Chercheur en Bactériologie Sanitaire

**Description de l'offre**:
Les objectifs de l’unité Microbiologie, Aliment, Santé, Environnement (MASAE) sont d’étudier la diversité et l’évolution des micro-organismes d’origine anthropique ou marine présents dans le milieu littoral et dans les aliments d’origine marine pour comprendre leurs effets sur la qualité/sécurité microbiologique des produits qui en sont issus. Les travaux scientifiques de l’unité se répartissent autour d’axes communs à deux laboratoires, permettant une recherche allant du microbiome jusqu’aux métabolites d’intérêts de micro-organismes cibles.

Au sein de l’unité, le Laboratoire Santé, Environnement et Microbiologie (LSEM) développe des activités de recherche relatives aux micro-organismes pathogènes pour l'homme (essentiellement virus et bactéries) dans le continuum terre-mer et les coquillages, pour en comprendre les mécanismes de transfert, persistance, ou émergence au sein de l’environnement littoral. La recherche effectuée au LSEM, située à l’interface de la santé humaine et de la qualité microbiologique du littoral s’appuie sur des activités de référence (le LSEM est laboratoire national de référence (LNR) pour la microbiologie des coquillages), et de connaissance de la qualité sanitaire du littoral (le LSEM coordonne le REMI pour la surveillance microbiologique des coquillages et les études sanitaires).

Placé(e) sous la responsabilité hiérarchique de la responsable du LSEM, vous serez en charge du développement et du déploiement des activités de recherche en bactériologie sanitaire. Vous développerez votre recherche sur la caractérisation des souches et du pouvoir pathogène des bactéries majoritairement rejetées par les activités anthropiques dans le milieu marin.

**Missions principales**
Les travaux de recherche porteront sur l’analyse des caractéristiques des souches bactériennes d'intérêt en santé publique (activité de loisir ou consommation de coquillages) : exploration des mécanismes liés à la virulence, au pouvoir pathogène, à l’adaptation de niches et persistance dans le milieu, ou bien encore à la résistance aux antibiotiques.

En lien avec les travaux développés sur l’analyse des flores microbiennes (bactéries et virus) développés au sein du laboratoire, vous contribuerez à identifier des facteurs des microbiomes favorisant l’émergence de souches bactériennes pathogènes pour l’homme dans une approche santé unique.

Vos travaux contribueront à l’expertise du laboratoire dans ses missions de LNR.

**Activités principales**
- Évaluer les apports du bassin versant qui peuvent contribuer à la contamination bactériologique du littoral dans un contexte de santé unique
- Utiliser des modèles d’interaction hôte-agent pathogène (par exemple organoïdes humains ou animaux, ou systèmes de culture en microfluidique) pour évaluer la virulence ou le pourvoir pathogène de souches isolées
- Développer des approches en génomique, protéomique, métagénomique, métatranscriptomique associées
- Contribuer aux recherches sur les interactions entre virus humains et bactéries, et aux travaux sur l’émergence
- Développer et renforcer les échanges avec les laboratoires de recherche (nationaux et internationaux) en bactériologie dans le domaine de la santé humaine ou animale
- Contribuer à la réponse aux appels d'offres régionaux, nationaux ou européens, et développer des partenariats de recherche
- Encadrer des doctorants, post-doctorants et stagiaires
- Rédiger des articles scientifiques, et participer activement à la valorisation scientifique par des présentations orales ou affichées lors de congrès nationaux, internationaux et dans la société civile (vulgarisation)

**Champs relationnel**
- En interne : le laboratoire, l'unité et les autres microbiologistes du Département et de l'institut
- En externe : laboratoires de recherche nationaux (ONIRIS, CHU, Inserm, ANSES, Institut Pasteur ), Santé Publique France, Centres Nationaux de Référence, laboratoires de recherche hospitaliers, et partenaires étrangers impliqués dans les projets de recherche communs.

**Profil recherché**
- Doctorat dans le domaine de la bactériologie humaine
- Expérience post-doctorale, si possible à l'étranger
- Disposer d’une HDR sera un critère optionnel apprécié

**Compétences mises en œuvre**
Compétences techniques / métiers

Connaissance de la microbiologie classique et clinique

Biologie moléculaire, sciences omiques, techniques de mutagénèse, gene editing

Analyses bio-informatiques, statistiques

Travail en laboratoire de sécurité biologique de niveau 2 (LSB2),

Rédaction, pilotage de projet, et valorisation (publications & congrès)

Maîtrise de l’anglais (oral et écrit),

Encadrement de thésards, post-doctorants et stagiaires.

Qualités personnelles
- Rigueur scientifique, autonomie, dynamisme, curiosité,
- Sens des responsab