Phénotypage Du Pêcher: Apprentissage Profond Pour

**Présentation INRAE**:
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

**Environnement de travail, missions et activités**:
L’arboriculture est un maillon essentiel de l’agriculture française contribuant à une alimentation saine et locale tout en permettant de diversifier les cultures et de stocker du carbone dans les sols. Cependant, ce secteur est fragile et en forte demande d’innovation variétale, notamment pour adapter les variétés au changement climatique et à la réduction des pesticides. Un enjeu important pour y parvenir est de proposer des solutions innovantes pour un phénotypage rapide et précis des ressources génétiques fruitières, enjeu auquel ce stage ambitionne de contribuer grâce à l’imagerie RVB (rouge vert bleu). Le projet vise à mettre au point des méthodes d’analyses d’images, combinant apprentissage profond, morphologie mathématique et stéréovision, pour extraire des traits de vigueur, de phénologie et d’activité photosynthétique chez le pêcher et l’abricotier. Les images seront acquises à l’aide de deux caméras RVB embarquées sur le système de phénotypage léger PHENOMAN dans des vergers à forte diversité génétique de plusieurs centaines d’arbres, et accompagnées de mesures de routine (visuelles/manuelles) des traits ciblés. Ceci viendra alimenter une base de données existante grâce à laquelle l’étudiant-e développera des algorithmes pour quantifier:

- L’évolution du volume du tronc et de la teneur en chlorophylle des arbres au cours de la saison, fonctions de la vigueur et de l’état de santé de l’arbre,
- Le stade de floraison et la densité florale qui sont déterminants pour l’adaptation au terroir et le rendement.

L’étudiant-e devra améliorer les méthodes d’estimation existantes pour les traits de croissance et de floraison, et concernant les traits liés à la chlorophylle, mettre au point les tout premiers protocoles d’acquisition (mesures au chlorophylle-mètre/SPAD, photos RVB) et de traitement de données. L’objectif à l’issue de ce stage est d’obtenir des outils fiables permettant de phénotyper efficacement les traits ciblés en routine dans les équipes de recherche voire en sélection.
- L’étudiant-e travaillera dans les laboratoires GAFL et EMMAH d’INRAE et sera encadré par Morgane Roth (chercheuse au GAFL), Marie Weiss (UMR EMMAH, équipe CAPTE) et Sylvain Jay (UMR EMMAH, équipe CAPTE). L’UR GAFL travaille à l’amélioration des espèces horticoles et fruitière par l’exploitation de la diversité génétique pour favoriser l’obtention de variétés adaptées à la transition agro-écologique et au changement climatique. L’UMR EMMAH s’intéresse à l’impact des changements globaux sur l’exploitation des terres et les productions agricoles. L’équipe CAPTE impliquée dans ce projet est spécialisée dans le phénotypage digital (choix des capteurs, acquisition et analyses d’images) sur les plantes annuelles et souhaite développer de nouvelles méthodes adaptées au contexte verger.
- Des aller-retours fréquents sont à prévoir dans la Drôme et le Gard, le plus souvent en binôme (permis de conduire recommandé mais pas indispensable).

**Formations et compétences recherchées**:
**Licence/Master (Bac+3/5)**
- Formation: sciences de l'ingénieur, physique, mathématiques, statistiques
- Compétences techniques: traitement d'image, méthodes d'apprentissage/intelligence artificielle, programmation (langages Python et/ou Matlab)
- Compétences humaines : autonomie, rigueur, goût pour le travail d'équipe et l'écriture scientifique
- Intérêts: goût pour les sujets liées à l'agriculture et l'agro-écologie, le travail en verger (mais aucune connaissance requise dans ces domaines)

**Votre qualité de vie à INRAE**:
En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée):

- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
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