont principalement responsables,_ Legionella pneumophila_ (_Lp_) et _L. longbeachae_ (_Ll_) (90% et 5% des cas respectivement). Mais _Ll _peut représenter jusqu’à 50% des cas en Australie, au Japon ou en Nouvelle-Zélande. En France, d’après le rapport d’activité du centre de référence des Légionelles de 2023, la légionellose représente environ 2000 cas par an principalement_ _causée _Lp_ mais on observe une augmentation constante des cas imputés à _Ll_. _L. pneumophila_ est principalement retrouvée dans les réseaux d’eau et les tours aéro-réfrigérés. Elle survit principalement sous forme de biofilm ou en association étroite avec les amibes. _L. longbeachae _quant à elle, est principalement retrouvée dans les terreaux et les composts. Elle touche donc principalement les jardiniers. Les études sont contradictoires sur la détection de _Ll _dans les terreaux/composts qu’ils soient commerciaux ou de jardin car pendant longtemps, elle était retrouvée de façon très importante dans les terreaux de pin noir (source principale de terreau en Asie et Océanie) laissant penser qu’il y avait un lien étroit entre _Ll_ et ce type de terreau. Mais depuis 2010, on retrouve de manière récurrente des légionelles en Europe (même de plusieurs espèces) dans le compost de nombreuses sources notamment de déchets verts. L’impact des amibes du sol n’est pas exclus mais on peut donc émettre l’hypothèse pour cette espèce soit d’une capacité à récupérer de la matière organique vététale directement du compost favorisant son maintien soit d’une possible relation positive avec certaines espèces végétales favorisant sa présence dans le compost.. D’ailleurs _Ll _possède dans son génome de nombreuses enzymes présentent chez des organismes phytopathogènes lui permettant potentiellement de dégrader la paroi des cellules végétales. Son génome montre la présence de 12 enzymes à activité cellulase, trois pectine lyases, une hémicellulase et deux chitinases (Cazalet et al., 2010) mais aucune validation _in vitro_ n’a été réalisée à ce jour. Dans ce contexte, le projet vise donc à réaliser une campagne d'échantillonnage des composts pour déterminer la prévalence des légionelles avec un focus sur _Legionella longbeachae_, d’étudier les conditions environnementales permettant son maintien dans le compost et d’explorer si une interaction est possible avec les plantes et/ou la rhizosphère.

**Approche expérimentale**

**1- Recherche de **_Legionella_** spp. dans les composts.**
Afin de mettre en évidence la présence des légionelles dans les composts, une campagne d'échantillonnage sera effectuée sur des composts commerciaux, de jardin ainsi que du terreau de laboratoire ayant été utilisé pour des cultures. L’ADN total des échantillons sera extrait grâce à un kit et la détection des légionelles sera effectué par qPCR (amorces et sondes spécifiques _Legionella spp_. et _L. longbeachae) _(Cross et al. 2016)_. _

**2- Survie/maintien de **_L. longbeachae_** dans le compost et interaction **_Legionella_**-hôtes**
Cette tâche a pour rôle d’explorer si et comment les Légionelles sont capables de se maintenir dans le compost. Pour cela, du terreau commercial ou du compost seront inoculés directement avec une culture _Ll _en présence d’amibes (naturellement présent dans le compost) ou en absence d’amibes (élimination par autoclavage) en boite de Pétri et incubé à 30°C. Le suivi sera effectué sur 10 jours par dénombrement sur gélose spécifique ou par qPCR. Pour les souches de _Ll _ayant survécu, l’ARNm sera extrait et des gènes cibles seront analysés (Cellulase, pectine lyases, système de sécrétion, communication cellulaire,). Des infections sur le modèle _Acanthamoeba castellanii_ seront effectuées pour évaluer si on peut observer un effet de promotion de la virulence après ces précultures en milieu “compost” comparées à un milieu de culture contrôlé (BYE).

**3- Interaction **_Legionella_**-plantes**
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