Doctorant en Microbiologie/microscopie/biochimie

Type de recrutement:
Poste ouvert en CDD
- Quotité de travail:
100%
- Niveau d'emploi:
Doctorant.e - Doctorant
- Durée du contrat:
Du 01 octobre 2025 au 30 septembre 2028
- Localisation:
IBS IBS
71 avenue des Martyrs
38054 Grenoble

Présentation de la structure

Situé sur le Polygone scientifique de Grenoble (ESRF/ILL/EMBL/IBS), l’Institut de Biologie Structurale (IBS) est un acteur d’envergure nationale et internationale dans le domaine de la biologie structurale intégrée. A la fois centre de recherche, plateau technique, site d'accueil et de formation scientifique, l'IBS a pour vocation le développement de recherches en biologie structurale, un champ de recherche capital pour la compréhension des mécanismes biologiques fondamentaux. Il s’appuie sur 12 plateformes à la pointe de la technologie.

En tant qu’unité mixte de recherche (CEA-CNRS-UGA) l’IBS est composé de 20 groupes de recherche, chacun de ces groupes proposant une approche multi-disciplinaire, aux frontières de la biologie, de la physique et de la chimie, en cohérence avec 3 axes de recherche. Près de 320 personnes y travaillent (chercheurs, doctorants, ingénieurs, techniciens et étudiants) dans un environnement multiculturel et international.

Vous rejoindrez le groupe dirigé par Cécile Morlot, qui étudie les mécanismes moléculaires liés à l'enveloppe cellulaire bactérienne en utilisant des approches intégrées de biologie structurale et cellulaire. Les thèmes de recherche incluent la paroi cellulaire chez Streptococcus pneumoniae, ses mécanismes de synthèse et les antibiotiques qui les ciblent, ainsi que les grands complexes protéiques associés à l'enveloppe de la spore chez Bacillus subtilis.

Vous serez encadré par C. Morlot et interagirez avec les 10 autres membres de l’équipe.

Missions principales

Le peptidoglycane (PG) est un composant fondamental de la paroi bactérienne, assurant son intégrité structurelle, le maintien de la forme cellulaire et la protection contre le stress osmotique. Il forme un réseau polymérique constitué de chaînes glycanes réticulées par de courts peptides, constituant une structure rigide mais dynamique. La synthèse et le remodelage du PG sont régulés par l’action coordonnée de synthases (transglycosylases et transpeptidases) et d’hydrolases.

Ce projet de thèse vise à déterminer comment ces activités enzymatiques coordonnées permettent l’expansion de la paroi cellulaire tout en préservant la forme bactérienne et la protection osmotique chez plusieurs bactéries pathogènes (staphylocoques, entérocoques, pneumocoques, mycobactéries) représentatives de la diversité des morphologies cellulaires (ex. coques versus bacilles), des modes d’expansion du PG (ex. dispersé, zonal) et des mécanismes de résistance aux antibiotiques (β-lactamines et glycopeptides).

Cette étude repose sur une analyse intégrative des données issues du marquage bio-orthogonal du PG et de microscopie super-résolue dSTORM, qui permet d’observer la dynamique (localisation et cinétique) de l’expansion du PG à une échelle de 25 nm (réalisée à l’IBS), ainsi que du marquage du PG avec des isotopes stables combiné à de la spectrométrie de masse (collaboration avec M. Arthur, CDC Paris), fournissant des informations sur le mode d’insertion des sous-unités de PG dans le réseau en expansion au niveau submoléculaire.

Activités principales
- Réaliser des travaux de recherche, de la mise en place de l’expérience à la rédaction des résultats
- Maitriser la bibliographie dans le périmètre du projet et au-delà
- Cultiver des cellules bactériennes (S. pneumoniae, E. faecium, B. subtilis, S. aureus,)
- Evaluer des concentrations mínimales inhibitrices (MICs) pour des antibiotiques
- Marquer la paroi de cellules bactériennes grâce à la chimie click
- Collecter & analyser des données en microscopie de fluorescence basse et haute résolution (dSTORM)
- Préparer des extraits de paroi bactérienne pour des analyses en spectrométrie de masse (réalisées par nos collaborateurs)
- Mettre en forme les résultats pour des présentations orales en anglais
- Etre force de proposition pour le développement des expériences et des questions biologiques
- Rédiger en anglais des protocoles et des articles de recherche pour publication des travaux réalisés
- Participer à la vie du laboratoire
- Participer à la vie en commun du groupe (logistique, stocks de réactifs, rangement,)
- Aider à la supervision de stagiaires
- Participer aux évènements scientifiques de l’Institut

Evènement - Résultats objectifs fixant la fin de la mission:
Assemblage d’une ou plusieurs publications présentant les données obtenues au cours de la thèse, rédaction du manuscrit de thèse, soutenance de thèse.

Modalités d’évaluation et de contrôle de l’atteinte des résultat(s):
Réunions bi-mensuelles avec la directrice de thèse pour présenter et discuter des résultats obtenus (reproductibilité, cohérence, pertinence, perspectives), présentations orale semestrielles de l’avancée du projet en réunions de groupe, comi