Expression Et Localisation D’entérotoxines de

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**Présentation INRAE**:
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

**Environnement de travail, missions et activités**:
Vous serez accueilli(e) au sein du laboratoire STLO, INRAE, Institut Agro (140 personnes) à Rennes. Le groupe de recherche dans lequel vous travaillerez est composé de 25 permanents (scientifiques, ingénieurs et techniciens) et de 10 à 15 vacataires (CDD, master, PhD, post-doc). Le groupe possède une expertise reconnue en fermentation alimentaire, microbiologie moléculaire, biochimie du lait, biologie cellulaire, protéome et volatilome, transcriptome, microscopie et en génomique (diversité, fonction) des bactéries laitières.

Vous travaillerez également sur de courtes périodes au laboratoire SBCL de l’ANSES (Maison-Alfort). L’unité Staphylococcus, Bacillus et Clostridium (SBCL) étudie ces trois bactéries productrices de toxines, sur lesquelles elle mène des activités de référence, de recherche et de surveillance. Son expertise permet de nourrir l’évaluation des risques, de contribuer à l’évolution du système de surveillance des bactéries productrices de toxines dans les denrées alimentaires et d’aider les directions générales des ministères de tutelle de l’Agence dans leurs prises de décision.

Description du sujet de thèse:
Les toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) à staphylocoques sont causées par l'ingestion d’aliments contaminés par des entérotoxines staphylococciques (SE), produites par certaines souches de staphylocoques à coagulase positive. Pendant la dernière décennie, les TIAC dues aux toxines bactériennes ont augmenté de 10% à 20%, dont la moitié était liée aux SE. Détecter des échantillons contaminés en amont s’avère donc crucial. Différentes méthodes d’analyses existent pour évaluer la contamination d’un échantillon alimentaire. Or, dans 70 à 90% des cas, le Laboratoire National de Reference (ANSES) ne peut pas détecter la présence de SE bien que les échantillons contiennent des staphylocoques produisant des SE. Dans ce contexte, l’objectif du projet de thèse est d’étudier l’expression, la régulation et la localisation des SE peu documentées dans le fromage afin d’expliquer leur non détection dans des échantillons fortement contaminés en Staphylocoques à Coagulase Positive porteur des gènes SE.

Le projet s'articule autour des quatre tâches scientifiques:
Tâche 1 - Sélection des souches d’intérêt à partir de la collection ANSES et analyse _in silico _des SE au niveau génétique (variabilité, étude des promoteurs et opérateurs potentiels) et protéique (diversité de la structure primaire, modélisation par homologie de la structure des entérotoxines).
Tâche 2 - Étude de l’expression des gènes SE dans différentes conditions de croissance par une approche RNAseq et étude de la régulation de leur expression pour appréhender le réseau de régulation des gènes SE au sein d’une souche.
Tâche 3 - Implication des vésicules extracellulaires dans le transport des entérotoxines.
Tache 4 - Optimisation de protocoles d’extraction des SE dans les aliments.

Le projet nécessitera le développement d’approches in silico (génomique, bioanalyse, modélisation moléculaire), de physiologie bactérienne, de RNASeq, de biologie moléculaire (qPCR) et de biochimie (ELISA, protéomique, Western blot).

**Formations et compétences recherchées**:
**Master/Ingénieur (Bac+5)**

Formation recommandée : Master 2 de Microbiologie avec une appétence pour la microbiologie alimentaire et/ou génétique bactérienne.

Connaissances souhaitées : biologie moléculaire, bioanalyse et omics.

**Votre qualité de vie à INRAE**:
En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée):

- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.